概要
祖先はモンゴル平原の蒙古馬と考えられており、これらの馬が朝鮮半島を経由して、古墳時代に日本に伝わったとされる。
遺伝的な調査によれば対馬に船で運んで、再び船に乗せて九州へと運んだ。そこから北方に向かう集団と南方に向かう集団に分かれて、北は北海道に南は南西諸島までに及んだ。
明治時代以降は日清戦争を経て馬匹改良による軍馬増強が国策となった。このため国外からサラブレッドやペルシュロンといった大型の馬種が輸入され、種牡馬と種牡馬候補以外の牡馬は全て去勢させられることが定められた。日露戦争はそれが強化徹底されていき、古くから優れた軍馬として知られていた南部馬を始めとして日本各地の在来馬は姿を消していった。
それでも離島や岬の先端などの交通が不便な地域では外国馬の血があまり入らずに、古来の姿をよく留めた馬たちが細々と生き残った。日本馬事協会はこれらの馬たちを『日本在来馬』と定義して、保存活動を行っている。
ちなみに青森県の下北半島で放牧されている寒立馬は、明治時代から西洋種による改良が行われているため日本在来馬には含まれない。
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