鯛焼きさん、こんにちは。
先に結論を申しあげておくと、件の記事の差し戻しについては異論ありません。
その上で、何故このような編集をしたのか、という点が最も重視されていると感じましたので、
ご指摘の点について順に回答いたします。

・「心の師」について
明確な出典のあるものとしては、以下の記事にて山本氏本人が挙げている宮崎駿氏です。
https://cinema.pia.co.jp/news/153388/40489/

この他に自分のうろ覚えで、土井善晴氏と故高畑勲氏の名前が山本氏のブログもしくはツイッターで挙げられていた記憶があったのですが、これを全部羅列するのは冗長になると考え、全て削除してしまいました。ちなみに恥ずかしながら、上記のお二方については現時点で明確な出典を確認できませんでした。

今から思えば、心の師として宮崎氏のみ書き加えるだけでよかったものを軽率に削除してしまったもので、他の編集者（今回の場合は鯛焼きさん）がいることを軽んじる行為だったと反省し、撤回する次第です。誠に申し訳ありませんでした。

・ハルヒダンスについて
ダンスが山本氏考案であるとの主張は、直近のものですと以下の動画内での山本氏本人の発言です。（11分10秒頃）
『ハレ晴レユカイを正しく踊る方法』
https://www.youtube.com/watch?v=byz1Fs9t4N4

この編集を思い立った発端は、劇中歌とエンディング演出を併記した後に「この通称ハルヒダンス～」と続く部分がエンディングについてであることを（流れで十分理解できるものの）もう少し分かりやすく記述できないか、と考えたことです。

ただ、踊ってみた界隈で～の部分は完全に自分の思い込みでした。当時からニコニコ動画を見ていて個人的な印象として踊ってみたが強かったものをそのまま書いてしまっており、ブームの他の側面を軽視していました。これも不必要な編集だったと思い反省しております。

・関連動画の削除について
個人的に最も軽率だったと反省する部分です。関連動画が監督作品のみであること、それに比べて関連商品（ニコニコ市場）が多いなと感じたため非監督作品を削除しました。
「多いと断ずる合理的根拠はあるか」と問われると「自分の感性に従っただけ」という非合理的な反論しかできません。
こちらもお手数かけて申し訳ありませんでした。

・Twilight Studioの役職について
自分で取り寄せたものではありませんが、同社の登記簿の画像を見たことがあったためです。
https://pbs.twimg.com/media/EH9sHGoUUAAhzGB.png
ただ、根拠となる画像は手元に保存しておらず、どこで閲覧したものか確かな記憶も無かったため、上記画像リンクは本日、画像検索により記憶と合致するものを探し出した結果となります。
こちらも厳密には本日より一年以上前の記録であり、現時点で再度就任している可能性もあります。

最後になりましたが、今回のような軽率な編集ではなく、確かな根拠を基に、事実だけを押さえ、他の執筆者のことも尊重して書く（あるいは書かない）方法が他に幾らでもあった、と深く反省しています。
このたび鯛焼きさんのご気分を害したこと、記事の差し戻しやこの掲示板へのレス含め様々に余計なお手数をおかけしたことについて、改めてお詫びいたします。

私自身で思い当たることについては全て書き記したつもりですが、もしも他にご不明な点があれば、またもお手数となりますがご指摘ください。

霧島さん、質問へのご回答ありがとうございます。
山本氏のCCOについては不明ですので私の方から加筆することはございません。
動画、商品については私が編集に関知していないものがあり、
他編集者がされたことは尊重したいと思っております。
アップロード者の方で削除された動画を別のものと差し替えたり、
より新しく高画質なものと差し替えるのは利用者にとってメリットとなりますから良いと思いますが、
それ以外ですとトラブルのもとになりやすく思います。

霧島さんの編集では【また彼が「自分が考えた」とする】と変えられましたが、山本氏があのダンスを考案したもので無いとする説があり、根拠がはっきりしているのであれば、別説も併記しても良かったと思います。ただ私が調べたところネットの噂レベルのものでしかなく、氏は毀誉褒貶が激しい人物と思いますので、公平にみて私はこのままの方が宜しいと思います。

あと、私が陳建一氏のことを加筆したのは記事にユニークさを与えるためです。
山本氏もWikipediaの編集に悪意的では無く面白いことを書けという旨のことを述べていたのを見ましたので。その人柄の一旦を表し面白いものかと思いました。
人からの不評が多い人物であることは掲示板で嫌というくらい分かりますので。以上になります。

鯛焼きさん、ご足労おかけしました。
昨日の冒頭にも述べましたが、記事は差し戻し状態のままにしておきます。
ありがとうございました。