フィリピン・アメリカ戦争 単語

　フィリピンは、東南アジアで唯一、大きな領土を支配する中央政府や支配的な文化が育つ前に西洋の植民地化を受けた国である。古代のフィリピンには、アジア大陸から様々な移民がやってきて、多様な民族が集まっていたが、お互いにほとんど接触することなく生活していた。982年には中国の商人との接触が記録されており、またインドネシアのスリヴィジャヤやマジャパヒトによってインド文化の影響_{（サンスクリット文字体系など）}がもたらされたが、影響はあまり受けなかった。（Brita nnica）
　15世紀のフィリピン人は、主に焼畑、狩猟、漁業に従事し、ルソン山岳部のイフガオの壮麗な棚田地帯を除き、定住型の耕作は例外であった。人々は、数百人単位のバランガイ（村）と呼ばれる親族集団の中で生活した。フィリピン人は、様々な宗教を信仰していたが、一神教と多神教が混在しており、後者が主流であった。しかし、15世紀にボルネオ島のブルネイを経由してミンダナオ島とスールー諸島にイスラム教が導入されると、このパターンは変化し始めた。16世紀半ばには2つのスルタン（君主）が設立され、多くのバランガイがその支配下に置かれた。マニラの北に位置する強力なダトゥ（部族長）がイスラム教を受け入れた。このようなイスラム教の布教の波の中で、スペイン人がやってきた。

スペインの時代

　ポルトガルの探検家フェルディナンド・マゼランは、1521年3月にセブ島に上陸し、十字架を立てた。現在セブ市のシンボルとなっているマゼランクロスは、フィリピンのカトリックの象徴でもある。マゼランはマクタン島で非業の死を遂げた。スペインはフィリピンに進出、フィリピンの名前の由来となったフェリペ2世は、1565年にミゲル・ロペス・デ・レガスピを派遣した。レガスピはアウグスティノ会の修道士たちと共にサマール島、レイテ島、ボホール島に到着し、セブ島にスペイン初の定住地を建設、彼らはセブ島の原住民やスペイン人の一部をキリスト教化した。1569年になると、セブ市は、メキシコからの船の安全な港として、また列島をさらに探検するための基地として重要になった。1571年レガスピは、敗戦したラジャ族との和平協定を協議するためにセブを出発、ラジャ族との間で市議会を設立することが合意され、当時イスラム教ブルネイの属国であった廃墟跡に、キリスト教の城壁都市イントラムロスが建設され、スペインの都市マニラが建設された。ビサヤ族は、モロ族の奴隷化から身を守るため、スペインとの同盟を受け入れた。スペインはこの地域をキリスト教化した。
　スペイン語の「ムーア」を語源とする「モロ」という言葉は、ミンダナオ島、スールー諸島を含むフィリピン南部に住んでいたイスラム教徒を指す。以前からイスラム海賊活動が行われており、モロ人はビサヤ諸島で町を焼き、奴隷狩りを行い、奴隷をマレー諸島のスルタンに売っていた。1571年、スペインはメキシコから歩兵を運び、セブやイロイロのキリスト教ビサヤ族の戦士やタガログ地方の傭兵を集めて軍隊を編成し、ブルネイのスルタンを襲撃した。これがキリスト教ビサヤ人とイスラム教モロ人との間で行われた「スペイン・モロ戦争」の始まりでもある。スールーのスルタンは1578年6月にキリスト教徒の居住地を襲撃し始め、ビサヤ地方のスペイン人居住区を狙って、沿岸の町から奴隷やその他の物資を奪う目的で、いわゆる「モロ襲撃」と呼ばれる海賊行為で悪名を馳せた。タウスグ族の海賊船は、スペインのガレオン船よりもはるかに軽く、簡単に帆を張ることができた。ビサヤ人はミンダナオ島にキリスト教の要塞都市_{（サンボアンガ市など）}を建設して対抗した。
　16世紀末にはルソン～ミンダナオ北部の沿岸部と低地の多くがスペインの支配下に置かれた。修道士たちは兵士と一緒に進軍し、やがてスペインの治下の現地人のローマ・カトリックへの名目上の改宗を成し遂げた。しかし、スペイン人がモロと呼んだミンダナオ島とスールー島のイスラム教徒は、征服されることはなかった。モロ領地への入植地はモロのジハードを刺激し有益な結果はうまなかった。

　当初スペインの支配はアメリカ大陸から輸入されたエンコミエンダと呼ばれる一種の税農法によって行われていた。しかし、エンコメンデロ（年貢の取り立て人）が地元の年貢取り立て人を虐待したり、宗教教育を怠ったりしたことや、王室収入が頻繁に滞ったことなどから、17世紀末にはスペイン人はこの制度を放棄した。国王から任命された総督は、自ら文官や軍官を任命して直接統治するようになった。
　マニラの中央政府は19世紀まで中世の面影を残しており、総督は貴族院を支配し、軍の大将を務め、私利私欲のために商売をする特権を持っていた。メキシコのアカプルコとのガレオン船貿易は、マニラの商業的優位性を確かなものにした。中国のシルクとメキシコ銀の交換で、手っ取り早く利益を得ようとするスペイン人だけでなく、多くの中国人コミュニティを惹きつけた。中国人は、疑心暗鬼に陥ったスペイン人に定期的に虐殺されたにもかかわらず、何世紀にもわたって商売の優位性を確立したのである。
　マニラはフィリピンの教会の首都でもあった。総督は島々の教会の市民的責任者であったが、大司教は総督と政治的優位性を争った。宗教団体、ローマ・カトリックの病院や学校、大司教たちは、土地を中心に大きな富を得た。司祭や修道士は、一般のスペイン人には珍しく現地語を操り、彼らは植民地政府にとって貴重な情報源となっていた。スペイン人聖職者はフィリピン人の完全なキリスト教化をめざし、布教活動を始めた最初の数十年は、地元の宗教は弾圧され、古い習慣は許されなかった。しかし、キリスト教徒の信徒が増え、聖職者の熱意が薄れてくると、古代の信仰や習慣が保存されるのを防げなくなってきた。このように、宗教の分野でも、スペイン以前のフィリピン文化が完全に破壊されたわけではない。
　経済的、政治的な制度もスペインの影響下で変化したが、宗教的な領域に比べれば、それほど徹底したものではなかった。司祭たちは、大きな石造りの教会を囲むようにすべての人々をプエブロ（村）に移そうとした。しかし、昔のバランガイのような分散した人口構成はほとんど変わらなかった。農業技術の変化は、18世紀後半まで非常に緩やかであった。焼畑農業が、修道士の指導もあって、より集約的な定住型農業へと移行していった。このスペインの政策がもたらした影響は、階級格差を強めた。旧貴族階級の代表者たちは、西洋的な土地の絶対所有権の概念が導入されたことを利用して、伝統的な土地権が使用権に限定されていたにもかかわらず、さまざまな家来が耕作していた畑を自分のものだと主張した。このような旧貴族の後継者たちは、修道士が支配する地方政府において重要な役割を果たした。

モロ族のイスラム海賊とスペインの対応

　スールー海のスールー、マギンダナオ、ラナオのスルタン連合_{（現代のモロ族）}の経済は奴隷貿易に大きく依存していた。何世紀にもわたってフィリピンの住民は奴隷にされ続けた。略奪もよく行われ、フィリピン諸島のヴィサヤ・ミンダナオのスペイン植民地を襲い、大船団を編成して沿岸の町を攻撃した。スペインの反撃遠征隊はスールー諸島のホロ（Joro）や、ミンダナオのモロ族と戦ったが、敗北と成功をくりかえし制圧はできなかった。
　17世紀後半から18世紀初頭にかけて、スルタン国のスールー海域に対する支配力は最高潮に達した。スールーやミンダナオ島の内陸部では奴隷貿易が盛んで、輸出入された奴隷の大半はヴィサヤ族であったため、「ビサヤ」という言葉が「奴隷」と同義語になっていた。1770年から1870年にかけて、約20万人から30万人が奴隷にされたと推定されている。ブギス族のゴワ・スルタンはスールー海のスルタンから奴隷を購入し、東南アジアの他の地域の奴隷市場で奴隷を再販売した。バタヴィア、マラッカ、パレンバンなどで、年間数百人の奴隷_{（ほとんどがキリスト教のフィリピン人）}が使用人、ガレー奴隷、労働者、妾としてオランダや中国の家庭に売られた。オランダ支配都市でフィリピン人_{（スペイン臣民）}が売られていたことから、スペインの抗議にて1762年にオランダが禁止したが、取締りが甘かったりしてほとんど効果がなかった。
　奴隷の多くは、スールーの首都ホロ（Joro）の奴隷市場で米、アヘン、布切れ、鉄の棒、真鍮製品、武器などと交換された。買い手は通常、優遇措置を受けていたスールーのスルタン国のタウスグ・ダトゥであった。スールー・スルタンの経済は、主に奴隷に基づいていた。1850年代には、スールー諸島の人口の50％以上を奴隷が占め、奴隷は富と地位の主要な指標であり、スルタンの農場、漁業、工房の労働力の源であった。スペインはセブ島やボホール島などのビサヤ諸島に多くの要塞を建設し、高台には教会を建て、海岸線には迫り来る襲撃を警告するための監視塔が建てられた。また、特にビサヤ諸島では、モロ族の略奪者の船よりも速く、追撃できる戦争用の「バランガヤネス」（balangay）を建造するなど、地元のコミュニティによって防衛用の船が作られた。

フィリピン革命と米西戦争

フィリピン革命
米西戦争

　18世紀後半になると、ヨーロッパの政治・経済の変化がフィリピンにも影響を与え始めた。1762年から4年まで7年戦争の一環としてマニラとカビテはイギリスに占領され略奪された。この機会に反スペイン感情の強い最北部のイロコス・ノルテ州やカガヤン州でも反乱が起きた。フィリピンの革命家ディエゴ・シランは、英軍と協力してフィリピン北部のスペイン支配を打倒し、イロカノ独立国家を樹立した。彼の反乱の背景には、スペインの課税と虐待に起因する不満と、イロコスにおけるローマ・カトリック教会と政府の管理と指導を、訓練されたイロカノ人役人にという彼の自治の信念があった。しかしスペインの抵抗により、英国はマニラとカビテ以上に支配を広げることはできず、ディエゴも英軍の援助は実現されず殺され、英軍占領地はパリ条約により返還された。
　しかしこれはスペインが世界の商業から植民地を隔離することの不可能を認識させた。アカプルコ行きのガレオン船独占が徐々に解消され、1830年代半ばにはマニラは外国人商人にほぼ無制限に開放された。マニラが世界貿易に開放されて間もなく、スペイン商人はフィリピンで商業上の覇権を失い始めた。1859年マニラには15の外国企業があり、その内訳は英国7、米国3、フランス2などであった。フィリピン産の砂糖やアバカ（麻）の需要が高まり、1869年にスエズ運河が完成すると、ヨーロッパへの輸出量はさらに拡大した。商業的農業の発展に伴い、教会の土地やスペイン以前の貴族の米作地に加えて、コーヒー、麻、砂糖などを生産するハシエンダ（大規模農場）が誕生し、新たな上流階級が出現し、マニラやヴィサヤ地方のイロイロ、セブなどの貿易港が繁栄した。一方スペインはナポレオンの侵攻により、19世紀初頭から帝国としての力を失っていた。

　フィリピン南部で、スペインは1840年代にモロの海賊と頻繁に交戦した。1848年のバランギンギへの遠征は、19隻の小型軍艦からなる艦隊と数百人のスペイン陸軍部隊を率いて行われた。スペイン軍は3つの砦を強襲し、海賊が退却した後に残りの1つの砦を占領した。この作戦で500人以上の奴隷が解放され、500人以上のモロ人が死傷し、スペイン軍は死者22名、負傷者約210名を出した。この成功はこの地域のモロ族の海賊の活動を抑えるのに貢献した。ブギスの奴隷貿易が止められたのは1860年代にマニラから派遣されたスペイン海軍がスールー海域を巡回してブギスの奴隷船を迎撃し、フィリピン捕虜を救出するようになってからである。1850年代になると、略奪が困難になったため、モロの支配下奴隷は、奴隷の親から現地で生まれた奴隷がほとんどになった。奴隷制度の衰退は、ブルネイ、スールー、マギンダナオの各スルタンの経済的衰退にもつながった。1876年、スペインはスールーの首都ホロ（Joro）の占領に成功した。1877年3月、スペイン、イギリス、ドイツの間でスールー議定書が締結され、スペインのスールーに対する権利が認められ、この地域におけるヨーロッパの緊張が緩和された。スペインはホロに世界最小の城壁都市を建設した。
　だがスペインのモロ支配も、軍事基地や駐屯地、民間人の居住区などに限られ、和平条約はスペイン側は、スルタンがスールーとタウィタウィに対するスペインの主権を認めたと解釈していたが、スルタンは対等な友好条約と捉えていた。これらの地域はスペインの努力にもかかわらず、海賊行為は1900年代初頭まで続いた。中国人はスペインの封鎖を越えてエンフィールド銃やスペンサー銃などの小火器をミンダナオのモロ族に売った。これらの武器の購入代金は、モロ人が奴隷や他の物資で支払っていた。

　フィリピン革命が始まる前のフィリピン社会は、個人の経済的地位に基づいた社会的分類に細分化されていた。社会階層の中での立ち位置を決めるには、経歴、家系、経済的地位が大きな役割を果たしていた。スペイン人や植民地時代以前の貴族の子孫は上流階級に属し、さらにpeninsulares（ペニンシュラレス）、insulares（インシュラレス）、Principalía（プリンシパリア）という階級に分かれていた。ペニンシュラレスはスペイン生まれでフィリピンに住んでいた人たちで、インシュラレスは、植民地で生まれたスペイン人のことである。プリンシパリアとは、植民地時代以前のダトゥ（部族長）、ラジャ（王族）、貴族の子孫で、地方政府の役職や選挙権などの特別な権利や特権を与えられていたが、社会的地位はペニンシュラレスやインシュラレスよりも低かった、地元民の世襲階級である。フィリピン革命のメンバーの多くは、ホセ・リサールのようにプリンシパリア階級に属していた。
　18世紀後半、クレオールの作家たちが、フランス革命の理想をフィリピンで広め始めた。1823年、インシュラレスの大尉アンドレス・ノバレスがフィリピンをスペインから独立させることを宣言し、自らをフィリピン皇帝と称したことで、不安は大規模な反乱へと発展した。 1872年1月の反乱は、サンフェリペ要塞のカビテ工廠の兵士と労働者が反乱を起こしたことから始まった。彼らはスペイン人のメスティーソ（混血）であるフェルディナンド・ラ・マドリード軍曹に率いられていた。しかし何れも失敗した。

ホセ・リサールの活動

　フィリピンでは1863年に初めて公教育が行われたが、教会がカリキュラムを管理し、学校に行っても、スペイン語の読み書きができる人は5分の1にも満たず、きちんと話せる人はもっと少なかった。1880年代には富裕層の子息の多くがヨーロッパに留学していた。ヨーロッパでは、自由な雰囲気の中でナショナリズムと改革への情熱が花開いた。この優秀な海外のフィリピン人学生の中から、「プロパガンダ運動」と呼ばれるものが生まれた。この運動の中心人物であるスペイン系・中国系メスティソであるホセ・リサールは、2つの政治小説Noli me tan gere (1887; Touch Me Not)とEl filib usteris mo (1891; The Reign of Greed)を発表し、フィリピン国内に大きな影響を与えた。1892年に帰国したリサールは、7月3日スペインの植民地政権フィリピンにおける政治改革を求めた組織「リガ・フィリピーナ」を結成した。しかし、スペイン当局にリサールが逮捕され、西ミンダナオ地方のダピタンに移送されたので、リガ・フィリピーナは1回だけ会合を開いた後に解散した。

フィリピン革命

フィリピン革命と米西戦争

一方、フィリピンで独立への強い意志が芽生えていた。

革命組織カティプナンとボニファシオ

　リサールが逮捕された翌日、独学で学んだ倉庫番のスペイン系メスティソであるアンドレス・ボニファシオを中心に革命組織「カティプナン」が結成された。カティプナンは、スペイン人を島から追放することを目的としており、武力による反乱の準備を進めていた。スペイン支配の歴史の中で、フィリピン人の反乱軍は数多く存在していたが、彼らは初めて民族主義的な野心に駆られ、成功を現実のものとするために必要な教育を受けていたのである。ボニファシオらは共同で組織の機関紙「カラヤーン（「自由」の意）」を作成し、1896年3月に出版されたことで、組織の会員数が大幅に増加した。 1896年1月には300人に満たなかったメンバーが、1896年8月には3万人から4万人になっていた。カティプナンの活動の急激な増加は、スペイン当局の疑念を招いた。1896年初頭には、容疑者は監視下に置かれ、逮捕された。5月3日、ボニファシオはパシグでカティプナンの指導者たちの総会を開き、革命をいつ開始するかを議論した。ボニファシオをはじめとする一部の幹部は、革命は避けられないと考えていたが、カビテ州（マニラ南西）のサンティアゴ・アルバレスやエミリオ・アギナルドをはじめとする一部のメンバーは、銃器の不足を理由に、計画に対して保留や不同意を表明した。反乱軍は銃器をほとんど持っておらず、主にポロ（大刀）と竹やりで武装していた。リサールもこの革命は時期尚早であるとして反対し、さらなる準備を勧めたが、革命が勃発した場合には、優秀な軍事指導者として広く認められていたアントニオ・ルナの指導を仰ぐべきだと提案した。
　スペイン当局は1896年8月19日にカティプナンの存在を確認した。無実・有罪含め何百人ものフィリピン人容疑者が反逆罪で逮捕され投獄され、ホセ・リサールはダピタンからの釈放と引き換えにスペイン植民地軍の医師としてキューバに向かう途中だったが、ニュースが流れると、ボニファシオはまず、マニラ湾の船上に隔離されているリサールに、脱出して差し迫った反乱に参加するよう説得しようとした。しかしリサールは彼らの救助の申し出を拒否した。リサール自身は後に逮捕され、裁判にかけられ、1896年12月30日に処刑された。

　ボニファシオは何千人ものカティプナンのメンバーをカローカンでの集団集会に呼び寄せ、そこで彼らは蜂起を開始することを決めた。カティプナンの最高評議会はスペインに対する全国的な武装革命を宣言し、8月29日に首都マニラへの同時統合攻撃を呼びかけた。ボニファシオは、マニラに向かう反乱軍を率いる将軍を任命し、カティプナンを公開の事実上の革命政府に再編成し、自身を反乱軍の大統領兼総司令官とした。
　1896年8月30日、ボニファシオは自らサン・ファン・デル・モンテへの攻撃を指揮し、町の火薬庫と給水所を占領した。多勢に無勢のスペイン人は、援軍が到着するまでの間、遅延戦を繰り広げ、援軍が到着すると、スペイン軍はボニファシオの軍隊を追い返した。他の場所では、8月末には反乱が周辺の地方にまで広がっていた。1896年12月までに、スペイン政府は3つの主要な反乱の中心地を認めていた。カビテ_{（マリアーノ・アルバレス、エミリオ・アギナルドらが率いた）}、ブラカン_{（マリアーノ・ラネラが率いた）}、モロン_{（ボニファシオが率いた）}である。この反乱はカビテで最も成功し、1896年9月から10月までにカビテ州のほとんどが反乱軍の支配下に置かれた。一方ボニファシオはモロンから反乱軍のゲリラの戦術家として彼以外の地域に命令を出していたが、1896年11月に彼が指揮した戦闘でスペイン軍に敗北すると彼の評判は下がった。

　またフィリピンの他の地域では、ヴィサヤのパナイ島のイロイロ市のようにタガログ人の反乱を非難し、スペインに忠誠を誓い、反乱軍に対する鎮圧軍を送った地域もあった。パナイ島では長年イスラム教徒のモロよりの侵略に悩まされており、侵略から街を守り続けてきたスペイン政府を尊重していたのである。

エミリオ・アギナルドとボニファシオの対立、ボニファシオ処刑

　1896年末、ボニファシオは革命の総合的な指導者として認められていたため、反乱軍の指導者たちにカビテ州に招かれ、彼らの間を取り持ち、彼らの努力を統一することになった。カビテ州には、エミリオ・アギナルドの従兄弟であるバルドメロ・アギナルドが率いるマグダロ派と、ボニファシオの妻の叔父であるマリアノ・アルバレスが率いるマグディワン派の2つのカティプナン地方支部があり、対立する派閥となっていた。両派の指導者は上流階級出身で、中流階級出身のボニファシオとは対照的だった。最初の成功を収めた後、エミリオ・アギナルドは、カティプナン政府が存在していたにもかかわらず、マグダロ統治評議会の名のもとに、臨時政府と革命政府を宣言するマニフェストを発表した。特にエミリオ・アギナルドは同州での勝利で名声を得ていた。マグダロとマグディワンは権威と管轄権をめぐって衝突し、戦闘ではお互いに助け合わなかった。

　1897年 3月22日、革命指導者たちは、マグダロ軍とマグディワン軍の間で激化している緊張について議論を再開し、また、選挙によって「カティプナン」の統治問題をきっぱりと解決するために、テヘロスの修道士団地で重要な会議を開いた。ボニファシオは、選挙が始まる前に、結果が皆に尊重されるように求め、全員が同意した。マグダロ派は、当時進行中だったペレス・ダスマリニャスの戦いに参加し欠席していたエミリオ・アギナルドを大統領に選出した。ボニファシオは大統領選で2番目に多い票を獲得した。選挙は続行され、ボニファシオは内務大臣に選出された。ダニエル・ティロナは、ボニファシオが内務長官に任命されたことに抗議し、弁護士資格のない者がその職に就くべきではないと主張した。侮辱されて怒ったボニファシオは、選挙結果を尊重することで有権者が合意したのだからと謝罪を求めた。ティロナはボニファシオの謝罪要求を無視したため、ボニファシオは銃を抜き、ティロナを撃ちそうになったが、大将に選ばれていたマグディワンのアルテミオ・リカルテに制止された。ボニファシオはこの会議で承認されたすべての事項を無効とすると宣言した。一方テヘロス会議の翌日の1897年 3月23日、アギナルドは密かに大統領としての宣誓を行った。

　ボニファシオは選挙が不正行為によって行われたと主張し、スペインと交渉したアギナルドを反逆罪で告発した。アギナルドはボニファシオに彼の政府に協力するように説得したが、ボニファシオはそれを拒否し、カビテから出てモロンに戻るためにカビテのインダンに進む計画を立てた。1897 年4月、アギナルドは、ボニファシオが村を焼き払い、町の人々が食料の提供を拒んだためにインダンの教会を焼くように命じたという手紙を受け取って、ボニファシオの逮捕を命じた。4月25日、アガピト・ボンソン大佐とホセ・イグナシオ・パウア少佐が率いるアギナルドの部下の一団は、インダンのリンボン郡にあるボニファシオの野営地でボニファシオを捕まえた。何も知らないボニファシオは、彼らを快く迎え入れた。翌日の早朝、ボンソンとパウアはボニファシオのキャンプを襲った。ボニファシオは驚き、「同じタガログ人」との戦いを拒否し、部下に銃撃を控えるように命じたが、それでも銃撃戦となった。インダンからハンモックで運ばれてきたボニファシオは、半分飢えて傷ついた状態で、アギナルド大統領の本部となっていたナイックに向かった。そこで彼は1897 年5月5日にアギナルドの政府に対する反乱と反逆、そしてアギナルド殺害の共謀の罪で裁判を受けた。陪審員はすべてアギナルドの部下で構成され、ボニファシオ兄弟は十分な証拠がないにもかかわらず有罪とされ、死刑を勧告され、1897 年5月10日にマラゴンドンの山中で処刑された。

スペインの反撃、アギナルド亡命

　スペインが支配する最後の重要な植民地であったため、スペイン政府はラモン・ブランコ・イ・エレナスの政権下でフィリピン革命の抑制を図った。フィリピンでの反乱のさらなる拡大により、ブランコの副官であるポラビエハ中将に総督のポストが回ってきたのである。1896年12月30日、ポラビエハはホセ・リサールの軍法会議と死刑を監督した。リサールとともに24人が処刑された。1896年8月マニラには500人、その他の列島には700人の兵士がいる。先住民の傭兵は約6,000人。これが1897年 1月までに、合計25,462名の将校と兵士がスペインから到着していた。ポラビエハ総督は、ルソン島だけでも1万2千人以上の反乱軍を鎮圧できる兵力を持っていた。
　1897 年2月13日、ボラビエハは最初の段階であるカビテ作戦を開始した。1897 年2月13日のザポティ橋の戦いでアギナルドはスペイン軍を撃破したが、2月15日よりのスペイン軍の強力なカビテ攻勢は、スペイン製M93で武装した16,000人の兵士と1つの野砲を携えて、革命家たちに向かって進撃した。彼らは次々と町を王家に返還していった。カビテ州のパンプローナ、バタンガス州のバユンユンガンで攻勢を開始したラシャンブレ軍は、その後、アギナルドの首都イムスにまで進撃した。アギナルド率いる革命軍は退却を余儀なくされた。ポラビエハはカビテ州の主要な反乱軍をすべて解散させた。約4,000人の反乱軍がマニラの監獄で死んだ。
　1897 年6月24日、アギナルドはブラカン州サンミゲルのビアク・ナ・バトに到着し、現在のビアク・ナ・バト国立公園内の「アギナルド洞窟」と呼ばれる場所に司令部を設置した。1897 年10月下旬、アギナルドは将軍たちの集会を開き、立憲共和国の設立を決定した。キューバ憲法を参考にイサベロ・アルタチョとフェリックス・フェレールが作成した憲法には、大統領、副大統領、陸軍長官、財務長官からなる最高評議会の設置が規定されていた。アギナルドが大統領に就任した。
　スペインの新フィリピン総督であるフェルナンド・プリモ・デ・リベラは、著名なフィリピン人に紛争の平和的解決のためにアギナルドと接触するよう勧めていた。1897 年8月9日、マニラの弁護士ペドロ・パテルノは、ビアク・ナ・バトでアギナルドと会い、改革と恩赦を柱とする和平案を提案した。1897 年12月14日から15日にかけて、アギナルドは恩赦と賠償金としての80万ドルと引き換えに、敵対関係を解消し、政府を解散することを事実上合意した「ビアク・ナ・バトの協定」に調印した。12月23日、アギナルドをはじめとする革命関係者は、自主亡命のために香港に向けて出発した。

米西戦争

フィリピン革命と米西戦争

マニラ湾の海戦
マニラの戦い（1898年）
パリ条約

　キューバでは数年前から、スペインの植民地支配に対する反乱が起きていた。アメリカは米西戦争に突入する際に、これらの反乱を支援したのである。1873年のバージニウス事件のように、それまでも戦争の不安はあった。しかし、1890年代後半には、民衆を統制するために設置された強制収容所（死亡推定人数は15万人）の報道により、アメリカの世論は反乱を支持するようになった。ジャーナリズムは、民衆の熱狂をさらに高め、より多くの新聞や雑誌を売るために残虐行為を誇張した。多くのアメリカ人は、キューバ人に対するスペインの残虐行為についての大部分が捏造された報告に興奮していた。1898年 2月15日にアメリカ海軍の装甲巡洋艦メインがハバナ港で謎の爆発を起こして沈没すると、民主党からの政治的圧力により、マッキンリー大統領は避けたかった戦争に突入することになった。1898年 4月20日、マッキンリーは、スペインの撤退を要求し、キューバの独立を支援するために大統領が軍事力を行使することを認める議会合同決議に署名した。これを受けて、スペインは4月21日にアメリカとの外交関係を断絶した。同日、アメリカ海軍はキューバの封鎖を開始、双方が宣戦布告した。

マニラ湾の海戦

米西戦争

　宣戦布告を受けたアメリカは、当時フィリピンに駐留していた重要なスペイン艦隊を撃破することが、戦争に勝利するために重要であると考えた。5月1日、アメリカ軍はスペイン軍と交戦するためにマニラ湾に入港した。マニラ湾の戦いは、米西戦争中の1898年 5月1日に起こったカビテの戦いとしても知られ、米西戦争の最初の大規模な交戦となった。ジョージ・デューイ提督率いるアメリカのアジア艦隊は、パトリシオ・モントホ少将率いるスペイン太平洋艦隊と交戦し、アメリカ軍の優れた砲術と操船技術により、スペイン艦隊は撃沈された。アメリカ軍の死傷者はわずか10名であった。この戦いは、歴史上最も決定的な海戦の一つであり、フィリピンの歴史においてスペイン植民地時代の終わりを告げるものであった。アメリカの海事史上、最も重要な海戦の一つとして残っている。
　マニラ湾の敗北の後、スペイン領東インド諸島の首都はパナイ島のイロイロにうつされた。

独立宣言

　アギナルド一行はジョージ・デューイ提督の支援を受けてフィリピンに戻った。5月19日にマニラ湾に到着し、数人の革命家やスペイン軍に雇われていたフィリピン人兵士がアギナルドの指揮下に渡った。アギナルドは1898年 5月24日カビテで布告を発し、フィリピン全軍の指揮を執り、自らを称号的独裁者とし、自らの責任で公布された命令を管理する権限を付与された独裁政府を樹立した。この独裁政府は、平和が確立され、自由が得られるまでの暫定的な性格のものであった。1898年 5月28日、アギナルドは約18,000人の軍隊を集め、カビテ州イムスのアラパンでスペイン軍の小さな守備隊と戦い勝利の後、フィリピン国旗を初めて広げ掲揚した。1898年 6月9日までにアギナルド軍はブラカン、カビテ、ラグナ、バタンガス、バターン、ザンバレス、パンパンガ、パンガシナン、ミンドロの各州を制圧し、マニラを包囲した。
　6月12日、アギナルドはスペインからのフィリピン独立宣言をカビテの自分の豪邸で公布した。6月18日には独裁政府を正式に設立する法令を発表し、地方政府の組織や革命議会の設立と構成についても定めた。6月23日、アギナルドは、顧問のアポリナリオ・マビニの推薦により、独裁政府を自分を大統領とする革命政府に置き換える法令を発布した。この法令は、中央政府の組織、革命会議の設立と代表者の選出を定め、革命政府から共和国への移行を準備するものであった。

マニラの戦い（1898年）

米西戦争

　1898年 6月下旬、アギナルドは、現在カビテに上陸しているアメリカの同盟国の助けを借りて、スペイン人をマニラから追い出す準備を始めていた。アメリカ軍はウェズリー・メリット少将率いる遠征軍の先遣部隊で、最初の部隊はカビテに6月30日に到着し、フランシス・V・グリーン将軍麾下の2番目の部隊は7月17日に、アーサー・マッカーサー准将指揮の3番目の部隊は7月30日に到着し、12,000人の米軍がフィリピンに上陸していた。
　アギナルドはスペインのフィリピン総督バシリオ・アウグスティンに降伏条件を提示していたが、アウグスティンは包囲網を解くためにさらにスペイン軍が送られてくると考えていたため、当初は拒否していた。だが6月16日、包囲網を解除するためスペインを出発した軍艦が、米海軍によってスペイン艦隊が危険にさらされているキューバに進路を変更した。フィリピン・アメリカ連合軍が迫ってくる中、アウグスティンは自分の立場が絶望的であることを悟り、密かにアギナルドとの交渉を続け、100万ペソを提示したが、アギナルドは拒否した。アウグスティンが降伏を交渉しようとしていることを知ったスペイン本国は激怒し、7月24日付でアウグスティンの職務を解いた。後任はフェルミン・ジャウデネスだった。
　1898 年8月、壁に囲まれたマニラの中心地イントラムロスでの生活は耐え難いものとなり、通常1万人程度の人口が7万人になっていた。スペイン総督にはマニラ市街を防衛するために戦う意思はなかった。彼は兵士1万5000名の自尊心を傷つけまいとして見せかけの戦闘には応じたが、それ以上は望まなかった。実弾を使って形だけの戦闘が展開されたのである。マニラが陥落するのは時間の問題であり、フィリピン人革命家に陥落した場合の復讐と略奪を恐れたジャウデネスは、ベルギー領事のエドワード・アンドレを通じてデューイに、短期間の「模擬戦」の後、アメリカ人にマニラを明け渡すことを提案した。デューイは、4万人のフィリピン革命軍を阻止する兵力が不足していることを理由に、この提案を最初は拒否していたが、メリット少将の兵力が使えるようになると、ジャウデネスにメッセージを送り、模擬戦に同意した。

　8月13日、前日にワシントンD.C.でスペインとアメリカの間で和平協定が締結されたことをアメリカ軍の司令官は知らなかった。無血の模擬戦が予定されていたが、スペイン軍が小競り合いで発砲し、本物の攻撃と勘違いしたフィリピン革命軍が前進する米軍に合流したため、6人のアメリカ人と49人のスペイン人が死亡した。予定外の死傷者が出た以外は、戦闘は計画通りに進んだ。朝、マニラ湾に待機していたデューイの艦隊がスペイン陣地を1時間にわたり砲撃した。続いてアメリカ陸軍部隊が進撃した。スペインの軍政長官が降伏した時――米軍の損害は死者13、負傷者57だった――メリット少将はアーサー准将の士気を称賛し、アーサーを憲兵隊最高司令官及びマニラの軍事総督に任命した。新任のマニラ軍事総督が最初にやったのは、「この町とその住民、教会、侵攻、そしてここにあるあらゆる私有財産は、合衆国陸軍の信頼と名誉にかけて保護される」と宣言することであった。そこにはフィリピン軍は含まれていなかった_{(それは意図してのことであった)}。スペイン人は、なるべく流血を避けて戦争を終わらせたいと思っていた。スペイン軍政長官の降伏条件には、彼らが完全に退去するまで、アメリカ軍は反乱者を市内に入れないようにするという一行が入っていた。アギナルドは怒った。アーサーは彼に、ここは忍耐しろと訴えたが、その言葉は冷ややかに受け取られた。

アメリカの軍事政権

　マニラを占領した2日後の1898年 8月14日、アメリカはフィリピンに軍事政権を樹立し、ウェスリー・メリット少将を初代アメリカ軍総督とするフィリピン諸島合衆国軍事政府を樹立した。軍事政権（1898年～1902年）の間、アメリカ軍司令官はアメリカ大統領の権限の下、アメリカ軍最高司令官としてフィリピンを統治した。文民総督が任命された後、国内の一部が平定されてアメリカの支配下に置かれると、その地域の責任が文民に移るという手順を踏んでいた。
　メリット将軍はオーティス将軍に引き継がれ、オーティス将軍はマッカーサー将軍に引き継がれ、最後の軍総督はアドナ・チャフィー少将となることになる。1902年7月に軍総督の地位は廃止され、その後は文官である総督がフィリピンにおける唯一の行政権を持つようになった。軍政下では、当初は兵士を教師としたアメリカ式の学校制度が導入され、最高裁判所を含む民事・刑事裁判所が再設置され、町や州には地方政府が設置された。最初の地方選挙は1899年5月7日、ブラカン州バリウアグでハロルド・W・ロートン将軍によって行われた。

マニラ陥落後、フィリピンとアメリカの対立

　スペイン人はアメリカ人に都市を明け渡し、フィリピン人革命家には落ちなかった。この戦いは裏切られたと感じたフィリピンとアメリカの協力関係の終わりを告げるものであり、占領したマニラの街にフィリピン軍が入るのを阻止した米軍の行動はフィリピン軍に深く恨まれた。このことが後にフィリピン・アメリカ戦争につながり、米西戦争よりも死とコストがかかることになった。

　1898年 8月25日にカビテで起きた米軍兵士と反乱軍の衝突では、ユタ連隊のジョージ・ハドソンが死亡、ウィリアム・アンダーソン伍長が致命傷を負い、第4騎兵隊の4人の兵士が軽傷を負った。これがアンダーソン将軍を刺激し、アギナルドに手紙を送る「我々の軍隊が遭遇するという非常に重大な不幸を避けるために、私はあなたがカビテから護衛を連れて直ちに撤退することを要求する。私の部下の1人があなたの部下によって殺され、3人が負傷した。これは明白であり、説明や遅延は許されない」
　反乱軍の内部通信では、アメリカ人はその時、酔っ払っていたと報告されている。ハルステッドによると、アギナルドは遺憾の意を表明し、犯罪者を処罰することを約束した。反乱軍の内部通信では、アポリナリオ・マビニが当初、特定された犯罪者を調査し処罰することを提案していた。アギナルドはこれを修正し、「...彼は貴軍兵士によって殺されたのではなく、彼ら自身（米人）によって殺されたと言うように。貴公の電報では、彼らは酔っていたのだから」と命じた。当時、カビテにいた反乱軍の将校は、自分の従軍記録にこう報告している「8月24日の午後、部隊長と駐屯地の准尉の命令のもと、反米運動に参加した」。

　9月の終わりまでに、アギナルドの軍隊は9,000人以上のスペイン人捕虜を捕らえ武装解除した。彼らはおおむね自由に動き回ることができたが、アギナルドの支配下にあった。スペイン人が逃げ出すと、反乱者たちは群島各地の砦や街を次々に占領して言った。サンボアンガでは、スペイン軍のある将軍が部隊撤収中に殺害された。デューイの砲艦は殺戮が拡大しないように介入した。
　一方、スペインに忠誠を誓ったヴィサヤのパナイ島イロイロでも、1898 年10月になると、新たなタガログ族の遠征隊がパナイ島に派遣され、これまで以上に強い力でイロンゴ_{（パナイ島などの西ヴィサヤ系原住民）}民衆を強制的に、あるいは説得して蜂起させ、ついにデ・ロス・リオス総督はイロイロに後退しなければならなくなった。パナイ島でも海岸部と内陸部は、同じイロンゴ人でも利害は一致していなかった。マルティン・デルガド将軍の指導により、イロイロ郊外の町の住民の支持を得た後、11月中旬には、パナイ島の市域、ジャロ、ラパス、モロを除く実質的な全島が革命派の支配下に置かれた。12月には、デ・ロス・リオスはイロイロの都市と港だけを押さえていたに過ぎなかった。

パリ条約

米西戦争

　マニラ湾でのデューイの驚異的な勝利が発端となり、キューバは1898年 7月に陥落した。その結果、1898年のパリ条約では、キューバの一時的な支配を認め、プエルトリコ、グアム、フィリピン諸島の所有権を譲ることになった。フィリピンの割譲には、スペインが所有するインフラをカバーするために、アメリカがスペインに2,000万ドル_{（現在の6億2,000万ドル）}を支払うという内容だった。スペイン帝国の残骸の敗北と喪失は、スペインの国民精神に大きな衝撃を与えた。スペインは西サハラ、ギニア、モロッコ、カナリア諸島などわずかな海外領土しか保持していなかった。フィリピンを失ったことで、スペインに残っていた太平洋のカロリン諸島とマリアナ諸島の領有権は手に負えなくなり、ドイツ・スペイン条約（1899年）でドイツに売却された。
　アギナルドは、1898 年12月10日にパリ条約が締結されたことを知らなかった。1898 年12月10日、パリで和平条約が調印されたとき、アギナルドは新しくやってきた白人たちをもはや解放者とは見なしていなかった。そして、彼らに対抗するために戦力を動員し始めた。

　1898年 12月25日_{（12月10日のパリ条約調印から15日後）}、マニラからスペイン臨時政府がうつされていたパナイ島のイロイロにおいて、スペイン政府はアルフォンソ12世広場_{（現在のリベルタ広場）}でイロンゴ人革命家に降伏した。デ・ロス・リオス総督の代理を務めていたリカルド・モネ軍事州知事は、アグスティン・ソリス中佐とともに、アルフォンソ12世広場を新設されたフィリピン共和国の大統領エミリオ・アギナルドの代理としてイロイロに来ていたデルガドに正式に引き渡した。デルガドはその後、州知事に就任した。イロンゴ族の新たな自由を手に入れたのも束の間だった。アメリカ軍はパリ条約に基づいて領土を占領するため1898年 12月27日にマーカス・P・ミラー将軍の指揮下でイロイロに到着し強化された。

第一次フィリピン共和国

　第一次フィリピン共和国は、1899年1月21日にブラカン州マロロスでマロロス憲法が公布されて正式に成立した。
　フィリピンの革命運動には、国家的目標と社会的目標の2つがあった。第一の目標である独立は、一時的に実現したものの、アメリカが島々の管理を続けるという決定を下したことで挫折した。根本的な社会変革の目標は、マロロス共和国による修道士の土地の国有化に現れていたが、最終的には既成の制度の力と回復力によって挫折した。経済的な理由もあってアギナルドに賛同した借地人たちは、単に地主を交換しただけだった。いずれにしても、1898年に共和国が宣言されたことで、フィリピン人はアジアで初めてヨーロッパの植民地支配から脱却しようとした民族となった。

フィリピン・アメリカ戦争

戦争の勃発、マニラの戦い（1899年2月4-5日）
ヴィサヤ諸島、ミンダナオ、1899年の戦い
首都マロロス制圧とタルラックへの首都移転（1899年3月24日～8月16日）
　第一次フィリピン委員会
　ルナの暗殺（1899年6月5日）
タルラック占領、第一フィリピン共和国崩壊（1899年11月）
ゲリラ戦の段階
オーティス将軍の解任（1900年5月6日）
タフト委員会（第二フィリピン委員会）
ゲリラ戦の継続
戒厳令（1900年12月20日）
アギナルドの逮捕（1901年3月23日）
マッカーサー将軍の解任（1901年7月4日）
アギナルド逮捕後の戦闘、バタンガス州とサーマル島、米軍の焦土戦術
　バタンガス州とラグナ州
　サーマル島
ロッジ委員会
1902年の戦争終結

　アメリカによるフィリピン併合は、アメリカ政府やメディアの関係者によって、旧スペイン植民地の人々を解放し保護するという名目で正当化された。当時、最も著名なアメリカ帝国主義者の一人であったアルバート・J・ベバリッジ上院議員は、次のように述べている。
「アメリカ人は、キューバ人、プエルトリコ人、フィリピン人をスペインの圧政から解放するために、利他的にスペインとの戦争に乗り出した。もし彼らがフィリピンに長く留まっていたとしたら、それはアメリカの撤退を待っているヨーロッパの捕食者からフィリピン人を守り、アメリカ式の民主主義を彼らに教えるためだった」

　だが条約が批准された時には、すでにアメリカ軍とフィリピン軍の間で敵対関係が始まっていた。フィリピンの指導者たちはアメリカの島に対する主権を認めておらず、アメリカの司令官たちはフィリピンの独立の主張を重視していなかった。独立主義者の抵抗を打ち破るには、2年間の対反乱戦と、政治的な場での賢明な融和策が必要だった。アーサー准将は新しい上官のイーウェル・S・オーティス少将に忍耐を解いたが、オーティスは反乱者が武器を置かない限り、話し合いの余地はないと主張して譲らなかった。

　1898年 12月21日、ウィリアム・マッキンリー大統領は、「被支配者の最大の利益」のために「慈悲深い同化、正義と権利の穏やかな揺らぎを恣意的な支配に置き換える」という宣言を発表したが、当時フィリピンの軍事総督に任命されていたオーティス少将は、その発表を延期した。しかし、当時イロイロ市にいたマーカス・ミラー准将は、オーティスが修正版を発表したことを知らずに、現地のフィリピン人関係者に宣言文の原本を渡してしまった。
　この公布文の原本は支持者からアギナルドに渡され、アギナルドは1月5日に次のような反公布文を発表した。
「わが政府は、……自国の領土の一部のこのような暴力的で攻撃的な奪取を見て、無関心でいることはできない。したがって、わが政府は、アメリカ軍がビサヤ諸島を強制的に占有しようとするならば、敵対行為を開始する用意があるのである。誰が真の国家抑圧者であり、人類を苦しめる者であるかについて、人類の良心が絶対的な判決を下すことができるように、私はこれらの行為を世界の前で糾弾する」。
　オーティスはアギナルドの宣言を戦争に等しいものと考え、軍隊を警戒させ、観測所を強化した。一方で、アギナルドの宣言は戦うための精力的な決意で大衆を活気づけた。

戦争の勃発、マニラの戦い（1899年2月4-5日）

　当時米軍はマニラの都市部に、アギナルド軍は町の周囲を占領していた。2月4日、ウィードン中尉は夜の7時にサントル道路の前哨基地を担当し、7時半には「武装した反乱軍は町やその周辺に入ってはならない…」という命令が出された。1899年2月4日の午後8時頃、グレイソンはオーヴィル・ミラー一等兵ともう一人の男と一緒にパトロールした後に突然4人の武装した男に遭遇した_{（フィリピン側は非武装だったと主張している）}。グレイソンの証言によると、彼とミラーは「止まれ！」と叫び、4人がライフルをコッキングして応えたので、彼らに発砲してサントルに退却したとのことである。双方が被害を主張しているが、アメリカとフィリピンの公式報告書では負傷者は報告されていない。この小競り合いがマニラの戦い、そして戦争の始まりとされている。フィリピン軍の大隊がアメリカ第3砲兵隊に突撃し、アメリカ兵の一個中隊を排除し、一時的に2個の砲を奪うことに成功した。
　その時アギナルドはマニラにいなかった。その日の夜、マニラにいたフィリピン人隊長からマロロスにいる彼に、米軍が敵対行為を始めたという内容の電報が入った。アギナルドは、独立主義者からの支持と彼の指導的地位を維持しつつも、アメリカとの公的な衝突は避けたいと考えていた。

　翌日（2月5日）、アーサー准将はアメリカ軍の進撃を命じた。2月5日の戦闘は米軍とフィリピン軍の間の25km（16マイル）の前面に沿って戦われ、米軍19000とフィリピン軍15000の間で戦われた戦争で最も大きく血なまぐさいものだった。
　フィリピン軍は、将軍たちが週末に家族のもとに帰ってしまったため、準備も指導者もいない状態であった。一方、アメリカ兵は準備万端で、あらかじめ用意された計画に沿って行動するだけでよかった。フィリピン軍将校たちが戦場に到着すると、多くは戦闘を止めようとした。アギナルドはオーティス将軍に使者を送り、「前夜の我々側の発砲は私の命令に反していた」と言って調停にあたらせた。オーティスは、アメリカ・インディアン戦争のベテランであり、数十年前にスー族の敵に対して行ったのと同じような反応を示した。「戦いが始まった以上、厳しい最後まで続けなければならない」。
　アギナルドは、アメリカ人に強制されたら戦うことを誓い、信奉者たちを安心させた。
「我々の友人を装い、スペイン人に代わって我々を支配しようとする者たちに不当に攻撃されている我々の国の名誉、そして軍隊の名誉を維持することは、私の義務である。従って、私に託された国家の防衛のために、ここに命令し指揮する。フィリピン共和国とアメリカ占領軍との間の平和と友好関係は破壊され、後者は戦争法で定められた範囲で敵として扱われる」。
　マニラ北部を指揮していたアーサー准将は、攻撃された場合には全師団がサンタ・メサ・リッジに沿って全面的な攻撃を仕掛け、ブロックハウスを占領し、中国人病院とラ・ロマ墓地を奪うという防衛計画を立てていた。フィリピン軍は米軍の突然の攻撃に驚き、塹壕にて銃撃戦を行った。アーサー将軍の北への攻撃は、マニラを見下ろす尾根を占領した。一方マニラ南部のトーマス・M・アンダーソン准将の攻撃では、最初の混乱の後、パサイ村とそこに保管されていたフィリピン人の物資を奪い取った。ピオ・デル・ピラール准将の部隊はパシグ川に逃げ込み、多くの者が溺死した。フィリピン軍は、マニラ市民が反乱しアメリカ軍を分断することをあてにしていた。しかし、市内で蜂起の兆候は見ることがなかった。米軍はフィリピン軍の多くの地域を制圧した。

　米軍の死傷者は238人で、そのうち44人が戦死または負傷死、フィリピン軍の死傷者は4,000人で、そのうち700人が死亡したとアメリカ軍の公式報告では推測している。フィリピン軍はショックを受けた。彼らは、夜の襲撃の後、要塞都市に退却するというスペインの戦術に慣れていた。

カローカンの戦い（2月22-4日）、アントニオ・ルナの活躍と挫折

　マニラを押し出されたフィリピン軍は、マニラの北12㍄のカローカンで再編成された。2月10日USSチャールストンとUSSモナドノックからの海軍砲撃の後、アーサー軍は攻撃を開始し、フィリピン軍を圧倒した。フィリピン軍は首都マロロスに向かって後退した。しかし米軍の首都マロロスへの進撃はオーティスの命令により延期された。フィリピン軍はアントニオ・ルナ将軍の指揮下で反撃計画を始めた。フィリピン軍は総兵力5000、米軍はマニラとその郊外に15000-20000の兵力があった。

　2月22日午後9時、マニラのサンタクルスの売春宿で火災が発生し、続いてマニラのトンドでも火災が発生した。この火災はフィリピン軍の反撃の始まりを告げるものだった。地元の消防士たちは行動を起こさなかったので、アメリカ人はヨーロッパ人のボランティアを使った。500人のフィリピン軍が市の北部を占領した。慌てた難民たちはトンドの炎から逃げ出し、真夜中過ぎにはビノンドの市場が火事になった。その結果、火事が収まるまでに3時間かかった。午後10時頃、フランシスコ・ローマン大佐率いる武装したフィリピン人がトンドに入り、驚いた米軍と衝突した。

　 2月23日の夜明け、フィリピン軍は米軍に対し大砲を撃ち、攻撃を開始した。ルナはクルップ・ライフル式ブリーチローダーを確保して部下の砲撃を支援することに成功した。しかし、前進するフィリピン軍がカローカンの米軍ラインを破壊しようとする一方で、米軍はUSS モナドノックと位置を調整することができた。同艦の双砲塔が発射した10インチ砲弾は、多数のフィリピン人家屋に火を放ち、フィリピン軍の攻撃を分断し、彼らを後退させて身を守ることを余儀なくさせた。
　しかし、ガルシアの部隊はマニラの予定された占領地点に到達しており、カンラス少佐率いるパンパンガ軍の2個中隊_{（合計約400人）}が急進し、ラ・ロマを包囲した。パンパンガ軍の弾薬が尽きると、カウィット軍の4個中隊_{（約800人）}がパンパンガ軍と連携して、ラ・ロマに駐留するアメリカ軍を共同で攻撃するように命令された。カウィット軍司令官のジャノリノ大尉は、「アギナルド大統領の命令にのみ従う」と言って、この命令に従わなかった。その後の戦闘は敗北し、後にルナとルナの陸軍長官補佐のアンブロシオ・フローレス将軍は、この事件がこの日のフィリピン人の勝利を阻んだ主な要因であると指摘した。
　2月23日の終わりまでに、フィリピン人はサンパロック、ビノンド、トンドを確保することができた_{（ピオ・デル・ピラール将軍、ジェロニモ将軍、ヒゾン大佐）}。ペドロ・ジャノリノ大尉率いるカウィット大隊はメイシックを確保し、約6,000人のカローカンのアメリカ軍は、ラネラとガルシア率いるフィリピン軍に包囲されていた。翌日、フィリピン軍は前日よりもさらに激しい戦闘を展開した。しかしフィリピン軍の部隊間の連携が弱かったため、アメリカ軍は多くの電報を傍受し、通信を妨害していた。その結果、調整がうまくいかず、カウィット大隊やサンダタハネスなど一部の部隊の規律の悪さと相まって、最終的に反撃は各個撃破され、フィリピン軍は総じて元の位置に退却していった。

　米軍39人と比島軍の500人が死傷者としてカウントされた。戦闘後、ルナは反抗的な態度をとったカウィット大隊を武装解除したが、アギナルドは彼らをラモス少佐の指揮下に置き大隊を復活させ対抗した。カウィット大隊の復活を知ったルナは、2月28日に辞任を申し出た。アメリカ側も、武装したフィリピン人のマニラへの入国を禁止し、マニラに入る人には通行証を発行するなど行動した。アメリカ側が援軍の到着を待って活動を停止したため、戦いの後は、フィリピン人ゲリラの小集団が限定的に活動した以外は、比較的平和な時期が続いた。3月10日から23日にかけて、ようやくロートン将軍の援軍が到着し始めた。

　ルナは3月1日に辞任したが、これは主にカウィット大隊を大統領警護隊として再編成したことへの憤りからであった。アギナルドは躊躇しながらも辞任を受け入れた。その結果、ルナは3週間戦場を離れ、その間にフィリピン軍はいくつかの敗北と挫折を経験した。3月27日のマリラオ川の戦いでの敗北もその一つであった。インデペンデンシア紙の特派員を通じて現地からの悲惨な報告を受けたルナは、アギナルドのもとに赴き、全軍の責任者としてより大きな権限を与えて復職させることを求め、アギナルドは彼を中将に昇進させ、中央ルソンのすべてのフィリピン軍の総司令官にすることに同意した。

ヴィサヤ諸島、ミンダナオ、1899年の戦い

　ヴィサヤ諸島は、フィリピン中部のパナイ島、セブ、レイテ島、サーマル島などを含むフィリピンの3大地域の一つである（残り2つはルソン、ミンダナオ）。この地域はセプアノ、イロンゴなどのヴィサヤ人の地域で、アギナルドのルソン中部タガログ人との相剋感情や、都市部の有産階級と農村部の対立などがありフィリピン軍はまとまることができなかった。米軍により、パナイ島のイロイロは2月11日、セブ島のセブシティは2月26日、ネグロス島のバコロドは3月10日、スールー諸島のジョロは5月19日に次々と占領された。

イロイロの戦い

　イロイロ州首都イロイロでは、スペイン軍が街を去った1898年 12月25日以後、革命軍は音楽と旗を掲げて正式に入場した。政府が設立され、1899年1月17日に行われた選挙では、名家で地元民や外国人から尊敬されていたレイムンド・メリザが市長に就任した。しかし、アギナルド政権が確立した新体制の影響力は、首都から1日かけて行進する範囲を超えて有効に働くことはなかった。イロイロ市と州の境界で、米軍はマニラからの信号を待っていた。ミラー准将は降伏の要求を出したが、銃は撃たれなかった。アメリカ側は時期を待っていた。アメリカ上院がパリ条約を批准したのは1899年2月6日のことだったからだ。
　2月4日、ルソン島でアギナルド軍とアメリカ軍の間に敵対関係が発生した。使者はアギナルドのメッセージをイロンゴ族に伝え、敵に対抗して市を守るように命じた。2月7日、マニラからの命令を受けたミラーは、降伏が行われない場合は12日までにイロイロを砲撃すると脅して、降伏の要求を再度行った。
　米軍が攻撃の準備をしているとき、マルティン・デルガド将軍率いる1,650人のイロンゴ原住民軍隊は、統制がとれず、将校に対して横柄な態度をとるようになった。彼らには毎月4ペソの報酬と食料が約束されていたが、受け取ったのは1ペソだけであった。反乱や街の略奪、焼き討ちなどの脅しがあり、将軍たちはヴィサヤ人部隊をなだめるためパナイ島の町からお金を集めざるを得なかった。同じことがルソンから来たタガログ族の部隊にも起こった。市街地で暴動の危険と兵士の態度が、住民の恐怖心を煽った。中国系商人たちは店を閉めてしまい、身の危険を感じていた多くの名家は、フィリピン国旗を掲げた小さなスクーナー船でネグロス島に渡り、2つの島の間の海域で待機していたアメリカ船とは何のトラブルもなかった。
　2月10日、市庁舎での臨時会議では、迫りくる都市砲撃のための計画について話し合った。イロイロを燃やすという提案がなされたが、市長はこの野蛮な計画に抗議した。しかしこの会議では、焼却に賛成する意見が多数を占め、これは略奪、蹂躙、殺戮を誘うものだった。イロイロに財産を持たず、持っている人に嫉妬していたイロンゴ扇動者たちに対し、イロイロの地元に愛着を持たないタガログ族の傭兵たちがすぐに反応してくれた。
　アメリカ人がUSS PetrelとUSS Bal timoreによる砲撃を開始したのは1899年2月11日である。外国人の目撃者によると、この砲撃でかなりの数の建物が損傷したという。一方、早朝から撤退してきたイロンゴ原住民の兵士とそれに続く暴徒があちこちに押し寄せ、石油で汚れた家に火の粉を投げつけているのが目撃された。中国人はバザールを焼かれてしまったので、バリケードを作っても役に立たなかった。ヨーロッパ人とスペイン人の混血児は、暴徒に数ペソの賄賂を渡すなど、あらゆる手段で身を守らなければならなかった。路傍にいた2隻のイギリスの軍艦がボートを上陸させ、海兵隊員の一団を上陸させたが、イギリスはイロイロに強いビジネス上の関心を持ち、領事館を持っていたため、外国人の財産を救うために勇敢な努力をした。同日の1時に米マーカス・ミラー准将率いる軍が上陸し、秩序を取り戻した。アメリカ人の犠牲はなかった。やがてアメリカ軍当局に賠償請求がなされたが、すべて却下された。
　10年後、地元紙「ヌエボ・ヘラルド」に掲載された記事は、女王の街の破滅を次のようにまとめている。
「撤退するイロンゴ軍によって都市の主要部分が灰燼に帰したため、火災はイロイロという名前だけを残した。この出来事が、マニラに次ぐ美しい都市を破滅させる原因となった。マニラでは、お金が余っていなくても、人々の福祉も不足しておらず、生活は豊かで平和であった。このような文句のつけようのない行為を仕込んだ頭脳が、その結果を測っていたら......」。

　1899年2月になると、米軍は市と州を新たに植民地化するために動員を開始した。イロンゴ人は1901年まで抵抗を　続けた。多くの指導者たちは新体制に降伏し、無条件でイロイロの社会に復帰した。その中には、1901年から1904年まで、星条旗の下でイロイロ州の知事の地位を引き受けたマルティン・デルガド将軍もいた。彼は当時、列島全体で最も高給取りの知事で、毎年3,000ドルの金を受け取っていた。1901年4月11日、イロイロのいくつかの町で地方政府が設立された。

　革命と米比戦争の余波で、アギナルド政権は、少なくともパナイ島では失敗だったということは、最も冷静で教育を受けた有産イロンゴ人の誰の目にも明らかだった。ビサヤの地位のある有産人たちは、既成の政治権力からの管理や保護なしに独立するのは時期尚早であり、災害になると確信した。また、タガログ族の優位性に対するビサヤ族の恨みも、アギナルド政権の失敗の一因となった。悪化させた要因は、タガログ族の軍隊の独裁的な空気と残忍な行為であり、それは友愛的な団結の理論を破壊した。

ヴィサヤの他の地域の戦い

　ネグロスでは1898年 11月にスペインに対する反乱がおき独立しネグロス共和国となっていた。しかしこの政権は経済的利益または現実主義的であり、1899年2月米軍が上陸すると州政府はすぐ米国に降伏した。ジェームズ・F・スミス准将は、暫定政府の大統領アニセト・ラクソンからの招待を受け、ネグロス小地区の軍総督として3月4日にバコロドに到着した。

　セブではヴィルガスが革命軍を率いて1898年 4月3日にスペインに対し反乱したが敗北していた。しかしマキシロムは活動を続け、1898年末マキシロムは島のスペイン当局に手紙を書き、降伏を要求した。絶え間ない戦いにつかれていたスペインのモンテロ総督はこれを受けサンボアンガに退避した。ルイス・フローレスによる革命評議会が設立された。だが1899年2月21日米軍がセブに上陸して降伏を要求した際、フローレスはすぐ受け入れ降伏した。
　ジョージ・デューイ提督は、チャールズ・F・コーンウェル少佐の指揮するペトロール号を2月21日にセブ市の港に入港させた。続いて3月14日にはエルウェル・S・オーティスがグリーンリーフ・A・グッデール少佐率いる第23歩兵隊の部隊と、トーマス・R・ハマー中佐をビサヤ軍管区のセブ小区域の軍総督に任命した。
　マキシロムらは降伏を拒否し戦いを続けたが1901年10月27日40人の仲間とともに米軍に降伏しセブの戦いは終わった。

ミンダナオ島

　ミンダナオはフィリピンの他地域と同じく、中国や南インド文化の影響を受けつつアミニズム信仰が主流であったが。14世紀よりマレーからイスラムの普及が始まり、イスラム教がミンダナオ島で影響力を持つようになると、スルタン国の原住民はイスラム教に改宗するか、新しいイスラム教徒の支配者に貢ぎ物をする必要があった。しかし、ミンダナオ島の大部分はアニミズムのままで、特に内陸部のルマド族の人々はそうであった。ヴィサヤ族_{（セブやレイテ、パナイなどのヴィサヤ諸島に住んでいる民族）}などが住んでいた北部、東部、南部の海岸地域のほとんどは、その後ローマ・カトリックに改宗し、沿岸地域に集落や砦を築いた。これらの集落は、近隣のイスラム教のスルタンからの襲撃・略奪・拉致・奴隷化にも耐えた。スペインは何世紀にもわたってイスラムのスルタン国との戦いを続け、1876年、スペイン軍はスールーのスルタンのジョロを占領した。スペイン人とスールーのスルタンは1878年7月22日にスペイン平和条約を締結した。

　1899年にアメリカがフィリピン北部を占領した後、フィリピン南部のスペイン軍は廃止され、サンボアンガとジョロの守備隊に退却した。アメリカ軍は1899年5月18日にジョロのスペイン政府を、1899年12月にはサンボアンガのスペイン政府を掌握した。スペインに対するフィリピン革命と同時期に、ミンダナオ島の革命国家として勃興したサンボアンガ共和国は、迫り来るアメリカ人に吸収された。
　アメリカ政府は、スペインとの旧来の保護国関係を継続することをモロ族に伝えたが、モロ族のスールー族のスルタンはこれを拒否し、新たな条約の交渉を要求した。1899年8月20日、アメリカはモロ・スールー・スルタンとキラム・ベイツ条約を結び、スルタンの内政と統治における自治を保証した。その中には奴隷制の維持を保証した第X条も含まれており_{（実際のところ、ベイツはこの条約を批准するつもりはなかった。後にベイツが告白するように、この協定はルソン島の北軍が敗北するまでの一時的な時間稼ぎに過ぎなかったのである）}また、スルタンと彼のダトゥ（部族長）らは、見返りとして、毎月支払いを受けることになっていた。アメリカはモロをフィリピン・アメリカ戦争に巻き込まないように外交問題を処理した。

　フィリピン南部の第一共和国軍は、ニコラ・カピストラーノ将軍が指揮しており、アメリカ軍は1900年から1901年の冬にカピストラーノに対する遠征を行った。1901年3月27日、カピストラーノは降伏した。

海軍封鎖と条約

　ジョン・C・ワトソン提督は8月19日、「フィリピン共和国の旗を掲げた船舶、閉鎖港と交易する船舶、戦争の禁制品を積んだ船舶」の封鎖を開始した。海軍は陸軍の10隻の河川汽船を補完する形で25隻の水上ガンボートを使用し、大砲や機関銃で武装して、ザンボアンガ、セブ、イロイロ、ビガンに駐留させた。
8月20日、ジョン・C・ベイツ准将とスールーのスルタンが条約を結び、スルタンはアメリカの主権を受け入れ、アメリカがジョロ、サンボアンガ、シアシを駐屯することを認めた。

首都マロロス制圧とタルラックへの首都移転（1899年3月24日～8月16日）

　1899年3月17日、オーティス将軍は第8軍団をマニラの防衛軍とマニラ北部のアギナルド軍に対する作戦を遂行する攻撃軍に分けて再編成した。
　マロロス作戦は1899年3月24日から8月16日にかけて行われ、フィリピン共和国第一政府の首都であるマロロスが最初の目標であった。アーサー将軍の隊列は、マニラ-ダグパン間の鉄道 Ferrocarril de Manilaに沿って北上し、3月31日にマロロスを占領したが、アギナルドは同日、パンパンガ州サンフェルナンドに逃げていた。この時少将に昇進していたアーサー・マッカーサーは野戦指揮官として卓越していた。反乱軍を十数回にわたる激しい戦闘で撃破し、自ら兵士の先頭にたって指揮をとり、何度となく間一髪のところで死を免れたのである。春の初めには、ルソン平野の中央部から反乱軍を一掃し、故国の新聞に英雄とたたえられた。
　1899年5月、第一フィリピン委員会を介して、アギナルドとマッキンリー大統領の休戦交渉が行われたが、決裂した。夏になると、アギナルドはタルラックに立てこもった。

マニラ南部、ラグナ・デ・ベイ作戦（1899年4月8日～17日）

　3月、ロイド・ウィートン准将の軍はパシグ、パテロス、タギッグを通ってラグナ・デ・ベイまで戦い、フィリピン軍を南北に切り分け、ガンボートが湖をパトロールできるようにしていた。マッカーサーの隊が北側の鉄道沿いの反乱軍を叩いていたのに対し、ヘンリー・ロートン少将は隊を南下させ、4月10日にラグナ・デ・ベイ地域のサンタ・クルスを占領し、4月17日にマニラに戻った。ロートンがカランバの町を占領したいと考えていたにもかかわらず、オーティスはラグナ・デ・ベイ・キャンペーンからロートンを呼び戻した。ロートンの部隊が出発したとき、フィリピン軍がサンタ・クルスを再び占領するのが見えた。

マニラ北部、カルンピットの戦い（1899年4月25-27日）

　アーサー将軍は1個旅団をマニラ・ダグパン鉄道線に送り込み、別の旅団は西の馬車道を進んだ。オーティス司令官はロートン将軍を西のバリウアグまで前進させて阻止部隊とするつもりだったが、ロートンはフィリピン軍をカルンピットにあるルナの拠点の防衛から引き離すために北のノルザガライまで移動するものと考えていた。
　ルナの主力部隊がいるカルンピットでは、何千人もの労働者が、榴散弾から守るために鉄のレールやボイラープレートで屋根を葺いた塹壕や壁を建設して、手ごわい自然の防御を強化していた。約4,000人の兵士がカランピット自体を守り、さらに3,000人の兵士がバリウアグで側面を守っていた。ルナは軍の大部分をカランピットの南にある鉄道線に沿って展開し、4月10日から11日の夜に鉄道線沿いの守備隊に一連の攻撃を仕掛け、米軍を後退させたが、追い出すことはできなかった。
　オーティス司令官は4月24日に攻撃を開始するつもりだったが、4月23日にキングアへのアプローチを調査していた米軍の偵察隊が動けなくなった。偵察隊を支援するためにアメリカ軍が投入されたことで戦闘が展開された。4月25日、アメリカ軍はルナの拠点を襲撃し、1日の激しい戦闘の末に陥落した。アメリカ軍の北上はカランピットで止まり、敵対関係を終わらせるための交渉が行われた。アギナルドを代表してマヌエル・アルゲレス大佐がロートン将軍の陣営に到着し、アギナルドがばらばらになった政府を招集して条件を話し合うために、3週間の休戦を要求した。ロートンは彼をオーティスに送り、オーティスは休戦を拒否したが、ロートンとアーサーにその位置を維持するように伝えた。

　5月2日、アギナルドの代表は、オーティスがフィリピン共和国を主権国家として認めることを条件に3ヶ月間の停戦を提案した。オーティスはこの条件での停戦を拒否したが、アメリカ人とフィリピン人から選ばれた諮問委員会と司法官を含むフィリピン市民政府に関するマッキンリー大統領の計画のコピーを代表者に渡した。

第一次フィリピン委員会

　チャールズ・マック大佐は、1899年にフィリピンから帰国した際、ミネソタ州義勇歩兵第13連隊長のリーブ大佐は「戦争は嘆かわしく、正当化できず、アメリカの原則に反するものであると述べている。さらに彼は、戦争は和解的な手段で防ぐことができたはずだ」と述べている。さて、我々は皆、反乱を鎮圧しなければならないという命題に同意しているが、当初は融和的な方法が採用されなかった。1月4日のオーティス将軍の不幸な布告は、和解を不可能にしてしまった。
　1899年1月20日、マッキンリー大統領は、ディーン・C・ウースター、チャールズ・H・デンビー、デューイ提督、オーティス将軍をメンバーとする委員会の議長にジェイコブ・グールド・シュルマンを任命し、島々の状況を調査して勧告を行うことにした。その後、2月4日に米軍とフィリピン軍の間で戦闘が発生し、3月に非軍事委員会のメンバーがフィリピンに到着すると、オーティス将軍は委員会を自分の権限の侵害とみなしていた。
　4月に行われたアギナルドの代理人マヌエル・アルゲレス大佐との会談で、委員会はフィリピン人が新政府での具体的な役割を知りたがっていることを確信し、マッキンリーに具体的な計画を提示する許可を求めた。マッキンリーは、「大統領が任命する総督、総督が任命する内閣、国民が選出する一般諮問委員会」で構成される政府の提案を許可した。マッキンリーはまた、フィリピン人に「平和と秩序に合致した最大規模の地方自治」を約束したが、米国の憲法を考慮すると、米国議会が具体的な規則を制定する必要があるという注意書きがあった。

和平交渉

　アギナルドが招集した革命議会は、マッキンリーの提案に基づいて戦闘を停止し、平和を受け入れることを全会一致で決議した。5月8日、アポリナリオ・マビニが率いる革命内閣は、ペドロ・パテルノとフェリペ・ブエンカミーノが率いる新しい「和平」内閣と交代した。革命議会と軍司令官の会合の後、アギナルドは「より穏健で融和的な新内閣から助言を受けている」と委員会に進言し、フィリピン委員会との会談のために代表団を任命した。
　この時、革命軍の野戦司令官アントニオ・ルナ将軍は、パテルノをはじめとする内閣のほとんどを逮捕した。この事態に直面したアギナルドは、和平内閣への支持を撤回し、マビニと元の内閣が政権に復帰したのである。
　シュアマンは、フィリピン人の参加を増やすためにマッキンリーに計画の修正を促すよう委員会に提案したが、失敗に終わったため、この提案を自分の提案として大統領に電報で送った。マッキンリーは国務長官ジョン・ヘイに、シュルマンに「できれば優しさと和解による」和平を望んでいると電報を打つように指示したが、その希望は「フィリピン人の抵抗が続けば、反乱を抑えるために必要なすべての力を送る」という脅しを伴ったものだった。マッキンリーは委員会の他のメンバーにも投票を行い、「今の優柔不断は命取りになる」という回答を得て、「反乱者が服従するまで戦争を続行する」ことを求めた。
　_{（翌年、マッキンリーに提出した報告書の中で、委員会はフィリピン人の独立願望を認めたが、フィリピンは独立の準備ができていないと宣言した。具体的な提言としては、マニラの文民統制を確立し（オーティスはマニラ政府に対する拒否権を持つ）、特にすでに「平和化」が宣言されている地域（当時のフィリピン諸島におけるアメリカの最高責任者は軍政長官）ではできるだけ早く文民政府を創設すること、二院制議会の設置、州・市レベルの自治政府、無料の公立小学校の制度などが挙げられていた。）}

戦闘再開

　ルナ将軍は代表団とパテルノ内閣を逮捕し、マビニと強硬派を復活させた。交渉は決裂し、オーティスは攻勢を再開した。

マニラ北部、第1次サン・イシドロ作戦（1899年4月21日～5月30日）

　アメリカ軍は軍事行動を再開し、ロートンが第1旅団、アーヴィン・ヘイルが第2旅団を指揮し、5月4日にパンパンガ州サンフェルナンドを占領した。 2月から5月の間に、アーサー将軍は米軍ラインを40マイル以上北に押しやっていた。補給線はボロボロで、現役で働ける兵士は半分にも満たなかった。疲弊したアメリカ軍は5月の残りの期間、サンフェルナンドで療養し、アーサー軍はサンフェルナンドとマニラを結ぶ鉄道回廊の支配を固めた。
　マニラで交渉が行われている間、一旦停止した後、ロートンは前進を再開し、5月2日にサン・ラファエル、バリウアグ、バストスを占領した。5月7日にバラワグで、ロートンは一般野戦命令第8号を出し、アメリカ人の下での最初の地方政府の設立を以下のように許可した。

この町の住民を軍当局に公式かつ公正に代表させるために、また元住民の間の秩序を回復し維持するために一時的に便宜を図るために、市民は会合して市長（cap itan municipal）を選出することを許可された。その結果、フランシスコ・ゲレロ氏が選出されましたので、同氏を市長として発表し、議会および市政を適切に運営するために必要なその他の補佐役や役員を選出する権限を与えます。彼はそれに応じて尊敬され、従われるだろう。

　5月11日まで前進するのを待っていたロートンの部隊は5月16日にサン・ミゲルを、5月17日にアギナルドの反乱政府の一時的な所在地であったサン・イシドロを占領した。しかし、アギナルドは町が陥落する前に、13人のアメリカ人捕虜を連れて既に去り、タルラックに逃げていた。

ルナの暗殺（1899年6月5日）

　アントニオ・ルナは革命で高く評価された将軍であり、時にアギナルドと対立した。ルナ防衛線は、共和国が山岳州にゲリラの基地を建設していたため、カロオカンからパンパンガ州アンヘレスまで一連の遅延戦闘を起こすように計画されていた。アメリカ軍の監視員は、町から町へと伸びる無数の竹製の塹壕からなる防衛線に驚かされた。一連の塹壕のおかげで、フィリピン人は前進するアメリカ人に隠れて射撃しながら徐々に撤退することができた。アメリカ軍が新しい陣地を占領するたびに、彼らは塹壕の中に仕掛けられた竹のトゲや毒のある爬虫類などの一連の罠にさらされた。
　1899年5月のサント・トーマスの戦いで、ルナは戦場で倒れそうになった。一方、ルナはその功績が認められ、フィリピン共和国勲章を授与された。 1899年5月末には、アントニオの兄弟の一人であるホアキン・ルナ大佐が、「古い分子」または共和国の自治主義者_{（アメリカの主権を受け入れることを望んでいた）}とルナが武装解除したり逮捕したり侮辱したりした陸軍将校の一団が、陰謀を企てていると警告した。ルナはこれらの脅しを一蹴し、アギナルドへの信頼を改めて表明し、アメリカ人が上陸を計画しているパンガシナンの防衛を続けた。
　1899年6月2日、ルナは2通の電報を受け取った。1つはパンパンガ州サンフェルナンドでの反撃に協力してほしいというもので、もう1つはアギナルド自身が送ったもので、新しい内閣を作るためにヌエバ・エシハ州カバナトゥアンの新首都に行くよう命じていた。ルナは喜び、25人の部下と一緒にヌエバ・エシハに向けて出発した。6月5日、カバナトゥアンに到着したルナは、大統領と連絡を取るために一人で司令部に向かった。階段を上がったところで、2人の男に出くわした。フェリペ・ブエンカミーノ外務大臣と、ペドロ・ジャノリノ大尉である。カウィット大隊の隊長であるジャノリノは、反抗的な態度をとったためルナが武装解除したこともある宿敵だった。ルナ将軍は、アギナルドがヌエバ・エシハのサン・イシドロに向かって出発したと聞いた_{(彼は実際にはタルラックのバンバンに行っていた）}。激怒したルナは、なぜ会議がキャンセルされたと言われなかったのかと尋ねた。将軍と隊長は激しい言葉を交わしていた。ジャノリノはルナに向かってボロ（山刀）を振り回し、ルナの頭に傷を負わせた。ルナがリボルバーを撃とうとすると、ジャノリノの部下たちはルナに発砲し、他の者たちはルナを刺し始めた。ルナは30個以上の傷を負い、「裏切り者！暗殺者！」と口にし殺された。アギナルドはルナが暗殺されたのと同じ日にパンパンガ州アンヘレスにあるアギナルドの司令部を包囲したヴェナシオ・コンセプシオン将軍を含め、ルナの将校や部下を戦場から解放した。
　ルナの死の直後、両陣営は混乱していた。ルナの死が公表されたのは6月8日で、事件の詳細を記した回覧板が発表されたのは6月13日であった。当時のフィリピン将校で最も優秀で有能だったルナの死は、米軍との戦いにおいて決定的な要因となった。イサベラ州パラナンでアギナルドを捕らえた功績を残したフレデリック・ファンストン将軍は、ルナが「フィリピン共和国の最も優秀で最も積極的なリーダー」だったと述べている。アギナルドは、自分はルナの暗殺とは何の関係もないという立場を堅持していた。後にパンタレオン・ガルシア将軍は、カバナトゥアンでルナの暗殺を行うようアギナルドから口頭で命じられたと語っている。アギナルドはルナの死に関与したという主張を何度も否定していたにもかかわらず、2019年にはルナに送った電報の原本が発見され、ルナにカバナトゥアンを訪れるよう命じていることがわかった。

サポテ川作戦（1899年6月13日）

　1899年中頃のルソン島での作戦は雨季のために停止していた。この間に最初のフィリピン調査兵団が組織され、大量の追加部隊が到着し始め、アメリカ軍（第8軍団）の兵力は年末までに約47,500人、1年後には約75,000人となった。ルナの殺害後、アギナルドは約4,000人の兵士を抱えていたが、そのほとんどがマニラ-ダグパンの鉄道沿いに配置され、パンパンガではトマス・マスカルド、セルビラノ・アキノ、ルチアーノ・サン・ミゲル、ブラカンではピオ・デル・ピラール、ウルバノ・ラクナ、タルラックではフランシスコ・マカブロス、パンガシナンではグレゴリオ・デル・ピラール、イロカノではマニュエル・ティニオイン、カガヤン渓谷ではダニエル・ティロナが指揮をとっていた。
　サポテ橋の戦い（1899年6月13日） - この戦争で最も苦戦した戦いの一つで、ロートン軍はピオ・デル・ピラール将軍率いるフィリピン軍の大部隊を撃退し、フィリピン・アメリカ戦争で2番目に大きな戦いで大量の死傷者を出した。アメリカ軍の犠牲者は75名、死者15名、フィリピン軍は死者150名、負傷者375名と、双方ともに大きな被害を受けた。

タルラック占領、第一フィリピン共和国崩壊（1899年11月）

1899年10月、ロートン将軍、ウィリアム・ビスビー大佐、セオドア・シュワン准将の部隊により、カビテとその周辺地域の組織的抵抗が壊滅した。同月、オーティス将軍はアギナルドの残存勢力に向けて、北ルソンで3方面からの攻撃を開始した。

カビテ作戦（1899年10月7日～13日）

　カビテ作戦は1899年10月7日から13日にかけて行われた。おそらく陽動作戦として、マニラ以南のフィリピン軍は1899年末にラグナ州のカランバとロスバニョス、カビテ州のイムスとバコールを攻撃していた。北進に参加する部隊を解放するために、オーティスは「これらのカビテの反乱分子を攻撃し、厳しく罰する」ために動いた。ロートンは3つの隊列で南に向かった。1つの列はイムスとバコールの間のラインとラグナ・デ・ベイに沿って掃討し、2つ目は軍艦が射撃支援をしながらマニラ湾の西岸に沿って移動し、3つ目はカビテの海軍基地からノベレタまでの狭い半島を進んだ。

第2次サン・イシドロ作戦（1899年10月10日～11月20日）

　第2次サン・イシドロ作戦は1899年10月10日から11月20日にかけて行われた。ロートンの隊列はパンパンガ川を遡り、10月20日にサン・イシドロを奪還し、11月18日にリンガエン湾のパンガシナン州サンファビアンに入った。ヤングは北東に向かってヌエバ・エシハ州のカバナトゥアンに向かった。カバナトゥアンにはアメリカ人捕虜が20数人、スペイン人捕虜が4,000人いると言われていたが、困難な地形をゆっくりと進んでいった。カバナトゥアンの後、ヤングはマカベベを含む1,100人の騎兵旅団を連れて11月12日にサンホセに向かった。ヤングは11月20日にサマール軍の支援を受けてサン・フェルナンド・デ・ラ・ユニオンを攻略し、オレゴン軍はビガンを占領した。

タルラック作戦（1899年11月5日～20日）

　アーサー軍は中央ルソン平原を進み、スミス大佐の第17歩兵、J.フランクリン・ベルの第36歩兵、ジョセフ・ウィーラーの第9歩兵と第12歩兵は、アンヘレス市の守備隊とパンパンガ州のアラヤットの間の地域を開拓し、タルラック州のバンバンまで進むつもりであった。台風の影響で川が10フィートも増水し、道路が流されたが、軍は11月12日にタルラックの町に入った。洗い流された道路を修復し、物資を運ぶために4日間遅れた後、900人の機動部隊は11月17日に0.5マイルの洗い流された場所を渡り、11月19日にパンガシナンのバヤンバンを占領し、翌日にはダグパンに入った。フレデリック・D・グラント准将は後にスービック湾を占領した。

　アギナルドの立てこもったタルラックに対し、リンガエン湾に上陸した別のアメリカ軍部隊と連携して攻撃に当たったアーサー将軍は、敵のこの強固な拠点を攻略し、マニラにいるオーティスに「フィリピン共和国と称するものは破壊された」と打電した。彼は反乱軍に加わったものをすべて無罪放免にし、進んで銃を返上する者には30ペソを支払うよう要請した。オーティスはここでも彼の進言を無視した。
　オーティスは人気がなかった。優柔不断で、快適な生活に慣れ、前線視察のためマニラを離れることさえしなかった。オーティスからあいまいな指令を受けて、マッカーサーは戦闘帽をたたきつけ、こう叫んだ。「あの男はひっくり返った機関車だ。車輪だけが全速で空回りしている！」
　マッカーサーにも批判者がいないわけではなかった。副官のイノック・H・クラウダー大佐は、のちにこう言った。「アーサー・マッカーサーは、私が知っているうちで最も臆面のない自己中心的な将官だった――彼の息子に会うまでは」。また1900年6月13日にウィリアム・タフトがマニラに着任した時、彼らにとって驚きだったのは、マッカーサーが港まで彼らを出迎えに来ず、名代として大佐を出迎えに行かせたのだ。翌日マカラニアン宮殿でタフトはマッカーサーと面会したが、マッカーサーの挨拶があまりに冷淡だったので汗が止まったとタフトは述べている。しかし、砲弾が飛び交う戦場での彼の勇敢さ、シャーマン将軍の下で学んだ巧みな攻撃戦術、まず一方の翼から、次いで反対の翼からという梯形隊形による見事な操兵は、若い士官たちの称賛するところであった。さらに部下を気前よく昇進させ、叙勲を申請したので、若い士官は彼に恩義を感じ、自分たちがのちに軍を指揮する立場になった時、マッカーサーの息子の希望に理解を示すことになった。ルソンにはペイトン・C・マーチ、チャールズ・P・サマロール、フレデリック・ファンストン、ジョン・J・パーシング、「ビリー」・ミッチェルがいた。

サンファビアン作戦（1899年11月6日～19日）

サン・ファビアン作戦は1899年11月6日から19日にかけて行われた。ロイド・ウィートン将軍はビスビーの第13歩兵とルーサー・ヘアーの第33歩兵とともに6日にマニラを出航し、サンファビアンに上陸（11月7日）、サン・ジャシントで反乱軍を撃退（11月11日）し、11月20日にダグパンでマッカーサーの隊列と合流した。

カガヤン渓谷（1899年12月）

　ボウマン・H・マカラ中佐は12月11日にカガヤンのアパリでダニエル・ティロナ軍の降伏を受け入れた。マカラはその後、12月13日にジョセフ・バチェラー少佐のバッファローソルジャー第24歩兵とランデブーした。
　12月4日のタンガダン峠の戦いの後、第33歩兵隊のルーサー・ヘアー大佐の220名は南に向かい、第34歩兵隊のロバート・リー・ハウズ中佐の130名は北に向かった。そして12月18日までにマヌエル・ティニオの旅団から数百名のスペイン人と26名のアメリカ人の捕虜を解放することに成功したが、その中にはバレル包囲戦のジェームズ・ギルモア中尉の部下も含まれていた。

ゲリラ戦の段階

　ゲリラ戦とは、非正規戦の一形態であり、準軍人、武装した民間人、イレギュラーなどの小集団の戦闘員が、待ち伏せ、破壊工作、襲撃、小競り合い、ヒットアンドアウェイ戦術、機動力などの軍事戦術を駆使して、大規模で機動力のない伝統的な軍隊と戦うものである。フィリピン軍は通常戦の段階で、より武装したアメリカ軍から敗北を喫し続け、アギナルドは戦争期間中、作戦拠点を継続的に変更せざるを得なかった。当初革命指導部はゲリラ戦を戦略的に、不利な状況により適した作戦の手段としてではなく、最終手段の戦術的な選択肢としてのみ見ていた。優れた技術と訓練を備えた米軍に対する戦場での一連の壊滅的な損失と相まって、アギナルドは彼のアプローチを変える必要があると確信した。1899年9月14日以降、アギナルドはグレゴリオデルピラール将軍の助言を受け入れ、その後のブラカンでの軍事作戦におけるゲリラ戦術の使用を承認した。
　1899年11月13日、エミリオ・アギナルドは、今後はゲリラ戦を戦略とすることを宣言した。このことは、その後の数年間、アメリカによるフィリピン諸島の占領をより困難なものにした。ゲリラ戦の最初の4ヶ月間で、アメリカ軍は500人近くの死傷者を出し、ペイエの戦いではロートン将軍が戦死した。フィリピン軍は、パイ、カトゥビッグ、マカハンバス、プランルパ、バランギガ、マビタックでのゲリラの勝利のような、血まみれの待ち伏せや襲撃を行うようになった。最初は、フィリピン人がアメリカ人と戦って膠着状態になり、撤退させられるかもしれないと思われた。マッキンリー大統領は、ゲリラの襲撃が始まると撤退を検討した。フィリピンの作戦上の重心は、フィールドで10万人の非正規軍を維持する能力だった。フィリピンの将軍フランシスコ・マカブロスは、フィリピン人の戦争目的を「米軍を打ち負かすことではなく、彼らに絶え間ない損失を与えること」と表現している。戦争の初期段階では、フィリピン革命軍は組織化された武装抵抗勢力の典型的な従来の軍事戦術を採用していた。その狙いは、1900年の大統領選挙でマッキンリーがウィリアム・ジェニングス・ブライアンに敗れるくらいのアメリカ人の死傷者を出すことだった。彼らは、強い反帝国主義の見解を持っていたブライアンがアメリカ軍をフィリピンから撤退させることを望んでいた。

　フィリピン軍が1899年9月からゲリラ戦の戦術を用いたことを受けて、アメリカ軍の戦略は抵抗勢力の鎮圧に移行した。戦術は重要な地域の支配に焦点を当て、ゲリラ集団から「保護ゾーン」に民間人を抑留・隔離することになった_{（これは数十年後のベトナム戦争でアメリカが使用した「戦略的ハムレット計画」を予見するものと考えられる）}。戦争の混乱と不衛生な環境のため、収容された民間人の多くが赤痢で死亡した。

アギナルドの追撃（1899年12月）

　アギナルドは、マッカーサーの進撃を前に退却していたが、最新の仮設首都タルラックを離れ、鉄道を北上してバヨンボンに向かっていた。11月13日の会議で、彼は軍隊を分散させてゲリラ戦を始めることを決定し、列車に乗って20マイル北上し、12マイル東のパンガシナン州ポゾルビオを目指して国を越えて出発した。アギナルドは途中でグレゴリオ・デル・ピラール将軍に会い、彼のパーティーは1200人以上に増えた。アギナルドは11月14日にポゾルビオに到着したが、彼の後衛は追撃してきたアメリカ軍に攻撃され、彼の母と息子は捕らえられていた。翌朝アメリカ軍がポゾルビオに入ってきたとき、アギナルドはすでに去っていた。アメリカ軍が彼の東への脱出を妨げていることを認識し、アギナルドは11月15日に北と西に向きを変え、山を越えてラ・ユニオン州に入った。
　ロートンはアギナルドを迎え撃つためにヤングを北上させようとしたが、オーティスはロートンにヌエバ・エシハ州サンホセよりも北には進まず、東側の峠を封鎖するために部隊を派遣するように命じた。ロートンの許可を得て、ヤングは11月7日に1,100人の騎兵旅団を率いてカバナトゥアンから北上し、パンガシナン州のタユグに向かい、アギナルドの逃走ルートを封鎖するつもりだった。
　アギナルドのポゾルビオからの北への脱出は、11月6日にマニラを海路で出発し、翌日パンガシナンのサンファビアンに到着したウィートン将軍の部隊によって阻止されるはずだった。しかし、その部隊が上陸した直後に台風が襲い、この地方が水浸しになり、移動はほとんど不可能になった。ウィートンがポゾルビオに部隊を送ることができたのは、アギナルドが出発した翌日の11月16日だった。軍隊を分散させたことで、アギナルドはもはや大規模な部隊を収容できるルートに制限されなくなった。彼は今では小さなパーティーで迅速に移動することができ、彼の目的地は追いかけるアメリカ軍にとって予測することがより困難であった。
　11月17日、アギナルドはラ・ユニオンのナグイリアンに到着した。ヤングは、アギナルドが西海岸を移動しており、イロコス・スルのカンドンで東に向きを変えてティラッド峠に向かうのではないかと考え、ペイトンC.マーチの大隊を派遣した。

ティラド峠の戦い（1899年12月2日） - ルソン島で、グレゴリオ・デル・ピラール将軍率いる60人のフィリピン人が、エミリオ・アギナルド将軍の逃亡を確実にするための遅延行動で、500人のアメリカ人歩兵を5時間にわたって食い止めたが、デル・ピラールを含め、ほぼ全員が死亡した。アギナルドは峠を通って逃げていた。戦いの時、アギナルド一行は峠から南に約10kmのセルバンテスに野営していた。騎兵から戦いの結果とデル・ピラールの死を知らされたアギナルドは、野営を解くことを命じ、一行とともにカヤン集落に向けて出発した。

アギナルドはその後1900年9月まで山間部を移動し、パラナンに本部を置いた。

ペイエの戦い

　サンマテオの戦いとも呼ばれ、アメリカとフィリピンの間で起きたフィリピン・アメリカ戦争中の戦いである。1899年12月19日、当時のマニラ州（現在のリサール州）のサンマテオ付近で、ヘンリー・ウェア・ロートン将軍の部隊と、リセリオ・ヘロニモ将軍のモロン司令部大隊、ティラドレス・デ・ラ・ムエルテとの間で戦われた。ロートン将軍はこの戦いで死亡し、フィリピン紛争で死亡した最高位のアメリカ人指揮官となった。
　12月18日、ロートンと彼の部下はマリキナ川沿いのサンマテオに向かう途中で、マリキナの水道と北側のマニラ馬車道を脅かすピオ・デル・ピラー准将の1,000人の部隊に対する懲罰的遠征を行っていた。ロートンの部隊には、第11義勇騎兵隊のジェームズ・R・ロケット大佐の部隊と、H・H・サージェント中佐の第29大隊が含まれていた。大雨で川が氾濫し、道が泥だらけになった。
　12月19日、第11義勇騎兵隊はモンタルバンを占領し、サージェントの飛行隊はサンマテオに向かい、雨と霧の中でフィリピン人に接近した。フィリピン人はロートンの部隊に、田んぼの中で身を隠すために奔走することを強いた。ロートンは白いレインコートとピスヘルメットをかぶって行進し、側近が打たれても部下を奮い立たせた。ロートンはボニファシオ・マリアーノという名のフィリピン人スナイパーの胸への銃弾で死亡した。サージェントは彼の部下が川を渡ることができる浅瀬を見つけ、サンマテオから守備隊を追い出した。ロートン将軍の死は彼の兵士の士気とアメリカ国民に大きな打撃を与えた。
　生前、ロートンは正式な書簡の中でフィリピン人について、「武器、装備、軍の規律の面で彼らが戦わなければならない不利な状況を考慮すると、大砲がなく、弾薬が不足し、火薬が劣り、砲弾が不完全になるまで再装填されているが、彼らは私がこれまでに見た中で最も勇敢な男たちである...」と書いている。

他のフィリピン軍のゲリラ戦勝利

サーマル島

カトゥビグの包囲（1900年4月15日） - フィリピンのゲリラがアメリカ兵の分隊に奇襲をかけ、4日間の包囲の後、サマールのカトゥビグの町から避難させた。米軍19人が死亡した。翌年のバランギガの虐殺と似た経過だった。

ミンダナオ島

マカハンバスの丘の戦い（1900年6月4日） - ミンダナオ島北部のカガヤン・デ・ミサミス（現在のカガヤン・デ・オロ）にあるマカハンバスの丘で、フィリピン軍がアメリカ連隊を撃破して20人の大きな死傷者を出させた。フィリピン軍の死傷者は5人以下だった。これはミンダナオ島におけるフィリピン軍の唯一の大勝利として知られている。

米軍の進撃

ルソン島

カビテ、バタンガス、タヤバス、ラグナ作戦（1900年1月） - オーティスによるタガログ州南部での作戦で、ロバート・L・ブラード大佐を派遣し、ミゲル・マルバル准将とその部下マリアノ・ノリエルのカランバ包囲網を破り、続いてセオドア・シュワン准将とロイド・ウィートン准将がマリアノ・トリアス准将とマルティン・カブレラ准将の軍を追い出した。

麻の遠征（1900年1月18日～27日） - ウィリアム・A・コッベ准将とレイモンド・P・ロジャース提督は、第43歩兵と第47歩兵の部隊を、紐の材料となるアバカの栽培に関連する港に上陸させた。当時、フィリピン共和国の将軍は、サマール州のビセンテ・ルクバン、レイテ州のアンブロジオ・モクシカ、ビコール州のビト・ベラルミーノであった。

ミンダナオ島

カガヤン・デ・ミサミスの戦い（1900年4月7日）、ミンダナオ島のカガヤン・デ・ミサミス（現カガヤン・デ・オロ市）で行われた戦いである。フィリピン軍はニコラ・カピストラーノ将軍の指揮下にあった。
ルマド（少数民族）の戦士の一人が鬨の声を上げながらアメリカ人の見張りを殺したことで、米兵を覚醒させ、夜明けの奇襲攻撃は失敗に終わり、フィリピン軍は50人以上の死者を出し敗北した。米軍は5月14日のアグサン・ヒルの戦いでも勝利した。

1900年5月に中央ルソンの革命軍司令官パンタレオン・ガルシア元帥が捕らえられ、6月にはセルビラノ・アキノ元帥、フランシスコ・マカブロス、ピオ・デル・ピラールが降伏した。

　フィリピン人の「反乱分子」に「水治療」 "戦争に必要な付属品のひとつとして、フィリピンの兵士が時折使用していたとされる無害な拷問方法。" を施す米兵と先住民の協力者。彼らは、エドワード・H・プラマー大佐が指揮する米国歩兵第35連隊に所属し、主にルソン島のブラカン州（マニラ北東部、州都マロロス）で活動した。連隊は、1899年11月6日にフィリピンに到着し、1901年3月15日に出発した。
　その「治療」とは、捕虜を仰向けにして八字搦めにし、竹の棒で無理やり口を開けさせ、何ガロンもの水を喉に流し込むというものであった。無力な囚人は、胃が破裂する寸前まで水を注入された。そして、質問を受ける。答えないと、米兵が腹の上に立ったり、ひざまずいたりして、水を押し出した。ある米兵の報告によると、「体重のある男」が捕虜の腹の上に飛び乗り、「口から水を噴出させ、6フィートの高さまで上昇させた」とある。この治療法は、捕虜が話すか死ぬまで繰り返された。この治療法を受けたフィリピン人の約半数は生き残れなかったという。何人のフィリピン人が拷問によって殺されたのかはわからないが、160人のフィリピン人に水治療を施し、そのうち134人が死んだと自慢した兵士が家に送った手紙には、その行為の程度が記されている。
　ルーズベルト大統領は、水治療は「フィリピンの古い拷問方法」だと友人に内緒で言い、アメリカ人が水治療を行っても「誰も深刻な被害を受けなかった」と主張した。

オーティス将軍の解任

　オーティス将軍は、フィリピンでのいくつかの行動で悪名を馳せた。ワシントンの上層部はオーティスに軍事衝突を避けるよう指示していたが、彼は戦争の勃発を防ぐためにほとんど何もしなかった。オーティスは、フィリピン軍の無条件降伏以外は受け入れなかった。彼はしばしば、ワシントンの指導者に相談することなく、重大な軍事的決定を下した。彼は、フィリピン人の抵抗がすぐに崩壊するという前提で、フィリピン人に対して積極的に行動した。この仮定が間違っていることが判明した後も、彼は反乱軍は敗北したと主張し続け、残りの犠牲者は「孤立した無法者の集団」によるものだとした。

　オーティスはまた、アメリカ軍の戦術に関する情報をメディアから抑えることにも積極的だった。戦争中、アメリカ人兵士やその他の目撃者は、アメリカ軍が行った残虐行為を記した手紙を本国に送っていた。
フィリピンから帰還した兵士からの報告によると、村に入るとアメリカ兵はすべての家や教会を物色し、住民から価値のあるものをすべて奪い、一方で休戦の旗を振って戦線に近づいた者は銃撃されたという。
　著者の中には、オーティス将軍のような指導者や、戦争全体の指揮に批判的な人もいた。これらの手紙のいくつかが新聞に掲載されると、全国的なニュースとなり、陸軍省は調査を余儀なくされた。

ニューヨークからの兵士「数日前にタイタティアの町が我々に明け渡され、2つの中隊が同じ場所を占領しています。昨晩、我々の仲間の一人が銃で撃たれ、腹を切り裂かれているのが発見されました。すぐにウィートン将軍から、町を燃やして目の前の先住民を皆殺しにする命令を受けましたが、それは完全に実行されました。約1,000人の男性、女性、子供が殺されたと報告されました。暗い肌に銃口を向けて引き金を引くことができれば、私は最高の気分を味わえるのですから」。

サム・ギリス伍長：「午後7時までに全員が家に入るようにして、一回しか言わないんだ。拒否されたら撃つ。初日の夜、300人以上の原住民を殺しました。彼らは町に火をつけようとした。もし彼らが家から銃を撃ったら、私たちはその家とその近くの家をすべて焼き払い、原住民を撃ち殺しました。

　オーティス将軍がこれらの手紙の内容を調査するには、著者の上司に手紙のコピーを送り、著者に撤回文を書かせることであった。カンザス連隊のチャールズ・ブレナー二等兵のように、兵士がそれを拒否すると、軍法会議にかけられた。ブレンナー二等兵の場合、その罪状は「自分に関する故意の虚偽と、ビショップ大尉に対する虚偽の告発を含む記事を書き、出版を共謀した」というものであった。残虐行為を論じた手紙のすべてが、オーティス将軍やアメリカの行動を批判するためのものではなかった。多くの手紙はアメリカの行動をフィリピン人の挑発の結果であり、従って完全に正当化されていると描いていた。
　アメリカの残虐行為を記述した手紙がアメリカのメディアに届くと、陸軍省が関与し、オーティスにその真偽を調査するよう要求した。オーティスはそれぞれの報道記事の切り抜きを原作者の指揮官に転送させ、その軍人を説得するか、元の記述の撤回を書かせるようにした。

　一方、オーティスはフィリピンの反乱軍がアメリカ人の捕虜を「悪魔のようなやり方」で拷問していると主張していた。 1899年の終わりの数ヶ月間、アギナルドはオーティスの説明に対抗するために、中立的な立場の外国人ジャーナリストや赤十字国際委員会の代表が彼の軍事行動を視察することを提案しようとしていた。オーティスは拒否したが、アギナルドはイギリス人2名、カナダ人1名、日本人1名の計4名の記者をフィリピンに密航させた。マニラに戻った記者たちは、アメリカ人捕虜が「囚人というより客人のように扱われている」「国が提供する最高の食事を与えられ、彼らの好意を得るためにあらゆることが行われている」と報告した。4人の記者は記事が掲載されるや否や、フィリピンから追放された。
　アメリカ海軍中尉J.C.ギルモアは、アギナルドを山中に追いかけるアメリカの騎兵隊によって釈放されたが、彼は「かなりの待遇」を受けており、捕虜よりも飢えてはいなかったと主張した。オーティスはこのことに関する2つの記事の出版に対して、2人の著者の「逮捕」と、彼らの忠誠心を疑う「調査」を命じた。
　赤十字国際委員会のF.A.ブレイクがアギナルドの要請を受けて到着すると、オーティスは彼をマニラに監禁した。オーティスのスタッフは、フィリピン兵による国際人道法違反のすべてを彼に話した。ブレイクは護衛の目を盗んで戦地に飛び出した。ブレイクはアメリカ軍の陣地を越えることはなかったが、アメリカ軍の領土内でも焼け野原になった村や、「腹を切り裂かれ、時には首を切られたひどい死体」を目にした。ブレイクはサンフランシスコに戻るまで調査結果を報告するのを待ったが、ある記者に「アメリカ兵は目の前のフィリピン人を皆殺しにしようとしている」と語った。

　一部フィリピンの残虐行為も報告されている。ロッジ委員会では、「...殺されただけでなく、死に至る前に焼き殺されるなどの拷問を受けた第一中隊のオヘルン二等兵の殺害の情報を得るために、原住民に水治療を施した」という証言があった。Teodoro Ago nc illoは彼のHis tory of the Filip ino Peopleの中で、フィリピンの軍隊はいくつかの捕虜に対するアメリカの残忍さに匹敵し、それを上回ることができたと書いている。顔を蹴ったり、叩いたり、唾を吐いたりするのはよくあることだった。場合によっては、耳や鼻を切り落とし、傷口に塩を塗ることもあった。また、生き埋めにされることもあり、これらの残虐行為は、捕虜の善処に関するアギナルドの命令や回覧板に関係なく行われた。
　ウスター氏は、フィリピン人による2つの具体的な残虐行為を次のように語っている。レイテ島を行進していた分隊が、少し前に姿を消したアメリカ人が頭を下にして磔にされているのを見つけた。腹壁は慎重に開かれ、腸が顔に垂れ下がるようになっていた。また、同じ旅先で発見された別のアメリカ人捕虜は、頭だけを出して地中に埋められていた。彼の口は棒で開けられ、森の中に砂糖の痕跡が残され、そこに一握りの砂糖が投げ込まれていた。あとは何百万匹ものアリがやってくれた。

　1900年5月6日に、オーティスが解任された。アーサー・マッカーサーはその後任を命じられ、フィリピン軍事総督の地位を与えられた。戦争は続いた。フィリピン軍は優秀なゲリラとなった。アーサーの息子を狼狽させた出来事は、丸裸のイゴロット族_{（ルソン高地の壮麗な棚田地帯にすむ原住民）}によるアメリカ軍哨戒部隊襲撃に関する新聞報道だった。イゴロット族の武器は弓矢のみだったが、この無謀とも思える襲撃で40名も射殺されたのである。

タフト委員会（第二フィリピン委員会）

　アーサー将軍は山中にいるものだけではなく、武器を取った全国民を相手にしているのだとし、1899年秋、彼はそのことを指摘した報告書をワシントンに送った。マッキンリー大統領はそれを読んで半信半疑だった。一つには、顧問たちからフィリピンはアメリカの指導を熱望していると説明されていたことがあり、また一つには、マッカーサーの文体にも原因があった。辺境の基地での独学によって身に着けた華麗な語彙と表現に満ち溢れていたのである。ある一節で「よく遵守される方針は、人種的同質性より生まれ、兵士たちは血族を同じくする指揮者の訴えに応じようとするものである」と、彼は大統領に警告を発していた。また別の一節で、少将は、「フィリピン人は修辞的詭弁に激怒している」と批判していたが、大統領にしてみれば、この非難はフィリピン人を制圧しようとしている人物にこそ向けられるべきだと思われたに違いなかった。マッキンリーの側近たちは、フィリピン人が敵意を抱いているとしたら、そうさせているのは軍服を着たアメリカ人たちだと思ったのである。
　この群島に必要なのは、賢明な民間人の行政官で、その人物はマニラに駐屯し、人々の希望するところを理解する一方で、心の奥底では本国政府の最大の利益となるように事を運ぶ才を持っていなければならない。ウィリアム・ハワード・タフトである。

　タフト委員会は、第一次フィリピン委員会の勧告を受けて、1900年3月16日にアメリカ合衆国大統領ウィリアム・マッキンリーによって設立された。第二次フィリピン委員会とも呼ばれ、1900年3月16日から1901年7月4日まで、ウィリアム・ハワード・タフトがフィリピン委員会の初代委員長を務め、その後、委員長はフィリピンの民政総督を兼任した。タフトは1904年1月31日にセオドア・ルーズベルト大統領の陸軍長官に任命されるまでその職を務めた。その後、フィリピン委員会は複数の人物によって運営されたが、非公式に「タフト委員会」と総称されることが多い。「フィリピン人のためのフィリピン」と、タフトは言い続けていた。タフトは合衆国フィリピン調査団の団長として1900年6月13日にマニラに到着し、調査団はこの年の9月にはフィリピン民政府の一部になるはずだった。

　タフト委員会は、立法権と限定的な行政権を与えられていた。 1900年9月から1902年8月までの間に、499の法律を制定し、最高裁判所を含む司法制度を確立し、法規範を作成し、公務員を組織した。 1901年の地方自治体法では、住民投票で選ばれた大統領、副大統領、議員が地方自治体委員会に所属することになった。市町村委員会のメンバーは、税金の徴収、市の財産の維持、必要な建設プロジェクトの実施に責任を負い、また州知事の選出も行った。

　合衆国憲法第1条第1項では、合衆国議会が立法権を行使することが規定されている。しかし、フィリピンは戦争状態にあったため、議会があまり介入することなく行政府がフィリピンの問題を運営していた。1900年4月にマッキンリー大統領がフィリピン委員会に出した指示は、「1900年9月1日より、フィリピン諸島における政府の権限のうち、立法権を行使する権限を軍総督からこの委員会に移す」というものだった。マッキンリー大統領は1899年12月の議会メッセージで、文民政府の設立は政治組織の最小単位から始めて、徐々にマニラに向かっていくべきだと強調していた。これを受けて、委員会は1901年1月31日に、町の形成と管理を指導する市法第82号を制定し、その6日後には州政府の設立手続きを扱う州政府法第83号を制定した。法律の70％以上が地方政府や官僚制度に関するもので、また、地方自治体を設立する法律もあり、残りは地方警察に関するものであった。可決された33の充当法は、政府職員の給与、戦争犠牲者の埋葬手当、道路や橋の建設のための資金、その他の雑費など、一般収用法でカバーされない特定の費用を支払うための充当法であった。
　委員会は、レジスタンス運動の指導者たちに戦いを諦めるよう説得するために、官公庁を提供したこともあった。例えば、マルティン・デルガド将軍がイロイロの知事に任命され、同様の動きがカビテ、ブラカン、ラグナでも行われ、それぞれマリアノ・トリアス、パブロ・テクソン、フアン・カイレスが任命された。

公務員法

　委員会が可決した最初の主要な法律は、1900年9月19日に制定された法律第5号「公務員法」である。この法律が成立してからタフトがフィリピンを離れるまでの間、アメリカ人とフィリピン人の公務員志願者は増え続けた。

1901年の教育法

　エルウェル・オーティス将軍は、1898年 9月1日に公立学校制度の設立を率先して行い、マニラに7つの学校を組織した。戦時中、アメリカ兵は時間を割いて学校を設立し、授業を行っていた。マッカーサー将軍が指揮を執るようになると、公教育事業を継続し、その予算を増やしていった。タフト委員会がマニラに到着したとき、陸軍はマニラで39の学校を組織しており、1日の生徒数は4,500 ～5,000人だった。
　カリフォルニア大学で教育者として活躍していたバーナード・モーゼス委員は、アルバート・トッド大尉とフレッド・アトキンソン博士と協力して、1901年の教育法として知られる法律第74号を起草した。この法律は、1900年4月17日にトッドが委員会に提出した報告書にほぼ基づいていた。トッド報告書の提言には次のようなものがあった。

・初等英語を教えるための包括的な近代的学校システムを可能な限り早い時期に発足させること。
・英語のかなりの知識が得られた時点で、手動訓練のための工業学校を設立すること。
・政府の管理下にあるすべての学校は、可能な限り英語で行われ、スペイン語や方言の使用は、移行期間のみとする。
・少なくとも大きな町の学校を担当するのに十分な数の、初等教育で十分な訓練を受けた英語教師をアメリカから連れてくること。
・原住民に英語の教師になるよう指導するために、設備の整った普通学校を設立すること。
・大きな町では、少なくとも校舎の一部は、近代的な構造で、地味だがよく整備され、適切に装備されたものでなければならない。
・政府が支援する学校は、教会とは切り離すこと。原住民が宗教教育を行う学校を希望する場合は、そのための資金をすべて民間から調達するが、後者の学校への出席は、英語が教えられている公立学校への出席を免除するものではない。また、教区教会学校が維持されている場合は、一般的な教育の内容が公立学校と同等であることが求められる。

　1901年1月21日、委員会は法律第74号を制定し、公共教育省を設立した。この法律の第1節では、初等教育は無料で、すべてのフィリピン人に開放されるべきだと規定されていた。委員は、すべてのプエブロに学校を設置することを使命とし、教師の給料の決定、カリキュラムの策定、学用品の購入、校舎の建設、省の資金の支出などの権限を与えられた。法案74は、群島を学区からなる部門に分割し、マニラに師範学校と貿易学校、ネグロスに農業学校の設立を命じた。
　タフトがフィリピンに到着した当時の生徒と教師の比率は、4,179人の生徒に対して1人の教師であった。第74条第15項により、総監督はアメリカから1,000人の教師を輸入する権限を与えられた。1901年6月に48名の米人教師が、8月には509名の教師が到着し、乗艦した艦にちなみトマス派と呼ばれた。
　この教育プログラムの成功には、当初から大きな問題があった。カトリック聖職者の反対、言葉の問題、熱帯の気候に適応できない健康問題、給料支払いの遅れによる財政問題、校舎の不足_{（戦前にあった2,167校の小学校の多くは破壊されたか、軍がバラックや刑務所、病院として使用していた）}などの問題があった。トマス派は、単に暗記を必要とする活動よりも批判的思考を身につける活動を重視することや、町のフィエスタに出席するために1時間遅刻したり欠席したりすることが大きな欠点であることを生徒たちに納得させるのに苦労した。
　また、裕福な家庭の子供たちは自分たちが特別な権利を持っていると考えていたため、生徒間の平等を促進するのが難しく、富裕層の親の中には、アメリカの教育制度が不安を生むという理由で、公然と反対する人もいた。彼らは、教育は自分たちの階級の特権であり、一般の人々にまで広げるべきではない、労働市場でホワイトカラーを求める人が増え、肉体労働に従事する人が不足するという不均衡が生じると考えた。この懸念を払拭するために、教育当局は貿易学校や農業学校を宣伝し、これらの学校の卒業生は普通学校や大学で学位を取得した者と同等であると説明した。
　年が経つにつれ、トマス派は生徒だけでなく、その親からも尊敬と称賛を得た。親たちは、アメリカ人教師が子供たちに接し、教室での活動を管理する方法を賞賛した。特に、体罰を廃止したことが評価された。トマス派の親しみやすさ、カジュアルさ、貴族的なスペイン人との嫌な経験をいまだに覚えている多くのフィリピン人に賞賛された。

修道士の土地

　マッキンリー大統領の委員会への指示には、個人や宗教団体が所有または主張している大規模な土地の所有権を徹底的に調査することが委員会の義務であると記されていた。委員会は1900年7月31日から11月まで一連の公聴会を行った。 1900年11月30日に委員会が提出した604ページの報告書では、修道士の土地について詳細に議論されており、「...島国政府が修道士の大規模なアジエンダを購入し、現在の借地人が所有する小規模な土地として売り出す」ことを提言していた。

　タフトはフィリピンの農民が土地所有を通じて新政府に参加することを望んでいたが、耕地の多くはスペイン人神父を中心としたカトリックの宗教団が所有しており、フィリピン人からはしばしば恨まれていた。タフトは1902年5月にローマを訪れ、ローマ教皇レオ13世に会い、土地の購入を提案した。教皇はこの問題を検討することを約束し、アメリカの平和化計画への支持を表明した。1902年、米国で下院島嶼問題委員会で証言したタフトは、この提言を繰り返し、島嶼政府が土地の購入のために債券を発行することを認め、土地の売却益を債券の決済に充てることを提案した。
　1902年7月に制定されたフィリピン有機法は、島国政府に修道士の土地を購入することを許可し、そのための債券を発行する権限を与えた。1902年11月18日、教皇庁のジャン・バティスト・グイディがマニラに到着し、土地の売却交渉を行った。タフトは市場価値を決定するための調査を依頼し、1903年12月に7,239,784.66ドルの購入価格が島国政府から支払われた。この土地は最終的にフィリピン人に転売されたが、その中には借地人もいたが、大半は地主の所有者であった。

民政と軍事の対立

　アメリカに占領されたことで、フィリピン革命はフィリピン・アメリカ戦争へと発展し、フィリピン人は独立のために戦ったが、1900年までに軍事総督アーサー・マッカーサー・ジュニア将軍率いるアメリカ軍が優勢になっていた。マッカーサーは、委員会は迷惑な存在であり、彼らの任務は、自治の準備ができていない人々に自治を押し付けようとする無謀な試みであると感じていた。1900年9月1日、委員会はフィリピンの行政権を掌握した。1901年7月4日にはタフトが文民総督に就任した。それまで軍事総督であったマッカーサーは、米軍司令官としてのみ指定されていたアドナ・チャフィー将軍に交代した。
　タフトは、独立は数十年先のことと考え、フィリピン人を自治につながる事業のパートナーにしようとしていた。フィリピンにいるアメリカ人の多くは、フィリピン人を人種的に劣った存在と見なしていたが、タフトは到着直前に「彼らの心からこの考えを追放することを提案する」と書いている。タフトは公式行事では人種隔離をせず、フィリピン人を社会的に平等に扱っていた。現地の人々を彼は、好んで「小さな褐色の兄弟」と呼んだ。米兵たちはそれを快く思わなかった。マッカーサーは兵士の気持ちに共感していた。毎日報告されている死傷者のリストを見ていると、その原因となっている反乱者たちに兄弟愛を感ずることはできなかった。それに、何かと口をはさみたがる民間人を嫌ってもいた。

　マッキンリーは1901年9月に暗殺され、セオドア・ルーズベルトが後継者となった。新しく大統領になったセオドア・ルーズベルトはタフトの友人であり、同士でもあった。のちにルーズベルトはタフトを陸軍長官に任命し、次いで自分の後継者の大統領にまでした。

ゲリラ戦の継続

　1900年5月6日に、オーティスが解任された。マッカーサーはその後任を命じられ、フィリピン軍事総督の地位を与えられた。戦争は続いた。フィリピン人は優秀なゲリラとなった――アギナルドをとらえるのに、15万人の米兵を動員し、28か月を費やさなければならなかった。そして、マッカーサーはアギナルドに特赦を与えようとしたが、にべもなく拒絶された。それでもマッカーサーは困難な任務に積極的に取り組んだ。過酷なスペイン法典は改定され、人身保護法が導入された。関税制度が整備され、学校や病院が建てられ、掘り抜き井戸が彫られた。アメリカ軍士官やその妻で人種差別をするものはけん責を受けた。彼はフィリピン人に対する信頼の気持ちを公言し、1901年2月にマカラニアン宮殿で大舞踏会を主催したが、そこでは米人とフィリピン人が何の差別もなく楽しんでいた。
　少将は合衆国陸軍傘下の一群としてフィリピン・スカウトを創設し、反ゲリラのフィリピン人がそれに参加するよう奨励した。そして、フィリピンの諸団体が「犯行の中核」とならないことを誓約すれば、集会を開くことを許した。しかしうまくいかなかった。

プラン・ルパの戦い（1900年9月13日）

ルソン島近くのマリンドゥケ島において、マキシモ・アバド大佐のフィリピン軍ゲリラが、米軍を罠にかけ包囲に成功、米兵4人が死亡、50人が捕虜となった。
　1900年9月11日、デヴリュー・シールズ大尉は54人の第29アメリカ義勇歩兵の分隊を率いて、とらえどころのないアバドとそのゲリラと戦うためにトリホスの山中に入った。
　アバドは優れた諜報活動を行っており、地元のゲリラからシールズの動きを事前に知らされていた。これを受けてアバドは、約18 0 ～250人の正規フィリピン兵と1,000～2,000人のボロメンからなる全軍を編成した。正規のフィリピン兵は組織化されており、ピストル、スペイン製のマウサーなどでそれなりに武装していたが、ボロメンと呼ばれる人々は、鉈（なた）やボロ（山刀）だけで武装し、昼間は親しみやすい農民や民間人に扮して、夜はゲリラ活動を行い、米兵の小部隊を待ち伏せしたり、破壊工作を行ったり、何よりもアバドに米軍の位置や動きに関する情報を提供した。
　9月13日、アバドは、シールズが間もなく横切ることになるトレイルを見下ろす急な尾根に沿って部下を配置した。シールズも部下も戦闘経験が少なく、簡単に罠にかかった。アバドと250人の兵士が隊員に発砲し、数時間に及ぶ銃撃戦となった。一方、米兵と比兵が撃ち合っている間に、フィリピンのボロメンの大部隊がアメリカ人を取り囲むように機動し始めた。
　ほぼ完全に包囲されたと判断したシールズは撤退を命じたが、すぐに本格的な撤退となった。アバドの大部隊がシールズたちを追って尾根を越えてきたからだ。フィリピン兵はシールズを4マイル（6キロ）近くも追い回し、小さな田んぼに追い詰めたが、サンタ・クルスへの逃避行はフィリピン兵の大軍に阻まれた。アバドの部下は再び銃撃を行い、アメリカ人は水田の堤防の後ろに隠れざるを得なかった。負傷したシールズは状況の無意味さを認識し、白旗を掲げて降伏した。
　シールズの敗北はアメリカの上層部に衝撃を与えた。戦争中にアメリカが被った最悪の敗北の一つであることに加えて、ウィリアム・マッキンリー大統領とその反帝国主義者の対立候補であるウィリアム・ジェニングス・ブライアンとの間で行われる選挙に近接していたことから、特に重要な意味を持っていた。そのため、この敗戦は大きな反響を呼んだ。

マビタックの戦い（1900年9月17日）

　ルソン島で、フアン・カイユ将軍率いるフィリピン軍が、ベンジャミン・F・チーサム・ジュニア大佐率いる米軍を破った戦い。
　マビタックは、駐屯地であるシニロアンと土手道で結ばれていたが、戦闘当日は、腰まで浸かるほどの水があった。隣接する田んぼの水はさらに深く、狭い道路から適切に展開することはできなかった。この土手道には、カイユ率いるフィリピン人が築いた塹壕があり、マビタックへの道を塞いでいた。
　戦闘が始まったのは、シニロアンから前進してきた第37歩兵連隊と第15歩兵連隊の部隊が、800人と推定される敵の塹壕から400ヤードほど離れたところで激しい銃撃を受けたときであった。敵の陣地を偵察するために先発した8人の部隊は全滅した。カイユ将軍は名誉のために、敗れたチーサムに戦闘後、殺された8人の兵士の遺体を回収させた。
　一方、アメリカ歩兵隊の本隊は、フィリピン軍の塹壕から数百ヤード離れた場所で、腰まで浸かるほどの泥の中で動けなくなっていた。適切な展開ができず、危険な状態に置かれたまま、フィリピン軍と90分近くも銃撃戦を繰り広げ、アメリカ軍は大きな打撃を受け、多数の死傷者を出してしまった。
　約1,300ヤード離れた米海軍の砲艦からの援護射撃や、正面からの攻撃に参加しなかった60人のアメリカ人による側面攻撃を試みても、フィリピン軍の陣地を崩すことはできず、チーサムは撤退した。結局、カイユ将軍は包囲を避けるために巧みな撤退を行い、翌日には全軍が脱出を果たした。
　アメリカ側の発表によると、アメリカ軍の戦死者は21名、負傷者は23名で、実質的な戦力の33％を失ったことになる_{（アメリカのアーサー・マッカーサー・ジュニア将軍は、アメリカ軍人の潜在的なショックを和らげるために「深遠な印象を与える損失」と言った）}。アメリカの推定では、フィリピン人の犠牲者は死者11名、負傷者20名とされている。死者の中にはフィデル・サリオ中佐も含まれていた。

戒厳令

　アギナルドは、1900年にゲリラ戦術への転換を指示した。それまでの戦いでは、武装や訓練の面でアメリカ人が絶望的に優っていたからだ。1900年末、アメリカ大統領選挙の直前に、フィリピン人による短期間の攻勢があった。選挙戦に影響を与えるという目的は達成されず、マッキンリー大統領は再選された。タフトは、反乱がほぼ終結したと判断していた。しかしマッカーサーは自身が迅速に行動しなければ、じきに収拾がつかなくなる段階に来ていると考えた。

　1900年12月20日、アーサー・マッカーサー・ジュニア将軍は、米軍一般命令 100号として知られる南北戦争時代の命令を発動してフィリピンを戒厳令下に置いた。彼はゲリラの虐待をもはや容認しないことを発表し、米軍がゲリラや民間人を扱う際の権利を説明した。それは反乱軍に厳格に対処するため、士官に広範な権限を付与するものだった。この権限付与によってフィリピン人に対する残虐行為がしばしば行われ、ときには拷問を正当化する口実にもなった。
　「戦争のおきてを厳格に遵守」するという公式声明を発表し、ゲリラを援助しようとしてとらえられたフィリピン人は厳罰に処すると宣言した。特に、制服を着ずに農民服を着て、民間人から軍人になったゲリラは責任を問われ、革命税を徴収するゲリラの秘密委員会や、占領された町でアメリカの保護を受けながらゲリラを助ける者は、「戦争反逆者または戦争裏切り者」として扱われることになった。フィリピンの独立に向けて活動を続けるフィリピン人指導者はグアムに送還された。

マリンドゥケ島

　ルソン島近くのマリンドゥケ島にて、1900年9月のプラン・ルパの戦いでアバドのゲリラ戦に敗北した米軍は反撃を行った。アーサー・マッカーサー軍事総督は、ルーサー・ヘアー准将に「15歳以上の男性全員を潜在的な敵として扱い、アバドが降伏するまで可能な限り多くの者を逮捕して人質にするように」との命令を下した。ヘアーはシールズたちの解放を確保した。フレデリック・A・スミス少佐は、食料を破壊する政策を続けた。スミスは島の内陸部の食料と避難所を破壊し、すべての民間人を町に移動させる政策を続けた。
　反乱軍が身を寄せていた無数の町村が壊滅させられ、陸軍警備隊の監視下に置かれ、家が焼き払われた。安全が確保された地域周囲に「死の境界線」が設けられた。それ以降、境界線の外側にいる武装したフィリピン人はすべてテロ行為に加担しているとみなされ、見つかり次第射殺されることになったのである。マッカーサーの戦略は功を奏した。恩赦を求める「反乱兵」の数が急増した。
　アバドと彼の指揮官のほとんどはアメリカ軍から逃れ続けたが、民間人はそのために苦しみ、多くの地主や商人が連邦党に加わり、アバドに反旗を翻した。こうした新たな戦術により、1901年4月にアバドは降伏した。

タフトはマッカーサーのマリンドゥケにおける作戦を非難した。
"住民が受けた仕打ちの厳しさは、その完全な歴史が書き記されたとしても、見栄えのするものではないだろう。" -フィリピン総督ウィリアム・ハワード・タフト

　ボホール島では、1901年5月5日ロノイの戦いは、400人以上のフィリピン人革命家がアメリカ軍によって殺害された。この事件は、ボホール島のジャグナ、ボホールのロノイで行われた。フィリピン軍は細い道に待ち伏せしていた。彼らは、短剣、山刀、槍などの武器を持ち、銃器はほとんど持っていなかった。アメリカ軍は、親米派の地元民であるフランシスコ・アカラ大尉から待ち伏せの事実を知った。アメリカ軍はフィリピン軍の背後に回り込んだ。奇襲を受けたフィリピン軍は、気がつくと自分たちの塹壕に閉じ込められていた。隊長のグレゴリオ・"ギヨ"・カセナス大尉を含む7人以外の406人が死亡した。アメリカ軍の犠牲者は死者3名、負傷者10名であった。

　スペイン植民地時代のフィリピンには、かなり厳格なカースト制度が存在していた。第一次フィリピン共和国が目指したのは、主権を持ち、独立した安定した国家であり、教育を受けた階級_{（イルストラード階級と呼ばれる）}および、地元の酋長、土地所有者、ビジネスマン、カベサ・デ・バランガイ（村長）などが地元の政治を支配するメンバー（プリンシパル）で構成された寡頭制であった。戦争がピークに達したのは、イルストラード、プリンシパル、農民がアメリカの併合に反対して団結した時だった。だが戦力の大部分を占める農民は、アギナルドらの属するイラストラードのリーダーや村のプリンシパルとは異なる利害関係を持っていた。民族的にも地理的にも分断されていたこともあり、異なる社会的階層の人々の利害を調整することは、困難な作業であったのである。

アギナルドの逮捕（1901年3月23日）

　アギナルドは依然として逃亡中だった。ファンストン将軍はマッカーサーに、「反乱軍」支配地域の奥深くに侵入してアギナルドをとらえるという大胆な計画を提案した。マッカーサーは作戦を承認したが「ファンストン、これは極めて危険な任務だ。君に二度と会えなくなるのではないか」と不安を吐露した。しかし1901年3月23日、フレデリック・ファンストン将軍と彼の部隊は、アメリカ側に加わっていた数人のフィリピン人_{（彼らの出身地にちなんでマカベベ・スカウトと呼ばれる）}の助けを借りて、イサベラ州パラナンでアギナルドを捕らえた。アメリカ人は、フィリピン陸軍の制服を着たスカウトの捕虜になったふりをしていた。ファンストンたち「捕虜」はアギナルドの陣地に入ると、すぐに衛兵に襲いかかり、あっという間に衛兵と疲弊したアギナルドを圧倒した。
　1901年4月1日、マニラのマラカニアン宮殿で、アギナルドはフィリピンに対するアメリカの権威を受け入れ、アメリカ政府に忠誠を誓う宣誓をした。4月19日にはアメリカへの正式な降伏宣言を行い、武器を捨てて戦いを放棄するように指示した。「血の流れを止め、涙と荒廃に終止符を打とう」とアギナルドは語った。「戦争がもたらす教訓、そしてその重要性を私はつい最近理解したが、敵対行為の完全な終結と恒久的な平和がフィリピンの幸福にとって望ましいだけでなく、絶対に不可欠であるという確固たる確信を私にもたらしている」。

　アギナルドの捕獲はファンストンを国民的英雄にし、35歳で正規軍の准将に任命された。たが、捕獲の詳細が知られるようになると反帝国主義派は彼を批判した。

　アギナルドの逮捕はフィリピンの反乱軍、特にルソン島北部の反乱軍にとって決定的な打撃となった。しかしタフトは陸軍の戦果を絶えず認めたがらず、アギナルド捕縛の重要性を過小評価しており、フィリピン人の解釈とは全く異なっていた。アギナルドはマッカーサーの友人となった。彼の副官で気性が激しいメスティソの19歳になるマヌエル・ケソン少佐も、同様にマッカーサーの友人となった。

　1901年、多くの革命家が降伏した。1月10日にはマルティン・テオフィロ・デルガドがパナイ島で降伏し、3月29日にはミンダナオ島北部でニコラ・カピストラーノが、5月13日には南ルソンでマリアーノ・トリアスが降伏した。 4月29日にはマヌエル・ティニオとホセ・アレハンドリノスが、5月19日にはラクナが、6月24日にはフアン・カイユが、5月18日にはレイテ島でモクシカが、7月4日にはベラルミノが降伏した。

マッカーサーの解任

　タフトの着任後、しばらくの間、マッカーサーとうまくやっていこうとしたが、二人の間には大きな見解の相違があった。二人の緊張は徐々に高まり、タフトは本国あての書簡でマッカーサーを手厳しく罵倒し始めた。彼は陸軍長官エリフ・ルートに、マッカーサーは「あまりにも鈍く、考えすぎで、臆病だ」と伝えた。兄のチャールズ・P・タフトあての書簡で、将軍は「か弱く」「規律に細かい」「人に耐えられない小物だ」と伝えていた。彼はマッカーサーの長所と言ったら国家に対する犬のような忠誠心だけで、真の実力はないと述べたのである。
　1901年7月4日にはタフトがフィリピン民生総督に就任した。それまで軍事総督であったマッカーサーは、米軍司令官のみのアドナ・チャフィー将軍に交代した。マッカーサーはフィリピンを去ることになった。

アギナルド逮捕後の戦闘、バタンガス州とサーマル島、米軍の焦土戦術

　1901年3月23日、アギナルドはついに捕らえられた。アギナルドは4月20日、フィリピン革命軍に戦闘停止を求める声明を発表した。その後、革命家の降伏が相次いだ。
　1901年7月には、バタンガス州のミゲル・マルバーとサマール州のヴィンセンテ・ルクバンのみが、アメリカの支配に抵抗できる勢力を率いていた。

　フィリピン反乱軍の指導権は、ルソン島バタンガス州およびラグナ州ではミゲル・マルバル将軍、サマール島ではビセンテ・ルクバン将軍に引き継がれた。アギナルドが逮捕された後、アメリカ軍は実質的に戦争に勝ったと考え、フィリピン人の組織的な抵抗を予期せず、1901年12月までに戦闘が終わると予想していた。この誤算の結果、1901年9月27日にサマール島でフィリピン人ゲリラの襲撃を受け、88人のうち59人のアメリカ兵が死亡した。無傷だったのは6人の兵士だけだった。これは米軍にとって「リトル・ビッグホーンの戦い」以来の最悪の軍事的惨事となった。
　この出来事を受けて、アメリカの2つの旅団が残りの反乱軍との戦闘に当たることになった。アギナルドがアメリカに捕らえられた後、ミゲル・マルバーがフィリピン革命軍の指揮を執ることになった。バタンガス州とラグナ州がこの時点でのマルバー軍の主な焦点であり、彼らはゲリラ戦の戦術を採用し続けた。またビセンテ・ルクバンはサマール州のゲリラ指揮官として活動を続けた。
　J.フランクリン・ベル将軍が指揮する一個旅団はルソン島にてマルバーと対峙し、ジェイコブ・H・スミス将軍が指揮する一個旅団はサマール州に展開した。ベルの行動は_{（いろいろ問題はあるが）}今日でもアメリカの軍事研究者の間でゲリラ運動との戦いに成功した例として評価されているが、スミスの行動は世間を騒がせ、彼に対する軍事裁判が行われることになった。

バタンガス州とラグナ州

　ミゲル・マルバー将軍は1865年 9月27日、バタンガス州のサント・トーマスで、サトウキビや米を栽培する裕福な家庭に生まれた。彼は、1897年 12月14日にスペインとフィリピンの反乱軍との間で結ばれたビヤク・ナ・バト協定により、エミリオ・アギナルドとともに香港に追放された将軍の一人であった。1901年3月23日アギナルドの捕縛後、ミゲル・マルバーは、アギナルドの定めた継承権に基づいてフィリピン共和国大統領に就任した。彼はルソン島南部のフィリピン軍を再編成し、当時約1万丁のライフル銃を保有していた軍を「解放の軍」と改称した。1901年7月30日、ミゲル・マルバー将軍は「決して後ろを向くことなく前進せよ....。すべての独立戦争は、大きな試練を受けざるを得なかった！」というマニフェストを発表した。マルバーは、もともとアメリカ人に対して防御的な姿勢をとっていたが、今度はバタンガス地方のアメリカ人が支配する町に対して全面的な攻撃を開始した

　1901年後半、J.フランクリン・ベル准将がバタンガス州とラグナ州でのアメリカの作戦の指揮をとった。マルバーのゲリラ戦の戦術に対抗して、ベルはゲリラ戦士と民間人に同様に大きな犠牲を払う反乱戦術_{（焦土作戦と表現されることもある）}を採用した。「保護区域」が設定され、民間人は身分証明書を与えられ、自由射撃区域に囲まれた強制収容所_{（レコンセンタドスと呼ばれる）}に強制的に入れられた。

ルソン島での軍事作戦を担当していたジェームズ・フランクリン・ベル准将は、焦土戦術を採用し、フィリピンのゲリラや民間人に多大な犠牲を払った。彼は1901年5月1日、ニューヨーク・タイムズ紙に次のように語っている。
「この2年間でルソン島の原住民の6分の1がデング熱で殺されたか死んだ。_{（註：これらの地域の総人口は600,226であった。6分の1なら10万人だが、その規模の死者を出したことを示唆するものはない。記者へのコメントでは、1つのレポートしかない}_{ため、他の独立した報告書と照合することができない。ジェームス・ベルは、自分の地域はルソン島の人口の6分の1を占めており、デング熱や戦闘による死者も出ていると言っていたのでは？。単に誤報だったのかもしれない）}殺害による損失だけでも大きなものですが、戦争の正当な目的のために殺された場合を除いては、一人も殺されていないと思います。他の国ではおそらく厳しいと思われるような手段を採用する必要がありましたが、フィリピン人はtricky and craftyなので、彼なりの方法で戦わなければなりません。」_{Melvin L. Severy, Gillette's Social Redemption, Herbert B. Turner & Co., Boston, 1907, p.242から抜粋。}

　ベル将軍は、1901年12月25日までに、バタンガス州とラグナ州の全人口を、それぞれのバリオ（町）のポブラシオン（中心地）内の小地域に集めるように命じた。バリオ（町）の家族は、衣類、食料、その他持てるものすべてを指定された地域に持ち込まなければならなかった。家、庭、荷車、家禽、動物など、残されたものはすべて米軍によって燃やされた。強制収容所の外で見つかった人は銃殺された。ベル将軍は、「反乱軍から友好的な原住民を保護し、十分な食糧供給を保証する」と同時に「適切な衛生基準」を教えるためにこれらの収容所を建設したと主張した。だがある収容所の司令官は、この収容所を「地獄の郊外」と呼んでいた。

　また、バタンガスの富裕層や有力者を集めた。彼らは、15×30×6フィートの小さな部屋にイワシのように詰め込まれ、その中に50人もの人が何ヶ月も詰め込まれていた。バタンガス州のフィリピン人捕虜は、陸海軍誌に掲載された報告によると、600人のフィリピン人が70×20フィートの建物に閉じ込められ、熱帯の厳しい太陽の下で窒息したり、飢えたり、赤痢や喉の渇きで死んだりしていたという。また2マイル×1マイル（3.2×1.6km）の広さの収容所があり、そこに約8,000人のフィリピン人が詰め込まれた。男たちは尋問のために集められ、拷問を受けた後、処刑された。

　W・H・ウォーカー牧師は、息子から手紙を受け取り、それをボストン・ジャーナル紙に見せたところ、1902年5月5日にそのことが報道された。その手紙には、数週間の間に1300人の囚人が処刑された様子が書かれていた。フィリピン人の神父が数日間にわたって彼らの告白を聞き、その後、彼らの目の前で絞首刑にされたのである。一度に20人の囚人が大量の墓穴を掘らされた後、銃殺された。若いウォーカーはこう書いている。「彼らを捕虜にしておくためには、兵士たちを飢えさせないまでも、不足した食料を与えなければならない。彼らを殺す以外に方法はなかった」と書いている。

　飢餓と病気で何千人もの命が奪われた。1902年の1月から4月の間に、29万8千人のうち8,350人が死亡した（Ar naldo Duminidin）。人口の20％が亡くなった収容所もあった。

　ベルは、「無実の者が罪を犯した者と共に苦しまなければならないのは、戦争の必然的な結果である」と述べている。彼は、すべての原住民が裏切り者であるため、「積極的な悪人と消極的な悪人だけ」を見分けることはできないと考えたのである。マルバーの将校や部下の多くは、諦めてアメリカに協力した。マルバーは、戦争を続ければ国民をより傷つけることになると悟ったのである。

　最終的にマルバーは1902年4月16日に病気の妻子と一部の将校を連れて降伏した。その月の終わりまでに約3000人のマルバーの部下も降伏した。マルバルの降伏により、フィリピンの戦力はさらに減少し始めた。アメリカ軍は彼を丁重に扱った。ベル将軍の報告によると、マルバーとの戦いで米軍は3,561丁の銃と625丁のリボルバーを確保し、約8000～1万人の「反乱分子」を捕らえ、あるいは降伏させたという。
　降伏後、マルバーは静かで快適な生活を送っていた。彼は、バタンガス州の知事になってほしいという申し出を快く断った。1911 年10月13日、肝臓の病気のためマニラで死去した。享年46歳であった。彼の遺体はバタンガス州のサント・トーマスに運ばれ、軍人の名誉をもって埋葬された。

フランクリン・ベル将軍の栄達

　ジェームズ・フランクリン・ベルは1856年1月9日にケンタッキー州で生まれ、1878年にウェストポイントを43人中38番目の成績で卒業し、1886年から89年にかけてイリノイ州で法律を学び、イリノイ州の弁護士資格を取得した。1891年、サウスダコタ州パインリッジでのインディアンキャンペーンに参加。フィリピンに数ヶ月滞在した後准将に昇進し、多くの先輩将校よりも上位に立った。
　1899年9月9日、パンパンガ州ポラック付近での戦いで名誉勲章を授与された。1903年、ベル将軍はエリフ・ルート陸軍長官の協力を得て、アメリカ陸軍の教再編成計画を策定した。そして、カンザス州フォート・レブンワースにある歩兵・騎兵学校、信号学校、スタッフ・カレッジの司令官に任命され、アメリカ陸軍における近代的な教育方法の創始者として知られるようになったのである。
　1906年4月から1910年4月までベルは米陸軍参謀総長を務め、1907 年6月からは少将に昇格した。E. 1912年に出版された『His tory of Kentucky and Kentuckia ns』の著者であるE.ポーク・ジョンソンは、ベルについて次のように書いている。「...彼の率直でオープンな性格と、陽気で心温まる寛大な気質は、軍隊内外の多くの友人を獲得した。そのような友人たちやケンタッキー州の数多くの親戚や『いとこ』たちにとって、彼の公式な肩書きや装いは、彼自身の忠実で愛すべき大らかな男らしさよりもはるかに重要ではなく、彼自身の故郷の人々の間では、今日に至るまで単に、しかし親しみを込めて『フランク・ベル』と呼ばれている」と述べている。
　ベルは1919年1月8日にニューヨークで亡くなり、アーリントン国立墓地に埋葬された。

　ロッジ委員会では、ベル将軍の収容所に対するアメリカでの否定的な評価に対抗するために、アメリカ陸軍の広報責任者であるアーサー・ワグナー大佐が、収容所は「反乱軍から友好的な原住民を保護し、十分な食糧供給を保証する」と同時に「適切な衛生基準」を教えるためのものだと主張した。

　1902年5月30日。セオドア・ルーズベルト大統領は、アーリントン墓地に集まった退役軍人やジャーナリストを前に、メモリアルデーの大観衆に向けて演説を行った。
　ルーズベルトは「憤慨」の演説の中で、現在進行中のフィリピン・アメリカ戦争における「残虐行為」の告発に対して、この紛争を「文明」と「野蛮」の勢力間で争われているものとして人種差別的に捉え、米軍を擁護した。彼はフィリピン人を「中国の混血児」と断じ、「これはわが国の歴史の中で最も輝かしい戦争である」と主張した。

　こうした経緯もあり、太平洋戦争勃発時においても、ルソン島のマニラ南部のバタンガス州、ラグナ州はフィリピンの中でも特に反米的であり、また親日的な地域となっていた_{（のだったけれども……）}。

サーマル島

ビセンテ・ルクバンは1898年 12月にエミリオ・アギナルド率いる第一次フィリピン共和国に代わって島を統治するために派遣されていた。 1900年4月15日のカトゥビッグの包囲戦で米軍31名死亡させ勝利した。この攻撃は、1年後に起きたカトゥビッグの南にあるバランギガの虐殺と酷似していた。ルクバンは、アメリカのアーサー・マッカーサー・ジュニア将軍から降伏と引き換えに恩赦を提案されたばかりだったが、それを断り、最後まで戦い抜くことを誓っていた。バランギガにアメリカ人が駐留する前の1901年5月下旬、町長のペドロ・アバヤンはルクバンに「（アメリカ人が）彼らの好きなことを何でもするという欺瞞的な政策をとり、有利な機会があれば人々は戦略的に彼らに立ち向かう」ことを誓った手紙を出していた。

バランギガの戦い

　バランギガの戦いは、1901年9月28日にサマール島のバランギガの町で行われた。1901年の夏、ビサヤ地方を指揮し、サマールを担当していたロバート・P・ヒューズ准将は、フィリピンの抵抗を終わらせることを目的に、島での食糧の収奪と財産の破壊という積極的な政策を打ち出した。彼の戦略の一部は、南海岸の3つの重要な港、ベイシー、バランギガ、ギアンを閉鎖することだった。サマール島はマニラ麻の生産の中心地であり、その取引が島内のフィリピン軍の資金源となっていた。
　1901年8月11日、アメリカ第9歩兵連隊のC中隊は、サマール島の南岸にある第3の町バランギガに到着し、港を閉鎖して、当時ビセンテ・ルクバン将軍の指揮下にあった内陸部のフィリピン軍に物資が届くのを防いだ。兵士と町民の関係は、最初の1ヶ月間は友好的であった。兵士と男性の村人の間でチューバ（椰子酒）を飲んだり、野球の試合をしたりという形であった。しかし、いくつかの理由で緊張が高まった。バランギガに駐留していた米軍部隊の指揮官トーマス・W・コーネル大尉は、米陸軍の監察官の訪問に備えて町の清掃を命じた。しかし、その指示に従ったために、町の人々は誤って食料価値のある植物を伐採してしまい、ルクバンの食料確保に関する方針に反してしまったのである。その結果、1901年9月18日、ルクバンが派遣した約400人のゲリラがバランギガの周辺に現れた。彼らは、食糧確保に関するルクバンの命令に違反したことや、アメリカ人と交友したことで、町の役人や地元住民に制裁を加えることになっていた。
　数日後、コーネルは清掃活動を早める目的で、町の男性住民を一斉に集めて拘束した。約80人の男性が、一晩中食事を与えられないまま2つのシブレーのテントに入れられた。また、ボロ（山刀）や食卓用の米なども没収された。これらの出来事は、町の人々を侮辱し怒らせ、アメリカ人への復讐を計画した。襲撃の数日前、町の警察署長であるヴァレリアーノ・アバナドールとダザ大尉は、アメリカ人部隊への攻撃を計画するために会合を開いた。アバナドールとダザは、男たちの集まりを、地元のフェスタのために町を準備することを目的とした労働力に偽装し、米兵が飲み干せるようにと、多くのヤシ酒が持ち込まれた。襲撃の数時間前には、女性や子供たちは安全な場所に追いやられた。教会での夜明けの礼拝から女性たちがいなくなったことを隠すために、バリオ・ラワーンの34人の男たちが女性の礼拝者のように女装した。

　1901年9月28日の朝 6時20分から6時45分の間に、村人たちは動き出した。町の広場で囚人たちの共同労働を監督していたアバナドールが、アメリカ人歩哨の1人アドルフ・ガムリン上等兵のライフルを掴み、頭を殴って気絶させたのだ。これを合図に、広場にいた他の共同労働者たちは、食堂で朝食をとっていた他の歩哨やC中隊の兵士たちを急襲した。アバナドールは、他のフィリピン人男性に攻撃の合図をして、ガムリンのライフルを食堂のテントに向けて発射し、兵士の一人に命中させた。その数秒後には、教会の鐘の音と法螺貝を吹く音が聞こえてきた。C中隊の兵士の中には、ライフルを手にする前に襲われて斬り殺された者もいた。最初の猛攻を生き延びた数人は、台所用品やステーキナイフ、椅子などを使って、ほとんど素手で戦った。ある二等兵は、圧倒される前に野球のバットを使って攻撃者を撃退した。
　シブレーのテントに留置されていた男たちは脱走し、市庁舎に向かった。同時に、教会に隠れていた攻撃者たちは教区の家に侵入し、そこにいた3人のアメリカ人将校を殺害した。襲撃者は当初、教区会館と市庁舎を占拠したが、食堂テントと兵舎への攻撃は失敗し、ガムリン兵長が意識を回復して別のライフル銃を確保したため、フィリピン軍にかなりの死傷者が出た。最初の驚きが消え、攻撃力が低下してきたので、アバナドールは攻撃隊に離脱と撤退を呼びかけた。生き残ったC中隊の兵士たちはフランク・ベトロン軍曹を先頭に海路でレイテ島のベイシーとタナウアンに逃れた。
　C中隊の74人のうち、トーマス・W・コーネル大尉、エドワード・A・バンパス少尉、リチャード・S・グリスウォルド少佐を含む36名が戦死。村人は約100丁の小銃と25,000発の弾薬を奪い、死者28名、負傷者22名の被害を受けた。

米軍の反撃、スミス准将の任命

　この攻撃はアメリカ国民に衝撃を与え、新聞は「大虐殺」と呼ばれるものを1876年のリトル・ビッグホーンの戦いにおけるジョージ・アームストロング・カスターの最後の戦いになぞらえていた。フィリピン軍総督のアドナ・R・チャフィー少将は、セオドア・ルーズベルト大統領からサマール島の平定を命じられた。チャフィーは、そのためにジェイコブ・H・スミス准将を任命した。
　海兵隊の大隊は、リトルトン・W・T・ウォーラー少佐（指揮）、300名の下士官で構成されていた。1901年10月24日にサマール州カトバロガンに到着。スミス准将は、米海兵隊大隊の指揮官リトルトン・ウォーラー少佐に、鎮圧の方法について指示した。

　「捕虜はいらない。殺して燃やしてほしい。殺して燃やせば燃やすほど、私は喜ぶ。米国に対する実際の敵対行為で武器を持つことができる者はすべて殺してほしい」
さらに彼はウォーラーに対し、武器を持ち実際に米国に対する敵対を行うことができるすべての人を殺害するように命じた。リトルトン・"トニー"・ウォーラー少佐が
「respectできる年齢の上限を教えてください」と質問した。
「10歳」とスミスは言った。
「10歳以上の者は武器を持つことができると？」
「yes」スミスは2回目の指示を確認した。スミスの命令は、その時点では上官やマスコミに発見されなかった。1902年3月17日に始まった、スミスの部下であるリトルトン・ウォーラー少佐の軍法会議の過程で初めて明らかになった。

　島内の行進が続いた。サマールへの食料と貿易は遮断され、革命家たちを飢えさせて服従させることが目的だった。毎日のように小部隊が派遣され、ゲリラを探し、フィリピンのビセンテ・ルクバン将軍を捕らえようと内陸部を掃討したが、ゲリラと町民の接触を防ぐことは何もしなかった。アメリカ軍の隊列は島中を行進し、家屋を破壊し、人々や徴用動物を撃った。リトルトン・ウォーラーは報告書の中で、彼の部下が11日間で255の住居を燃やし、13のカラバオ（水牛）を撃ち、39人を殺したと述べている。

海兵隊のルクバン司令部襲撃

　11月5日、ウォラー少佐は分隊を率いてソホトン川に行き、ゲリラをそこの塹壕から追い出した。いくつかの小さな探検隊がカダカン川に派遣され、これらの隊のいくつかは発砲されたが、小競り合いはわずかだった。11月8日にIbaで行われた交戦では、数人の反乱分子が殺され、捕らえられた。Balang iga付近を偵察するために派遣されたポーター大尉率いる遠征隊は、反乱軍1名を殺害、7名を捕獲し、第9歩兵隊の虐殺された兵士たちの多くの遺物を発見した。
　サマール島の南岸で海兵隊による継続的な嫌がらせが行われた結果、ルクバン将軍と彼の反乱軍はその地域から退却し、ソホトン川沿いのソホトンの崖にある要塞化された防衛施設を占領した。11月17日の海兵隊の攻撃は完全な奇襲となり、敵は壊滅した。海兵隊は、反乱軍を陣地から追い出した後、川を渡り、崖の防御を襲撃した。海兵隊員は、敵の陣地に到達するために、川から切り立った高さ約200フィートの崖を登らなければならなかった。海兵隊は崖を登り、クラッグ・ヨルゲンセン・ライフルと45口径ピストルで反乱軍を陣地から追い出し、キャンプを破壊した。この時点では、食料が尽き、兵士の状態も悪かったので、これ以上の敵の追跡は断念した。
　隊員たちは、信じられないような困難や危険を乗り越えて、英雄的な行進を続けていた。彼らが破壊した陣地は、準備に数年を要したに違いない。年老いた囚人たちからの報告によると、彼らは何年もそこで防御のために働いていたという。サマールの反乱軍は、何年もかけて防衛に取り組んでおり、この崖の要塞は難攻不落だと考えていた。この攻撃では海兵隊員の死者は出ず、反乱軍約30名が死亡し、ルクバン将軍の副官が捕らえられた。この作戦に参加した海兵隊員のポーター大尉とベアーズ大尉は、その功績により後に名誉勲章を受章している。

サマール島島横断行軍

　スミス将軍は、東海岸と西海岸を結ぶルートを選定する目的で、海兵隊がベイシーからサマール島を横断してヘルナニまで行進することを希望した。12月8日、2つの隊列がバランギガに向けてベイシーを出発した。1つはウォラー少佐の指揮の下、海岸線に沿って進み、もう1つはベアーズ大尉の指揮の下、約2マイル内陸部を行進した。海兵隊は組織的な抵抗を受けることはなかったが、自然の障害に遭遇し、はるかに致命的なものとなった。1902年1月になっても、行軍は険しい山々を超えて続けられた。食糧事情は悪化し、病気が蔓延した。残りの海兵隊員を救出するために救援隊が編成されたが、ラナン川の増水のために数日間出発できなかった。食料もなく、このままキャンプに留まっていては餓死してしまうと考えたウィリアムズ中尉らは、ポーター大尉の足跡をゆっくりと辿り、進むことができなくなった部下を次々と道端に残して死んでいった。一人の男が発狂し、先住民の担ぎ手たちは反乱を起こし、何人かはボロ刀でウィリアムズ中尉を攻撃して負傷させた。先住民の担ぎ手は海兵隊員から食料や物資を隠し、海兵隊員が飢えている間、自分たちはジャングルから栄養を補給していたのだ。ウィリアムズの指揮下でラナンに到着すると、11人の先住民の担ぎ手たちは逮捕された。調査の後、ウォーラーは反逆、窃盗、不服従のために11人のフィリピン人担ぎ手の処刑を裁判なしで命じた。これは1902年1月20日頃、フィリピン諸島サマール島バセイでの出来事である。

　ルクバンは1902年2月18日、サマール島のカトゥビグでフィリピン偵察隊ビサヤ中隊39のアルフォンス・ストレブラー中尉が指揮するアメリカ人とフィリピン人からなる偵察隊に捕らえられた。クラロ・ゲバラ大佐がルクバンの後任となり将軍を称したが4月26日、ゲバラはサマル州カトバロガンで744人の男性と共に第6次米歩兵旅団の司令官フレデリック・デント・グラント将軍に降伏した。1902年5月11日、18人のゲリラが降伏し、その2日後イグナシオ・アラール中尉は38人の部下とともにタクロバンで降伏した。この最後の投降は、当時サマールのアメリカ人に知られていたゲリラの将校全員と、2丁を除くすべてのライフル銃を占めていた。1902年6月17日、フィリピン委員会の決議により、サマール島に州民政府が設立された。

ウォーラーの軍法会議

　スミス将軍はウォーラーの処刑報告を上司のアドナ・R・チャフィー将軍に伝えた。チャフィーは、この処刑を調査することにした。ウォーラー少佐は反乱を起こしたフィリピン人ポーター11人の処刑を命じた殺人の罪で起訴された。軍法会議は1902年3月17日に始まった。ウォーラーは慎重に答弁書を提出した。当初ウォーラーは、スミスの「全員殺せ」という命令を自分の行為を正当化するために使わず、戦争のルールと、数ヶ月前にJ.フランクリン・ベルが成功したように、「超過兵力」を認める南北戦争の一般命令番号 100の規定に依拠した。この一般命令はリーバーコードとしても知られており、後に締結された戦争規則に関する協定とは対照的に、敵による戦争規則違反への報復として捕虜を殺害することを認め、スパイ、サボタージュ、ゲリラ戦闘員の略式処刑を定めていた。
　検察側は、スミスを呼ぶことにした。スミスは、自分のキャリアのためウォーラーを売ることも辞さなかった。1902年4月7日、スミスは再び偽証して、ウォーラーに特別な命令をしたことはないと否定した。
　これに対してウォーラーは、スミスの命令を明らかにし、スミスとウォーラーの会話についてウォーラーの話を裏付ける3人の警官と、スミスから受け取ったすべての命令書のコピーを提出した。ウォーラーは法廷で、捕虜を取らず、10歳以上の男性フィリピン人を全員殺すように指示されたと述べた。

　裁判中、彼の故郷であるフィラデルフィアの新聞を含む、センセーショナルなアメリカの新聞は、ウォラーを「サマールの虐殺者」とあだ名した。軍法会議では11対2でウォラーの無罪が決定された。その後、米陸軍法務官は、海兵隊将校は陸軍法廷の対象にならないとの見解を示し、この事件を全面的に却下した。
　フィリピン軍総督のアドナ・チャフィー将軍は陸軍省に電報を打ち、スミスを短期間島に留め置く許可を求めた。ウォーラー裁判で提出された証拠の結果、スミス将軍はその後、軍法会議にかけられた。

スミスの軍法会議

　 1902年4月15日、エリフ・ルート陸軍長官は、将校の任務を解くことと、スミス将軍を軍法会議にかけることを命じた。1902年5月、スミスは命令を受けて軍法会議に臨み、殺人やその他の戦争犯罪ではなく、「秩序と軍の規律を害する行為」の罪で裁かれた。軍法会議はスミスを有罪とし、"審査当局から諭される "という判決を下した。
　その後のアメリカの世論の反発を和らげるために、エリフ・ルート陸軍長官はスミスを退役させるよう勧告した。ルーズベルト大統領はこの勧告を受け入れ、スミスの退役を命じ、追加の処罰はなかった。_{（バタンガス州の J・フランクリン・ベル将軍は調査を受けなかった。）}
　三等航海士のエドウィン・グレン大尉はフィリピン人を拷問したとして軍法会議にかけられ、有罪となった。

　米軍に殺されたフィリピンの民間人の正確な数は知る由もないが、戦争の犠牲者に関する百科事典的な本では2,000人とされている。1990年代に英人作家のボブ・クッティーがバランギガの大虐殺に関する10年間の研究の一環として行った徹底的な調査では、この数字を暫定的に約2,500人としている。デビッド・フリッツは人口高齢化の手法を用いて、戦闘年齢の男性で2,000人強の損失という数字を示唆したが、女性や子供の広範囲にわたる殺害を裏付けるものは何もない。フィリピンの歴史家の中には、約50,000人と考えている人もいるが、裏付けはない。難民がサマールからレイテに逃げたため、サマールの人口増加率は鈍化したが、それでも戦争中、サマールの人口は21,456人増加した。

　陸軍の法務官は、スミスの部下の大半が良識と自制心を持っていたからこそ、サマールでの完全な恐怖支配を防ぐことができたと述べている。1902年3月にこの虐待が知られると、アメリカの反帝国主義グループは憤慨した。サマール作戦に関するアメリカの軍事史家の意見は、アメリカ陸軍の公式歴史雑誌『Army His tory Bulletin』の2011年 2月号にも掲載されている。「ジェイコブ・スミス准将率いる米陸軍と海兵隊がサマール島に放ったとされる無差別の暴力と懲罰は、米国のフィリピン諸島の平和化の記憶を長く汚してきた」。

ロッジ委員会

アメリカ合衆国上院フィリピン委員会1902年1月から6月にかけて、共和党上院議員ヘンリー・キャボット・ロッジの議長のもと、フィリピン・アメリカ戦争の罪を問う上院調査が行われた。1901年11月4日ジェイコブ・H・スミス准将がマニラ・ニュースの記者に言った言葉「サマール島全体を燃やすつもりで、おそらく人口のほとんどを消し去るだろう」がきっかけであった。委員会は非公式に「ロッジ委員会」と呼ばれていた。1902年、ロッジ委員長のもと、委員会はフィリピン・アメリカ戦争における戦争犯罪の疑惑について調査を行った。

　タフトは、ロッジ委員会で最初に証言を行った。尋問の結果、「情報を引き出すために、いわゆる水治療やその他の方法による原住民の拷問」が「いくつかの場面で使われた」ことを認めた。タフトの次に3人の証人が続いた。

　エルウェル・S・オーティス将軍の参謀長であるロバート・P・ヒューズ将軍は、1902年3月に2週間にわたって証言し、ゲリラの避難所や隠れ場所をなくす戦略として、また抑止力としてフィリピン人の家が無差別に焼かれたことを認めた。チャールズ・ディートリッヒ上院議員は、ヒューズにこれらの家屋の価値を見積もるように質問した。ヒューズ氏は、これらの家は数日で建てられ、費用は1.5ドルから4ドルだったと答えた。ジョセフ・ローリンズ上院議員も質問を続けた。
　ローリンズ：その破壊の効用は何だったのですか？
　ヒューズ：破壊は罰だったのです。彼らそこに隠れることを許可した。それはいつも...
　ローリンズ：その場合の罰は、男性ではなく、主に女性と小さな子供たちに与えられるでしょう。
　ヒューズ：女と子供は家族の一員で、罰する場合に、他の方法よりも悪く罰することができます。
　ローリンズ：しかし、それは文明的な戦争の通常のルールの範囲内でしょうか？
　ヒューズ：この人たちは文明的ではありません。
　ローリンズ：しかし、それは文明的な戦争の通常のルールの範囲内ですか？
　ヒューズ：いいえ、そうではないと思います。
　ディートリヒ：文明的な戦争を遂行するためには、双方がそのような戦争をしなければならないのです。
　ヒューズ：はい。このまま続けさせてもらえれば、この問題に直接関係するようなことを言えるようになると思いますよ。
　ヘイル上院議員は、指揮官が変わるたびに戦争が文明的でなくなっているとコメントしたが、ヒューズはそれに同意した。

　フィリピンの学校長であるデビッド・プレスコット・バローズは、報道機関の反帝国主義派が状況を大きく歪めていると主張して証言した。例えば、強制収容所や断水などは、"実際よりもひどく "報道された。彼は、強制収容所にいるフィリピン人は「自分の意志でそこにいる」と主張し、「家にいるよりもずっと楽な生活を送ることが許されているので、それに満足している」と述べた。さらに、水責めによる拷問は「誰も傷つかない」と主張している。バローズは、原住民が戦争の恩恵を受けているとの考えを述べる一方で、「戦争が良いことだという命題に同意したいわけではない......しかし、戦争が存在する場合には、先に進んで厳格に追求し、それを終わらせる方が良いと思う」と述べている。

　4人目の証人であるエルウェル・スティーブン・オーティス将軍は、3月20日の週に証言し、過去2年間フィリピンでは戦争がなかったと主張した。ヘイル上院議員はこの発言に疑問を呈し、「その後、かなり多くの戦いがあった」と述べた。オーティスは、そのような戦いは「強盗」によるものであり、彼と彼の部下は「我々が行使した人道的行為のために、スペイン人やヨーロッパ人の将校たちに笑われた」と主張した。

聴聞会の継続

　ウエストポイント大学を卒業し、バタンガス州の隣にあるタヤバス州の州知事を務めていたコーネリアス・ガーデナー少佐が委員会に報告書を提出し、ロッジ委員長が1902年4月10日に委員会に提出した。

　最近、反乱軍が占領できないようバランガイ（村）を焼き払ったり、情報を得るために水責めなどで原住民に対して過酷な扱いをしているなど、軍隊の行動が原因で、このような事態になっている。また、最近任命された経験の浅い中尉が駐屯地を指揮し、友好的な者と非友好的な者を区別せず、すべての原住民を反乱分子であるかのように扱っていることから、好意的な感情は壊され、我々に対する深い憎しみが生まれている。バタンガス州、ラグナ州、サマール州で現在進められている方針は、今後、良い機会があればいつでも我々に対して永続的な革命を起こすための種を蒔いていると私は考えている。

　フィリピン委員会は5月1日の党員投票でコーネリアス・ガーデナー少佐の召喚を拒否した。 _{委員のトーマス・パターソン上院議員は上院議場での演説でこの動きを非難した。}委員会の民主党員たちは、フィリピン独立運動の指導者であったエミリオ・アギナルドをはじめとする、委員会に必要と思われる数名の証人を召喚するようロッジに迫った。委員会は、この要求と、小委員会をフィリピンに派遣して証言を集めるという要求も拒否した。代わりにロッジ氏は、エリフ・ルート陸軍長官が提供したいわゆる「セーフ・リスト」から数名の退役軍人を召喚した。しかし、兵士たちが現れると、彼らは委員会に対して、フィリピン人は「人間の優しさを理解することができない」ので、すべてのフィリピン人を射殺して焼却する必要があると説き始めた。
　L・E・ハロック軍曹、ウィリアム・J・ギブス二等兵、ジョージ・C・ボードマン、リー・ホール大尉、リチャード・トーマス・オブライエンの各氏は、フィリピンでの勤務中に見たこととして、フィリピン人捕虜に対する水治療法の使用を含む拷問、原住民の殺害、その他の嫌がらせなどを証言した。

　アーサー・マッカーサー将軍は2度にわたって委員会で証言した。4月13日、彼は最初にスペイン人との短い戦争とフィリピン人に対するアメリカの協力について話した。そして4月の終わりに、彼はエミリオ・アギナルドの逮捕について再び証言した。将軍はアギナルド氏を逮捕するために欺瞞を用いたと証言し、「その件に関してはあらゆる点で私に責任がある。あれは戦争で頻繁に行われる欺瞞の一つであり、それに付随するいかなる責任も私のものである」。彼はこの計画をファンストンのものとしながらも、プランを承認した責任は自分（マッカーサー）にあると述べた。しかし、彼はそれが文明戦争のルールに違反していないと主張した。マッカーサーはまた、ジェイコブ・H・スミス将軍のサマールでの命令にも関与していないと距離を置いた。
　マッカーサーは、フィリピン人に完全な独立を与え、アメリカが完全に島から撤退すれば、絶対的な混乱が生じると述べた。また、フィリピンでの死者数については、「破壊は戦争に付随するものであり、もちろん全人口のごく一部に過ぎないが、それが密集している」と述べている。これに対し、パターソン上院議員は、ある州の死者数は3分の1近くに上ると指摘した。マッカーサーは、フィリピンの高官から書類を奪ったことについて、もしマッキンリー大統領が再選されれば、反乱軍はアメリカの権威に降伏するだろうという情報が含まれていたと語った。

疑惑の戦争犯罪

　強制収容所：陸軍の広報責任者であるアーサー・L・ワグナー大佐は、フィリピンに2年半滞在していた。ワグナーは5月に証言しており、フィリピンの強制収容所について質問された。ある収容所では、村に応じて人々が集められ、どのような場合でも昔からの隣人が近くにいるようになっていると報告された。彼が観察した限りでは、そこに集まっている人々の間には何の不足も感じられなかった。キャンプは、「反乱軍から友好的な原住民を守る」ために作られたものであり、「十分な食糧供給を保証する」と同時に、「適切な衛生基準」を教えるためのものだと彼は主張した。人々はキャンプから300 ～800ヤード以内の移動に限られ、それを超えると、いわゆる「デッドライン」と呼ばれる、越えた者は射殺されることになっていたが、彼は、無力な者や、射殺が避けられる場合には他の者を射殺しないという常任命令を主張した。
　ワグナー大佐によると、キャンプのもう1つの目的は、ゲリラを飢えさせるために米の供給を促進することであった。その結果、敵対勢力は事実上姿を消し、そのリーダーであるマルバーは捕らえられたのである。この政策は「生命と財産を守る」ために必要なものであり、それ以外の政策が成功するとは思えなかった。人々は食事を与えられ、医薬品を与えられ、キャンプの衛生状態にも気を配られていたという。彼は、フィリピンのアメリカ人収容所は、キューバのヴァレリアーノ・ウェイラーのレコンセンタード収容所と比較しても、慈悲が残酷さと比較することはできないと主張した。
　共和党の大きな抗議を受けて、カルバーソン上院議員は、ベーコン氏が上院で引用した、J.フランクリン・ベルの将校の一人が強制収容所を「地獄の郊外」と表現した手紙を読み始めた。議長は、上院議員が匿名を希望していた著者を特定しない限り、それは「伝聞証拠」であるとし、証人にコメントしないよう指示した。

何という茶番劇だろう...この黒くて汚い小さな場所はレコンセンターのペンで、外には死線があり、それを超えると生きているものはすべて撃たれてしまう...。到着すると、天然痘の患者が30人いて、平均して1日に5人の新しい患者が出てきて、事実上、死ぬために外に出さなければならない。日暮れになると、巨大な吸血コウモリの群れが、死人との宴からそっと抜け出してくる。蚊はリレーのように働く。この死体臭が漂ってきて、それに素敵な自治体の臭いが加わって、ここは少しばかり不愉快な場所になっている。

フィリピン人への拷問：ワグナー大佐は、フィリピンでの原住民の拷問について個人的な知識はないが、拷問の報告を聞いたことがあるという事例をいくつか挙げた。しかし、そのほとんどが事実に反するか、誇張されたものであるとした。ワグナーは、ある村が焼かれたことを知っていると言ったが、それは米国に友好的な先住民を殺害した犯人の情報を与えないため現地民がしたとした。激しい反対尋問の後、ワグナーはフィリピンで「罪のない人々」が苦しんでいたことには同意したが、それはどの戦争でも同じことであり、人間と同じくらい古い不正義であると付け加えた。

　アルバート・ベバリッジ上院議員は、委員会での自分の見解を含む別の上院文書を発表し、第57回議会第1会期の上院文書422として発表した。

1902年の戦争終結

　1902年2月にはルクバンをとらえ、4月16日にはマルバーを降伏させた。1902年7月1日に承認されたフィリピン基本法(Phi lippine Organ ic Act)は、第2フィリピン委員会を設立したマッキンリー大統領の以前の大統領令を修正したものである。同法はまた、民衆に選出された下院のフィリピン議会と、フィリピン委員会からなる上院で構成される立法府を設置することを規定した。7月2日、アメリカ陸軍長官は、アメリカに対する反乱が終結し、フィリピン群島の大部分に州の市民政府が設立されたため、軍総督の地位を終了すると電報で伝えた。
　アメリカの新大統領セオドア・ルーズベルトが終戦を宣言したのは、1902年7月4日のアメリカ独立記念日のことであった。大統領は、紛争に参加したすべてのフィリピン人に対する完全な恩赦と大赦を宣言し、事実上の戦争終結を宣言した。

「フィリピン群島の住民の多くは、1896年8月から、スペイン王国がアメリカ合衆国に群島を割譲するまでの様々な時期に、スペイン王国の権威と主権に対して反乱を起こしており、そのような割譲以来、反乱を起こしていた者の多くは、最近までアメリカ合衆国の権威と主権に抵抗していた。アメリカ合衆国の権威と主権に対する反乱は現在終結し、この宣言が適用されないモロ族が居住する国を除き、諸島のすべての地域で平和が確立された。スペイン王国及びアメリカ合衆国政府に対する反乱の過程において、それに従事した者又はそれに同調し教唆した者は、文明戦争法に違反する多くの行為を行ったが、そのような行為は、一般に、それらの法律を知らずに、市民的又は反乱的指導者が発した命令に基づいて行われたと考えられる。……私、セオドア・ルーズベルト、アメリカ合衆国大統領は、憲法によって私に与えられた権力と権限により、以下に規定されている場合を除き、留保や条件なしに、前述の反乱に参加した、または前記の反乱に参加した者に援助と慰安を与えたフィリピン群島のすべての者に対して、完全かつ大赦を宣言します。……ただし、ここに与えられる赦免は、1900年5月1日以降、市民政府が設立された群島の州で犯罪を犯した者を含むものではなく、また、殺人、強姦、放火、強盗の罪で最終的に有罪判決を受けた者を含むものではない。……さらに、この布告を利用しようとする者は、フィリピン群島において宣誓を行う権限を有する当局の前で、次の宣誓を行い、これを行うものとする。
　私、________________ は、フィリピン諸島におけるアメリカ合衆国の最高権威を認め、受け入れ、それに対する真の信仰と忠誠を維持することを厳粛に誓う……」。

　以後も戦闘が行われたが、モロ族やプラハネスなどのフィリピン第一共和国とは無関係な反乱が多く、また関連のあるものも米軍及びフィリピン政府・警察は山賊行為の範疇とみなした。2002年 4月9日、フィリピンのグロリア・マカパガル・アロヨ大統領は、フィリピン・アメリカ戦争が1902年4月16日にミゲル・マルバー将軍の降伏によって終結したことを宣言した。彼女はその日の100周年記念日を、バタンガス州とバタンガス市、リパ市、タナウアン市では国民労働休日、特別非労働休日とすることを宣言した。

死傷者

　亡くなったフィリピン人の総数については議論の余地がある。1899年から1902年にかけての紛争でどれだけの人が亡くなったのか、確かなことはわからない。フィリピン人兵士の死者は1.6~2万人、民間人3.4万人と推定されているが、疾病や飢餓を含めると紛争中に死亡した民間人の数は20万人と推定されている。1896年から1898年の革命の際の民間人の犠牲者や、フィリピン・アメリカ戦争の際にフィリピン共和国軍によって殺害された民間人の犠牲者については、推定されていない。米軍の犠牲者は死者4,234人、負傷者2,818人であった。

　民間人の犠牲者を100 万～300万人とする主張があるが、1898年のスペインの国勢調査では900万人以上の人口があったのに対し、1903年に発表された1902年のアメリカの国勢調査では700万人弱と、約300万人の差があった、あるいは1908年は800万人弱と100万人の差があったという主張である。

1908年、Manuel Ar ellano Remondoは『General Geo gr aphy of the Phi lippine Islands』の中で次のように書いている。"1895年から1900年までの5年間に戦争のために人口が減少し、最初の反乱の開始時には人口が900万人と推定されていたが、現在（1908年）では群島の住民の数は800万人を超えていない"。

　1896年～1902年の調査は政情不安定によりInco mpleteあるいは実施されずとなっている。実際には1898年には国勢調査は行われていないが、Guia Ofic ial誌に掲載された推定値には、6の字が9の字に反転するという誤植があった。この誤りは、19世紀末にマニラ天文台を率いたスペイン人神父アルゲが、1899年の数字として修正したものである。なぜこれが間違いだとわかるのか。なぜなら、1896年と97年の推計値は約550万人であるからである。1年でこれが900万人以上に増えることは、フィリピン人男女がいくら精力絶倫であろうが、ありえない。1908年の推定は800万であり、1895年よりもおよそ250万多い。
　また国勢調査の数字は、特に1899年以前の数字についてスペイン政権下で行われた国勢調査と、1899年以降の国勢調査を比較する場合、方法が異なるために問題となる。スペインの推定値の多くは、貢物/税金を支払った人たちに基づいていた。そのため例えば1891年の推計人口は約625万人、1892年は約588万人とばらつきがある。中央当局からの資金は、この数字に基づいて支払われたため、人口が過大評価となっていた地域もあったかもしれない。

　現代の多くの資料で、戦争の影響によるフィリピンの民間人の死者は約20万人とされている。ただしフィリピン・アメリカ戦争に至るまでの数年間、フィリピン諸島では、紛争とは無関係の社会的、経済的変化の結果、病気で亡くなるフィリピン人が年々増えていた。また戦争がほぼ終了した後の1902年にコレラと天然痘の大流行があり、これだけで20万人が死亡している。コレラ以外にも、結核やペストに悩まされた。Ken De Bevo ise氏は、スペインとアメリカの健康記録を調査し、『Age nts of Apocalypse』の中で期間中の民間人死者77万5000人を示した。

虐殺について

　個々の残虐行為については、多数の証言がある。しかし大量虐殺については、行われた他の地域における証拠ほどの質の高いものがない。例えば、カンボジアでは、クメール・ルージュによる大量虐殺の証拠は、これまでに約23,000基の大量の墓が発見されており、現在も発見され続けている。しかしフィリピン・アメリカ戦争では、戦闘員が死んだ墓地や塹壕の写真があるが、「殺戮の場」ははっきりしない。また約40年後のパナイ島、バタンガス州、マニラにおける大虐殺とも異なり、生存者や加害者によるフィリピンでの大量虐殺に関する直接の証言は乏しい（個々の残虐行為についての証言はある）。ジェイコブ・スミスの「10歳以上は全員殺せ」などの命令に注目が集まるが、その命令が実行されたかどうか、他の将校が反故にしたかどうかについては、ほとんど注目されていない。
　多くの死者を出した病気が意図的に持ち込まれたりしたという証拠はない。フランクリン・ベルがバタンガスの強制収容所で天然痘の予防接種を義務付けたことは、その一例である。

　こうした様々な要因とその後の統治方針により、太平洋戦争期のフィリピンは、アメリカの統治は比較的安定してはいたが、決して親米的ではない地域となっていた_{（のだが……）}。

戦争の結果、その後

1902年以降の敵対関係
フィリピン共和国の後継者
 モロの反乱
 ヴィサヤの新興宗教団体、プラハンの反乱
アメリカの植民地化

　ゲリラ、準宗教的な武装集団やその他の抵抗勢力が田舎を歩き回り続け、依然として米軍やフィリピン警察隊と衝突し、1913年までそのような抵抗グループとの敵対行為を続けていた。この抵抗の一部はフィリピン共和国の後継者と主張していたものであった。だが彼らは1902年11月12日に制定された「山賊法」に基づくバンドレリスモ（山賊行為）の罪に問われた。
　ビリビッド刑務所_{（1865年6月25日にスペイン王室の勅令により設立された。）}には「山賊」の容疑者が詰め込まれており、1902年には1,000人当たり72人、1903年には1,000人当たり99人、1904年には1,000人当たり118人、1905年9月には1,000人当たり438人と、過密状態と栄養失調による死亡者が急増した。1940年に囚人、設備、施設はリサール州ムンティンルパにある「新ビリビット刑務所」と呼ばれる新しい刑務所に移された。旧施設は現在もマニラ市が拘置所として使用しており、「マニラ市監獄」として知られている。

フィリピン共和国の後継者

1903年3月27日　サン・ミゲル将軍、戦死
　ルチアーノ・サン・ミゲル将軍は、フィリピン・アメリカ戦争で戦死した第一次フィリピン共和国軍の2人の将軍のうちの1人である_{（もう1人はグレゴリオ・デル・ピラール将軍）}。彼は、アメリカの支配を受け入れなかった2人の主要なフィリピン革命指導者のうちの1人である_{（もう1人はアルテミオ・リカルテ将軍）}。1899年2月4日にアメリカとの戦争が勃発したときには大佐で、将軍に昇進し、ルソン島の中央部と西部で活動した。彼は降伏も米国への忠誠の誓いもしなかった。1902年9月、彼はカティプナンを復活させ、ブラカン州とリサール州でゲリラ戦を続けた。サン・ミゲルは、ブラカン州やリサール州の荒野で大活躍し、フィリピン警察の分隊を何度も奇襲して壊滅させ、彼の部隊は規律と武器を備えた軍隊に成長していた。1903年3月27日、リサール州マリキナのコラル・ナ・バトで、サン・ミゲル将軍のキャンプは、ボス・リース少尉とフランク・ニッカーソン少尉が率いるフィリピン・スカウトの第一中隊と第四中隊に包囲され、攻撃を受けた。サン・ミゲル将軍と彼の部下34名が死亡し、スカウトは3名の死者を出した。

1903年9月25日　シメオン・オラ降伏
　1898年9月22日アルバイ州の革命政府が成立した。軍司令官に任命されたビト・ベラルミノ元帥は、州内のフィリピン軍を再編し、オラは少佐として勤務した。1901年4月22日、アメリカはアルバイに民政を敷き、ベラルミノは同年7月4日に降伏した。しかし、オラは1,000人の部下を従えて、アメリカの権威に反抗し続けた。フィリピン隊、フィリピン斥候隊、アメリカ軍の連合軍が駐屯する町をゲリラ的に襲撃した。ビコール地方のフィリピン警察隊長ハリー・H・バンドホルツ大佐は、12個のスカウト隊と同数の警察隊を投入した。1903年9月25日シメオン・オラは、アメリカに降伏した。最後のフィリピン将軍であったが、アメリカは1902年7月4日にアメリカが米比戦争の終結を公式に宣言した後も抵抗を続けた他のフィリピン人と同様に、彼を山賊のリーダーとして分類した。

1904年5月20日ファウスティノ・ギレルモ大佐絞首刑
　ファウスティノ・ギレルモは1900年にマラボンでアメリカ軍に降伏した。アメリカへの忠誠を誓った直後、彼はモロン州_{（1901年に「リサール州」と改称）}のサンフランシスコ・デル・モンテに身を置き、アメリカ支配に抵抗する人材募集を始めた。ギレルモは、1901年にフィリピン警察に逮捕され、3ヵ月後釈放されレジスタンス活動を再開した。彼はフィリピン警察に再逮捕され、リセリオ・ジェロニモ警部の保護下に置かれた_{（ジェロニモは、1899年12月19日のサンマテオの戦いでロートン将軍元帥を殺害、1901年3月30日に米に降伏）。}ジェロニモは、ギレルモにスパイとして行動するように強要し釈放した。だが彼は山に行き、友人や知人に声をかけて兵を集め始めた。1902年初頭、彼はルチアーノ・サン・ミゲル将軍の部隊に加わった。1902年7月15日地方を偵察していたジェロニモ警部は、約25人の部下を連れたギレルモに奇襲され命からがら逃げた。
　1903年3月27日、ギレルモとサン・ミゲル将軍は、フィリピンスカウトに包囲され、サン・ミゲルと彼の部下34人が死亡、ギレルモと他の生存者は山に逃げ込んだ。1903年6月10日、ギレルモ大佐はフィリピン警察隊に捕らえられ、バンドレリスモ（山賊行為）の罪で起訴され、有罪判決を受けた。1904年5月20日、ギレルモ大佐はリサール州パシグの絞首台で死んだ。彼は44歳で、男やもめだった。

1907年 9月13日。マカリオ・サカイ、絞首台で死亡。
　1902年7月にアメリカ軍に捕らえられて恩赦を受けたマカリオ・サカイはカタガルガン共和国_{（「Republika ng Katagalugan」「タガログ共和国」だが、「カタガルガン」とは比島全体を意味し、スペイン王名「フィリピン」を使うことを嫌った）}を設立した。サカイは、南タガログ州の山間部、モロン、ラグナ、カビテ、タヤバス（現在のケソン）の各州で活動した。サカイをはじめとする彼の信奉者の多くは、当時としては珍しく長髪を好んだ。タガログ共和国はフィリピン大衆の支持を得て、サカイは商人、農民、労働者の収入の10％を課税し、密告者の疑いのある者は耳や唇を切り落としたり、拷問にかけられたりした。フィリピン警察と米軍は、サカイが強い支援を受けている地域では、大勢の人々を強制的に移動させ、再収容した。フィリピン警察隊は、サカイ軍を制圧するために、ひたすら捜索・破壊活動を行った。1905年1月31日には、カビテ州とバタンガス州で人身保護令状が停止された。
　1906年半ば、ヘンリー・クレイ・イデ首長はサカイに手紙を出し、もし彼と彼の部下が降伏すれば、恩赦を与えると約束した。1906年6月16日サカイはマニラに降りてきて投降した。サカイたちの後にはブラスバンドが続き、数百人の町民が「サカイ万歳！愛国者万歳！」と叫んでいた。だが7月17日、サカイとそのスタッフは逮捕された。8月22日サカイらは法廷に召喚され、強盗、殺人、強姦、放火、誘拐などの山賊行為の罪に問われた。ビラモール判事は、起訴された全員に有罪判決を下し、サカイとデ・ベガには絞首刑、残りの者には終身刑を言い渡した。
_{（イグナシオ・ビラモールは1893年にサント・トーマス大学の法学部を卒業、1898年、彼はイロコス・スル州の代表としてマロロス会議に参加し、第一次フィリピン共和国の憲法制定に貢献した。1900年12月23日に結成された親米派のパルティード・フェデラルの創設メンバーでもある。米政権下で裁判官、検事総長、比島人初の行政長官、フィリピン大学初の学長（1915年6月7日就任）、最高裁判事（1920年5月19日就任）などを歴任し、1933年5月23日に死去）}
　1907 年9月13日、マニラのビリビット刑務所で、マカリオ・サカイは絞首刑に処された。

アルテミオ・リカルテ将軍。彼は決して降伏しなかった
　リカルテは1897 年3月22日から1899年1月22日までフィリピン軍の初代司令官をつとめ、カビテ、ラグナ、バタンガスで活動した。1900年6月、彼はマニラに潜入し、民衆を組織して反乱を起こそうとしたが7月1日逮捕された。彼はマニラの米軍司令部に収容され、1901年1月16日31人の軍人・民間人とともにグアムに送還された。米国民の要求に応えて、リカルテらはグアムからの出国を認められ、1903年2月26日、アメリカの輸送船でマニラに到着した。リカルテはアメリカへの忠誠を誓うことを拒否し、香港に移送された。彼は1903年12月25日にフィリピンに戻り、革命を再燃させようとしていた。
　1904年2月7日の夜、夕食後の午後7時から8時の間に、反乱者たちは行動を開始した。徴発所を略奪し、地方監獄に収容されていた囚人を解放し、電信線を切断し、協力を拒否した仲間の二等兵セグンド・バウティスタを射殺した。彼らビガンの街を練り歩き、銃を撃ち、リカルテとフィリピンの自由を讃える声援を送った。翌日40人以上の反乱軍がナルバカンの町に入り、アメリカ国旗をはがし、町の金庫から28ペソを奪い、町長と議員に革命を支持する決議をさせた。同日サンタマリアで315 ペソを奪い、サンティアゴで350 ペソを奪い、町の役人に協力の決議書にサインさせた。隣接する州の憲兵隊、スカウト隊、米軍などが反乱軍を追いかけ、2月15日までに、彼らのほとんどが降伏するか捕らえられた。反乱軍は反逆罪で起訴され、首謀者のカルロス・アヤラら3人の死刑判決はじめ有罪判決を受けた。リカルテは、1904年5月29日、フィリピン警察隊に逮捕され、銃器の不法所持と共謀の罪で起訴され、有罪となった。アロウロ判事は、彼に6年間の独房生活と1万ドルの罰金を言い渡した。_{(アロウロ判事は、1900年12月23日に親米派の連邦軍が結成されたときの創設メンバーで、その後、連邦軍の最高裁判事を務めた。その後、1921年11月1日から1924年7月26日に亡くなるまで、最高裁長官を務めた）}
　リカルテはマニラのビリビット刑務所で刑期を終え1910年6月26日に釈放された。ビリビット刑務所を出た途端、数人のアメリカ人警察官に拘束され、アメリカへの忠誠を誓うように言われたが、彼はそれを断り、再び香港に送還された。1913年、リカルテは、植民地時代の遺産から国を切り離すために、スペイン王名由来のフィリピンを、国民的英雄ホセ・リサールとフィリピン人「リサリン」にちなんで「リサリン諸島」と改名することを提案した。
　第一次世界大戦中の1915年、イギリス政府は香港からすべての政治亡命者を排除した。リカルテ夫妻は上海に送られ、そこから日本に渡った。1923 年4 月横浜市山下町149番地に移った。リカルテはレストランを開き、その収益で一家は快適に暮らしていた。1935年 11月15日に行われたフィリピン連邦の発足式で、日本の絹で作られた巨大なフィリピン国旗は、日本に亡命中だったアルテミオ・リカルテ将軍からの贈り物だった。リカルテはWW2中、日本軍に協力し、1941年 12月21日日本軍は彼をフィリピンに帰国させた（当時75歳）。1942年 2月16日、『タイム』誌は、「老将アルテミオ・リカルテ・イ・ビボラは、日本軍のオートバイ警備員のはげしい護衛をつけて、なめらかなリムジンでマニラを誇らしげに運転していた」と報じた。1943年 10月14日、日本が支援する「第二フィリピン共和国」の発足式では、エミリオ・アギナルド元帥とともにフィリピン国旗を掲げた。

モロ人の反乱

　スペインがミンダナオ島やスールー諸島を完全に支配するのを何世代にもわたって阻止してきたモロ族は、悪名高い海賊、そして戦闘でしばしば並外れた個人的な勇気を発揮する獰猛な戦士としての評判を確立していた。だが19世紀半ばの奴隷制度の衰退は、ブルネイ、スールー、マギンダナオの各スルタンの経済的衰退にもつながり、最終的に後者2国は崩壊、今日のフィリピンのモロ族地域に貧困が蔓延する一因となった。スルタン国の海洋的影響力は中国のジャンク貿易に依存するようになった。中国人はスペインの封鎖を越えてエンフィールド銃やスペンサー銃などの小火器をミンダナオのモロ族に売り、購入代金は奴隷等で支払われていた。スペインの努力にもかかわらず、海賊行為は1900年代初頭まで続いた。シンガポールでは1891年の時点で、イスラム教徒の奴隷所有者による中国人奴隷の定期的な売買が行われており、少女や女性が妾として売られていた。文化的な要因も影響している。現代のスールー海の海賊の多くは、歴史的な先人の子孫であり、人々は海賊行為を犯罪行為と考えておらず、それは現地の言語にも反映されている。アメリカはモロ・スールー・スルタンとキラム・ベイツ条約を結び、スルタンの内政と統治における自治を保証した。その中には奴隷制の維持を保証した第X条も含まれていた。
　その後、アメリカ軍は1903年から1913年までの間、フィリピン南部にアメリカの支配を拡大し、海賊を効果的に抑制するための平和運動に乗り出した。1902年モロ族との間に深刻なトラブルが発生した。陸軍がかつてのスペイン軍の駐屯地を占領すると、モロ族は村を襲い、兵士を襲い、アメリカの管轄に抵抗するようになったのである。

ジュラメンタド

　ジュラメンタドとは、モロ族の男性剣士のことで、ジハードとして標的を攻撃して殺害し殉教することであり、特攻の一形態である。ジュラメンタドという言葉は、1876年にスペインがJolo島を占領した際に作られたが、モロ人は以前からそのような攻撃を行っていた。モロ人のジュラメンタドが特攻した敵は、スペイン人、アメリカ人、フィリピン人のほかに日本人がいたが、中国人は攻撃することはなかった。 _{約40年後、モロ人のジュラメンタドは日本軍に特攻した。日本軍は対して、攻撃者の親族を全員虐殺した。}
　当時の陸軍が支給していたM1892の6連発リボルバーは148 グレインの38口径弾を使用していたため、激しく突進して刃物を振り回すモロ族の戦士を止めるには不十分であった。 M1911_{（Automatic Pistol, Caliber .45, M1911）}は、ジュラメンタドを無効にするためにジョン・ブラウニングが開発した。また、ジョン・J・パーシング将軍が、WW1で米軍が唯一大量に携行することになる散弾銃を、軍事道具として尊重するようになったのも、このジュラメンタドの影響によるものである。
　候補者は、イマームの教えによって殉教を志すイスラム教徒の若者から選ばれた。両親に相談した上で、スルタンの許可を得て、パランサビル（楽園への道）のための訓練と準備を受けることになる。クルアーンを手にして誓いを立てた後、白いローブとターバンを身にまとい、選ばれた若者は行動の前に武器を磨いて研ぐ。攻撃の瞬間、「アッラーの他に神はいない」と叫び、剣を振りかざして集団の中に突入し、残された時間でできるだけ多くの犠牲者を殺傷する。その遺体は40年後に楽園に昇ると信じられた。鋭い刃物を使った予期せぬ近接攻撃は壊滅的な戦術で、入植者が突進してくる相手に発砲する時間があったとしても、一般的な小口径の武器には止める力がなく、銃弾は手足や胴体を貫通し、ジュラメンタドスの儀式用の縛りは、剣士が目的を果たす前に傷から出血するのを防ぐための止血帯の役割を果たしていた。
　銃剣とクラッグ（ライフル弾）が成し遂げられなかったことを、宗教的偏見を利用して成し遂げたのは、第6騎兵連隊のアレクサンダー・ロジャース大佐である。1983年、アメリカのジャーナリスト、ダニエル・P・マニックスは、父であるダニエル・P・マニックス第3代海軍少将の自伝を編集して発表した。その中に次のようなくだりがある。
ジュラメンタドスが最終的に止めたのは、死者を豚の皮で包み、口に豚肉を詰める習慣だった。豚は穢れた動物なので、これは言いようのない穢れだと考えられた。
　ロジャースは、死んだジュラメンタドを豚の死骸と一緒に共同墓地に埋葬する制度を発足させた。この比較的簡単な工夫によって、ロジャースのいない部署にジュラメンタドが引きこもるようになった。他の将校たちも取り入れ、さらにモロ人にとって魅力のない方法に改良を加えていった。モロのジュラメンタドは、死後首をはねられ、その頭を豚の死骸の中に縫い込んでしまうところもあった。このようにして、ジュラメンタドの儀式はスールーでは消滅した。
　9月11日のアメリカ同時多発テロの後、ジョン・J・パーシングが捕虜になった敵を豚の血を混ぜた銃弾で即死させ、その遺体を豚の内臓で埋めた集団墓地に置くことを命じたというアメリカの都市伝説がいくつも流れた。だが、それが事実であることを示すものは見つからなかったし、むしろ、豚を使うというアイデアはパーシングに提案されたが、彼はそれを拒否したとする資料がほとんどである。しかし、ジョン・パーシングは「ジュラメンタドの攻撃は、モハマド人が忌み嫌う、軍がすでに採用していたやり方によって、数が大幅に減った。死体は死んだ豚と一緒に同じ墓に公然と埋められた。このような措置を取らなければならないのは愉快なことではなかったが、天国ではなく地獄に行くという見通しが、時々、暗殺者になりそうな者を抑止した。軍はすでにその措置を採用していた」と『回顧録』ではっきりと述べている。

レナード・ウッド司令官時代（1903-6）

　1903年8月6日、レナード・ウッド少将は、モロ州知事兼ミンダナオ・ジョロ州司令官に就任した。ウッドはモロ族に対してやや高圧的で、「モロ族の血の争い、一夫多妻制、人身売買に個人的に腹を立て」、「アメリカの概念をモロに押し付けてしまうことがあった」という。そのため、ウッドは現場経験の不足を補うために軍事的な栄誉を求め、時には地方知事が対処した方が良いような些細な事件でも、州軍を率いて懲罰的に遠征することもあった。ウッドが州知事を務めていた時期は、米軍がモロを占領していた時期でも、最も過酷で血なまぐさい戦いが繰り広げられていた。
　1904年3月2 日海賊行為や米国人への攻撃が続き、スルタンがモロ人の抵抗勢力を鎮めることができず、条約はこの地域の行政の妨げになっているとして、米国はベイツ条約_{（奴隷制の維持を保証していた）}を一方的に破棄した。スールーのスルタンは、他のダトゥと変わらない権限を持つ宗教的な役職に降格され、わずかな給料が支給された。アメリカがモロランドを直接支配するようになった。奴隷制が廃止された。ウッドは、奴隷が「好きなところに家を建てるのは自由だ」と発表し、元奴隷が家を建てる場合は軍が保護することを約束した。法体系も改革され_{（モロ人間の紛争は、モロ人の法律や習慣に委ねられており、そのため、キリスト教徒を殺したモロ人には厳しい懲役刑が科せられるが、他のモロ人を殺したモロ人には最高でも150ペソの罰金しか科せられないという二重基準になっていた。）}教育制度も整備された_{（母国語を話す教師の確保が困難だったため、授業は英語で行われた）}。モロの人たちに戦いの代わりを与えるために、貿易が奨励された。ウッドはモロ族の法律を成文化しようとしたが、部族間はもちろん、隣接するコッタの間でも法律や習慣の違いがあまりにも大きかった。ウッドは、モロ族をフィリピンの刑法の下に位置づけたが、実際にこれを施行するのは困難であった。その改革の中には奴隷制度の廃止や登録制の世論調査税「セドゥラ」の導入など、モロ人（イスラム教徒）からの評判が良くないものもあった。このセドゥラは、モロ人が貢ぎ物と解釈していたため特に不評で、アメリカ占領下の30年を経ても、モロ人のセドゥラへの参加率は非常に低かったという。これらの改革はイスラム教徒のモロには極めて不評であり、また「ダトゥ・アリ」という首長はウッドの反奴隷政策に反発して反乱を起こした。

　ミンダナオ作戦
 　陸軍はモロ族の拠点を破壊するためにミンダナオ島の内陸部に遠征隊を次々と派遣した。1902年7月4日から1904年12月31日の間そして1905年末に行われた。フランク・D・ボールドウィン大佐は、自軍の第27歩兵隊と山岳砲台を含む約1,000人を率いて、ラナオ湖近くのバヤンのスルタンの領地に侵入し、1902年5月2日のバヤンの戦いでスルタン軍を撃破した。1903年にはジョン・J・パーシング少佐が同様のラナオ国への遠征を指揮し、1905年10月にはフランク・R・マッコイ少佐がコタバト地区で悪名高いモロ族の無法者ダトゥ・アリをついに殺害した。

　スールー諸島ホロ
　正規軍はモロ族の拠点であるスールーの首都ホロ（Joro）島で、地元の警察やフィリピン調査兵団では対応できないほどの大規模な混乱に対処しなければならなかった。ホロ（Joro）作戦は1905年5月、1906年3月、1913 年6月の3回行われた。1905年5月には、スールー族のモロ族の指導者であるパラが火山の噴火口に集まり、アメリカ軍に降伏した。
　第一次バド・ダジョの戦い（1906年3月5 日～7日） - ミンダナオ島の消滅した火山のクレーターに1000人のモロ族（女性や子供を含む）がたてこもり、数百人のアメリカ兵と戦い、事実上全員死亡した。

タッカー・ブリス司令官(1906-9)

　1906年2月1日、タッカー・H・ブリス准将はウッド将軍に代わってミンダナオ・ジョロ州の司令官となり、第1次バド・ダジョの戦いの後、彼に代わってモロ州の知事となった。ブリスの在任期間は「平和の時代」とされ、ブリスは在任中に懲罰的な遠征を一切行わなかった。しかし、この表面的な平和は、ある種の無法状態を容認するものであった。モロ州の法執行は難しい。無法者が自分の家に立てこもり、それを逮捕するためには警察や兵士の部隊が全部必要になる。そのため、無法者の中には処罰されない者も少なくなかった。しかし、この時期、アメリカの新しい攻撃的な戦術が成功した。1907年から1908年にかけて若き中尉としてモロ族と戦ったD.P.マニックス少将によれば、米軍はイスラム教のタブーを利用して、死んだモロ族を豚の皮で包み、モロ族が特攻を続けるのを抑止したという。

ジョン・J・パーシング司令官（1909～13）

　1909年11月11日、ジョン・J・パーシング准将が第3代、そして最後のモロ州軍事総督に就任した。パーシングは、内陸部に法の支配を拡大するために、フィリピン調査兵団を内陸部に小分けにして配置した。これにより、犯罪が減少し、農業や貿易が促進されたが、その代償として、軍事的効率や部隊の訓練が低下した。これで法制度が合理化された。それまでの裁判は、6カ月ごとに開かれる第一審裁判所で始まり、マニラの最高裁判所への上告には1年以上かかることもあった。パーシングは、地方の知事や書記官が主宰する地方区裁判所の管轄権を拡大し、ほとんどの民事事件と、死刑を除くすべての刑事事件を含むようにした。この改革は、迅速かつシンプルで、彼らの伝統的な行政権と司法権の統一に似ていたため、モロ族には好評だった。パーシングは、イスラム教徒の礼拝所建設のために国有地を寄付することを約束した。パーシングは、支援や保護と引き換えに年季奉公をするサコピーの慣行を正当なものと認めたが、非自発的な奴隷制に反対する政府の姿勢を再確認した。
　1912年、労働契約法が改正された。労働者や使用者による契約不履行は、詐欺や損害を与える意図がなければ罰せられなくなった。西洋の労働観に慣れていないモロ人は、欠勤が多く、それが契約違反の訴訟につながることもあった。モロ州の経済は、パーシングの下で拡大を続けた。三大輸出品である麻、コプラ、木材の輸出額は、パーシング就任後の3年間で16 3％増加し、モロ人は歴史上初めて銀行預金を始めた。

　1911年、パーシングはモロ族の武装解除を決意した。陸軍参謀長のレナード・ウッド（元モロ州知事）は、「タイミングが悪い」「モロ人は最高の武器を隠し、最悪の武器しか出さない」と言って、この計画に反対した。パーシングは、武装解除したモロ族を政府軍が守るために、内陸部への道路が完成するのを待った。1911年 9月8日、軍縮を命じた大統領令第24号が発令された。武装解除の期限は1911年 12月1日だった。武装解除に対する抵抗は特にJolo地区で激しく、第2次バド・ダジョの戦い_{（第1次の戦いとほぼ同等の兵力が投入されたが、流血ははるかに少なく、モロ人の死傷者はわずか12人だった）}、ブド・バガスクの戦いなどが起きた。

文民権への移行

　1913年になると、パーシングはモロ族の州が民政に移行する必要があると考えた。これは、モロ族の政府に対する考え方が、抽象的な役職への敬意よりも個人的な結びつきに基づいた個人主義的なものであったことに起因する。モロ族にとって政権交代は、指導者が変わるだけでなく、体制が変わることを意味し、トラウマになるほどの経験であった。また、軍の中での交代制のため、軍の総督の任期は限られていた。長い任期を確保するためには、民間のガバナーが必要であった。1911年までは、地区ガバナーと秘書はすべて軍人であった。1913年 11月になっても文官の地位にあるのは、パーシング1人だけであった。1913年 12月、パーシングはモロ州の知事を民間人のフランク・カーペンターに交代した。

死傷者

モロの反乱で、アメリカ軍は死者130名、負傷者323名を出した。さらに500人ほどが病死した。この作戦でアメリカ軍を増強したフィリピン偵察隊は死者116人、負傷者189人を出した。フィリピンの警察隊も大きな被害を受け、1,500人以上の犠牲者を出したが、そのうち半分は死亡者だった。モロの側では、モロが戦闘に参加しているときに降伏することはまれだったので、犠牲者は多かった。

ヴィサヤの新興宗教団体、プラハンの反乱

　19世紀には、ディオス・ディオス_{（スペイン語で「神のふりをする者」「偽りの神」の意）}と呼ばれる「シャーマン」が台頭した。彼らはカルト的な宗教運動を率いて、信者に繁栄、超自然的な力、治癒を約束した。彼らのほとんどは、お守りや魔法の紙切れを売っているだけの、単なる詐欺師であった。彼らは、カトリックの正式な教えをほとんど知らず、植民地支配の下で極貧生活を送っていた文盲の農村の貧困層が中心であった。19世紀には、ディオス-ディオスの指導者の例が数多くある。1811年に自分がイエス・キリストであると主張したイロコス州の治療師ルンガオ、1865年に病気に対する超自然的な力を持つと主張したヌエバ・カセレス州リブマナンのイグナシオ・ディマス、1862年に「La Santa de Leyte」_{（「レイテ島の聖人」）}と名乗り、レイテ島が沈没すると予言した老女で治療師のベネディクタなどである。1880年代後半にイロイロ州ティグバワンで80歳のババイラン（シャーマン。巫女。呪術師。ヒーラー）をしていたクララ・タローサは、自らを聖母マリアと名乗り、自らと信者をスペインの支配から隔離した。レイテ島ジャロのフランシスコ・ゴンザレスは、1888年に「自分は波から立ち上がる都市に人々を導くことで、再び起こる大洪水から人々を救うために送られた王である」と主張した。これらの運動は通常、スペインによって指導者が投獄されたり、追放されたりして鎮圧された。
　プラハネス、単数形プラハン_{（スペイン語でディオス・ディオスとも呼ばれる）}は、フィリピン神話や民族カトリックを中心とした宗教復興を行っていた。デロビオ・エスクリマと呼ばれる土着の武術を用い、三日月型の重いボロナイフを得意としていた。戦いの前には、聖油の入った瓶や聖書などの祈祷書、聖別されたアンティング・アンティングなどを用いて祝福する宗教的儀式を行う。
　19世紀の最後の重要なディオス・ディオスの反乱は、パパ・イシオ（Papa I sio）の主導として知られる。この反乱はフィリピン革命がおこると革命組織「カティプナン」に共感するようになり、カティプナン系のネグロス革命の指導者と協定を結んだ。ネグロスでは1898 年11月にスペインに対する反乱がおき独立した。しかしこの政権は経済的利益または現実主義的であり、1899年2月米軍が上陸すると州政府はすぐ米国に降伏した。プラハンと同盟者との間に緊張が生じた。パパ・イシオ反乱軍は再び武力抵抗を開始した。

プラハンの活動

　パパ・イシオがネグロス島でアメリカの支配に対して反乱を起こしたのと同時に、レイテ・サーマルの東ビサヤのディオス・ディオス運動は、米軍と米協力者の地元フィリピン人を攻撃した。自分たちを「プラハネス」_{（赤い服を着た者たち）}と呼んだ。フィリピン総督のジェームズ・フランシス・スミスは、1906年の報告書でプラハネスについてこう書いている。「多くの人にとって "プラハン "という言葉は山賊や強盗と同義である。この呼称は...適切とは言えない。レイテ島とサマール島の pulahanes は、強盗や窃盗団とは言い難い。実際、一般的にプラハンは働き者で勤勉であり、長い間続いた過ちや宗教的狂信の強力な影響によって暴力に駆り立てられない限り、全く暴力を振るわない。レイテ島とサマール島のすべてのトラブルは、大部分が人々に加えられた不正に起因していた...」。

レイテ島

　1902年から1907年にかけて、プラハネスはレイテ島のアメリカ当局に挑戦したが、その際、教皇の称号を持つ文盲の農民、ファウスティノ・アブレン_{（パパ・ファウスティノ）}が率いていた。アブレンは、超自然的な力を持っていると主張し、敵から見えなくなる蟻塚や、どんな病気にも効く聖油を売っていた。アブレンは、勝利した後、金でできた7つの教会がある山の上に連れて行き、死んだ親戚や失ったカラバオ（水牛）と再会させると信者に約束した。主な武器はボロ（山刀）であった。また、米軍に協力するフィリピン人も攻撃した。例えば、カリガラの襲撃では、地元の首長の首をはね、その妻を殺し、子供たちを誘拐した。彼らの目的は、武器を手に入れて町の警察に復讐することだった。警察の断固たる作戦にもかかわらず、反乱は拡大を続けた。時には500人から1,000人の兵士を投入することもあった。レナード・ウッド少将は、この反乱を鎮圧するために米陸軍の4個大隊をレイテ島に派遣した。これにより、反乱軍はゲリラ戦術を展開せざるを得ないような非常に小さなグループに分裂した。1907年 6月11日フィリピン偵察隊の分隊がパパ・ファウスティノを逮捕した。彼の逮捕により、レイテ島の反乱は終結した。

サマール島

　1901年、フィリピン・アメリカ戦争でエミリオ・アギナルドがアメリカに降伏した後も、サマールではビセンテ・ルクバン将軍に率いられて抵抗が続いた。サマール島では、米軍によるサマール島縦断大行進のような苦難を経験したことで、アメリカ人に対する深い憎しみが生まれた。そのため反乱軍のリーダー数人は降伏を拒否し、逃げてきたルクバンを含めて島の奥地に退避した。反乱軍のリーダーの中には、パブロ・ブラン_{（パパ・パブロ）}、アントニオ・アヌガー、ペドロ・デ・ラ・クルスの「ディオス-ディオス」のメンバーがいた。1902年2月18日にルクバンが捕まると、パパ・パブロがレジスタンスのリーダーとなった。1902年から1904年にかけて、パパ・パブロは山中で勢力を拡大し、1903年には7,000人に達したと推定される。アメリカ人が役人、新しい税金や法律を持ち込んだ後、地元住民はプラハネスに加わり、政府への攻撃を開始した。
　エンリケ・ビラレアル・ダゴホブ大佐は、1900年4月のカトゥビグ包囲戦に従軍した。彼は1902年からアンドレス・ビラシスという名前で、生まれ故郷のマスバテ州で投獄された。1903年2月24日彼は他の5人の共犯者とともに脱獄し、レイテ島に行き、著名な軍事指導者となった。1904年の春、彼はビサヤ語で「強い風」や「雷」を意味するダゴホブという新しいペンネームを使ってサマールに向かった。ダゴホブは、大学での教育を受けていたためか、プラハンの指導者たちからかなりの自由を与えられ、すぐにサマール島北東部の指導者となり、島内のプラハン運動を強化した。ダゴホブは、町や村を破壊して島の内陸部の山岳地帯に住民を追いやり、その後、彼らをレジスタンスに参加させることを計画した。政府は軍隊を駐屯させ、住民に居住地を離れないように警告して対応した。1904年12月、プラハネスの力が強くなりすぎたため、アメリカ陸軍が警察隊を撤退させた。しかし、その後も攻撃は続き、多くの武器が奪われた。

ドロレス川の戦い（1904年12月12日）：1904年7月、プラハネスはTavi ran 村の人々を虐殺し、Santa Elenaの町を焼き払った。1904年12月、スティーブン・ヘイト中尉率いる第38フィリピン隊員スカウトは、ドロレス川沿いをパトロールしていた。第38隊は途中で1,000人以上のプラハネスに待ち伏せされた。Pulahanesはカラフルな旗を振りながら「Tad-Tad！（切り刻め！）」と叫んで突進してきた。ライフル銃の一斉射撃を受けたが、プラハネスは数が圧倒的に多く、最終的には偵察隊を全滅させてしまった。43人の隊員のうち、将校と部下37人が死亡した。一方、プラハネス軍の被害は甚大であった。隊員が倒れるまでに300人もの死者が出たと言われている。

　プラハンによる銃の捕獲が何度か行われた後、彼らの勢力は火力と戦闘員の大胆さの両方で強くなっていった。 1905年2月までに、プラハンは島の多くの地域を支配していた。
　1905年7月の奇襲攻撃でアメリカ軍はダゴホブを殺害し、その後、彼の信奉者の多くが降伏し、彼が支配していた地域の抵抗はなくなった。8月にはアントニオ・アヌガーも殺された。1906年11月、デ・ラ・クルスは戦死し、多くの将校が捕らえられた。その数日後、コンスタブルはパパ・パブロのキャンプを攻撃して彼を殺した。重要なリーダーはただ一人、オトイとして知られるイシドロ・ポンパックが残り、彼が支配権とパパの称号を手に入れた。この頃には、プラハネスらはかなり弱体化しており、オトイは捕まるのを避けるために各地を転々としていた。4年後の1911 年10月1日、憲兵隊がオトイの小隊を見つけ出し、彼らを殺害した。これでプラハンの抵抗は終わった。サマール島だけでも7000人のプラハンが死んだ。

　1907年 8月6日、パパ・イシオはアメリカ当局に降伏し、死刑を宣告され、彼の運動は終わった。これは後に無期懲役に減刑され、1911年にマニラのビリビット刑務所で亡くなった。

アメリカの植民地化